Étude de séquençage rapide du génome entier (rWGS)

Le séquençage rapide du génome entier (rWGS) est une nouvelle technologie capable de fournir des diagnostics axés sur les symptômes des maladies génétiques de l'enfance en aussi peu que 26 heures. Les chercheurs du RCIGM ont montré que le rWGS a des taux de diagnostic plus élevés que les tests moléculaires traditionnels chez les nourrissons gravement malades suspectés d'un diagnostic génétique, avec des taux de diagnostic allant jusqu'à 57 %. De même, dans la population infantile, les chercheurs du RCIGM ont montré que ces diagnostics sont utiles pour orienter les soins cliniques, jusqu'à 70 % des nourrissons qui reçoivent un diagnostic ayant un changement de prise en charge ultérieur. Dans certains cas, un diagnostic rapide aboutit à des traitements qui sauvent des vies. Les enquêteurs du RCIGM ont montré que jusqu'à 25 % des nourrissons qui reçoivent un diagnostic ont un changement ultérieur de prise en charge qui prévient la morbidité. Plus de données sont nécessaires pour déterminer si ces résultats se retrouvent dans d'autres établissements, parmi d'autres groupes ethniques et raciaux, et chez un plus grand nombre de patients. Davantage de données sont nécessaires pour examiner l'utilité clinique aiguë et à long terme de ces tests, tant chez les nouveau-nés que chez les enfants plus âgés, ainsi que pour déterminer le rapport coût-efficacité de ces tests pour d'autres établissements. En tant que telle, cette étude sera une collaboration de plusieurs sites pour partager les données et les expériences du rWGS avec la communauté scientifique ainsi qu'avec les administrations hospitalières, les compagnies d'assurance et d'autres parties prenantes clés susceptibles d'être intéressées par la promotion du rWGS en tant que test clinique de première intention dans l'avenir.

L'étude fournira des résultats cliniques confirmés en laboratoire liés aux symptômes du patient affecté, y compris des découvertes fortuites facultatives, à moins que les sujets ne se retirent pour ces résultats supplémentaires, afin de permettre l'utilisation de ces résultats de recherche dans les soins cliniques. En outre, cette étude regroupera des données concernant les tests génétiques cliniques standard de plusieurs sites ainsi que des mesures de coûts pour non seulement identifier les différences dans les taux de diagnostic, la précision des diagnostics et les délais de diagnostic, mais aussi pour déterminer le rapport coût-efficacité de ces tests et les changements ultérieurs. dans la gestion des soins. L'utilité clinique sera définie comme les changements dans les soins qui découlent directement des résultats des tests génétiques (à la fois positifs et négatifs), y compris les tests cliniques standard et le rWGS. Ces données seront utilisées pour examiner plus en détail l'utilité et la rentabilité analytiques, diagnostiques et cliniques de ces tests.

Les méthodes rWGS continuent de s'améliorer et la médecine génomique pédiatrique est un tout nouveau domaine de pratique médicale. Cette étude informera également les chercheurs sur les meilleures pratiques, à la fois en termes de résultats médicaux traditionnels et de résultats centrés sur le patient. Par conséquent, cette étude servira également de biodépôt d'échantillons et de données, car la capacité de partager des données génomiques et phénotypiques entre les chercheurs est essentielle pour faire progresser notre compréhension du domaine naissant de la médecine génomique pédiatrique.

Objectifs spécifiques :

1. Recueillir des échantillons biologiques et des données cliniques associées auprès de patients pédiatriques gravement malades susceptibles d'avoir une maladie génétique et des membres de leur famille (Phenome).
2. Créer, analyser et stocker les données génomiques des échantillons biologiques. Les données génomiques comprendront des séquences génomiques (ADNg), des séquences d'ARN et/ou d'autres données 'omiques connexes (y compris, mais sans s'y limiter, la pharmacogénomique, la transcriptomique et l'épigénomique). Les données génomiques du rWGS comprendront des appels de nucléotide unique (SNV), des variantes structurelles telles que le test du nombre de copies, les réarrangements génomiques, l'expression génique, le "transcriptome entier" ou des panels de séquençage d'ADN plus limités de gènes spécifiques ou de tous les exons de gènes (le " Exome").
3. Évaluer le taux de diagnostic des maladies génétiques par rWGS dans une population gravement malade recrutée à partir de plusieurs sites avec des comparaisons avec les tests génétiques cliniques standard.
4. Évaluer l'utilité clinique des diagnostics génétiques rapides dans les soins et la gestion des patients.
5. Examiner l'économie de la santé et le rapport coût-efficacité de ce test rapide sur de nombreux sites.
6. Étudier et améliorer les technologies et les logiciels de génomique pour améliorer la compréhension et les capacités de test liées aux maladies infantiles et aux réponses potentielles au traitement.
7. Mettre des échantillons et des données à la disposition des chercheurs et collaborateurs qualifiés afin de mieux comprendre les maladies infantiles rares et les réponses aux traitements.
8. Recueillir et corréler les données génomiques d'une grande variété de populations et de présentations cliniques.
9. Fournir des collections d'échantillons et de données avec un consentement uniforme, des méthodes d'acquisition, de stockage pour les études de recherche basées sur le génome avec les approbations ultérieures de l'IRB.
10. Analyser et rapporter des diagnostics génomiques cliniquement confirmés et des conseils de traitement grâce à l'utilisation de nouvelles technologies de recherche.
11. Identifier et étudier de nouveaux processus génétiques et pathologiques.