Estudio de secuenciación rápida del genoma completo (rWGS)

La secuenciación rápida del genoma completo (rWGS, por sus siglas en inglés) es una nueva tecnología que puede brindar diagnósticos basados ​​en síntomas de enfermedades genéticas de inicio en la infancia en tan solo 26 horas. Los investigadores de RCIGM han demostrado que la rWGS tiene tasas de diagnóstico más altas que las pruebas moleculares tradicionales en bebés con enfermedades agudas en las que se sospecha un diagnóstico genético, con tasas de diagnóstico de hasta el 57 %. Del mismo modo, en la población infantil, los investigadores del RCIGM han demostrado que estos diagnósticos son útiles para dirigir la atención clínica, con hasta un 70% de los niños que reciben un diagnóstico que tienen un cambio posterior en el manejo. En algunos casos, un diagnóstico oportuno da como resultado tratamientos que salvan vidas. Los investigadores de RCIGM han demostrado que hasta el 25% de los bebés que reciben un diagnóstico tienen un cambio posterior en el tratamiento que previene la morbilidad. Se necesitan más datos para determinar si estos resultados se encuentran en otras instituciones, entre otros grupos étnicos y raciales, y en un mayor número de pacientes. Se necesitan más datos para examinar la utilidad clínica aguda y a largo plazo de tales pruebas, tanto en recién nacidos como en niños mayores, así como para determinar la rentabilidad de estas pruebas para otras instituciones. Como tal, este estudio será una colaboración de múltiples sitios para compartir datos y experiencias de rWGS con la comunidad científica, así como con las administraciones hospitalarias, las compañías de seguros y otras partes interesadas clave que puedan estar interesadas en promover rWGS como una prueba clínica de primera línea en el futuro.

El estudio proporcionará resultados clínicos confirmados por laboratorio relacionados con los síntomas del paciente afectado, incluidos hallazgos incidentales opcionales, a menos que los sujetos opten por no recibir estos resultados adicionales, para permitir que estos hallazgos de investigación se utilicen en la atención clínica. Además, este estudio agregará datos sobre las pruebas genéticas clínicas estándar de múltiples sitios, así como medidas de costos para no solo identificar las diferencias en las tasas de diagnóstico, la precisión del diagnóstico y los tiempos de diagnóstico, sino también para determinar la rentabilidad de estas pruebas y los cambios posteriores. en la gestión del cuidado. La utilidad clínica se definirá como los cambios en la atención que se derivan directamente de los resultados de las pruebas genéticas (tanto positivas como negativas), incluidas las pruebas clínicas estándar y rWGS. Estos datos se utilizarán para examinar más a fondo la utilidad analítica, diagnóstica y clínica y la rentabilidad de esta prueba.

Los métodos rWGS continúan mejorando, y la medicina genómica pediátrica es un campo muy nuevo de la práctica médica. Este estudio también informará a los investigadores sobre las mejores prácticas, tanto en términos de resultados médicos tradicionales como de resultados centrados en el paciente. En consecuencia, este estudio también actuará como un biodepósito de muestras y datos, ya que la capacidad de compartir datos genómicos y fenotípicos entre investigadores es fundamental para avanzar en nuestra comprensión del campo naciente de la medicina genómica pediátrica.

Objetivos específicos:

1. Recoger muestras biológicas y datos clínicos asociados de pacientes pediátricos con enfermedades agudas que puedan tener una enfermedad genética y sus familiares (Phenome).
2. Para crear, analizar y almacenar datos genómicos de las muestras biológicas. Los datos genómicos incluirán secuencias genómicas (ADNg), secuencias de ARN y/u otros datos ómicos relacionados (incluidos, entre otros, farmacogenómica, transcriptómica y epigenómica). Los datos genómicos de rWGS incluirán llamadas de un solo nucleótido (SNV), variantes estructurales como pruebas de número de copias, reordenamientos genómicos, expresión génica, el "transcriptoma completo" o paneles de secuenciación de ADN más limitados de genes específicos o de todos los exones de genes (el " Exoma").
3. Evaluar la tasa de diagnóstico de enfermedades genéticas por rWGS en una población con enfermedades agudas que se inscribe en múltiples sitios con comparaciones con las pruebas genéticas clínicas estándar.
4. Evaluar la utilidad clínica de los diagnósticos genéticos rápidos en el cuidado y manejo de los pacientes.
5. Examinar la economía de la salud y la rentabilidad de esta prueba rápida en muchos sitios.
6. Investigar y mejorar las tecnologías y el software de genómica para mejorar la comprensión y las capacidades de prueba relacionadas con las enfermedades infantiles y las posibles respuestas al tratamiento.
7. Poner muestras y datos a disposición de investigadores y colaboradores calificados para mejorar la comprensión de las enfermedades raras infantiles y las respuestas al tratamiento.
8. Para recopilar y correlacionar datos genómicos de una amplia variedad de poblaciones y presentaciones clínicas.
9. Proporcionar colecciones de muestras y datos con consentimiento uniforme, métodos de adquisición, almacenamiento para estudios de investigación basados ​​en el genoma con las aprobaciones posteriores del IRB.
10. Analizar e informar diagnósticos genómicos clínicamente confirmados y orientación de tratamiento mediante el uso de nuevas tecnologías de investigación.
11. Identificar y estudiar nuevos procesos genéticos y de enfermedades.