Rychlá studie sekvenování celého genomu (rWGS)

Rychlé sekvenování celého genomu (rWGS) je nová technologie, která je schopna poskytovat diagnózy genetických onemocnění s nástupem v dětství za pouhých 26 hodin. Vyšetřovatelé v RCIGM prokázali, že rWGS má vyšší diagnostické procento než tradiční molekulární testování u akutně nemocných kojenců s podezřením na genetickou diagnózu, přičemž diagnostické procento dosahuje až 57 %. Podobně u kojenecké populace výzkumníci z RCIGM prokázali, že tyto diagnózy jsou užitečné při řízení klinické péče, přičemž až 70 % kojenců, kteří dostanou diagnózu, má následnou změnu v řízení. V některých případech vede včasná diagnóza k léčbě, která zachraňuje životy. Vyšetřovatelé RCIGM prokázali, že až 25 % kojenců, kteří dostanou diagnózu, má následnou změnu v managementu, která zabraňuje morbiditě. Je zapotřebí více údajů, aby bylo možné určit, zda se tyto výsledky nacházejí v jiných institucích, mezi jinými etnickými a rasovými skupinami a u většího počtu pacientů. Je zapotřebí více údajů ke zkoumání akutní a dlouhodobé klinické užitečnosti takového testování, a to jak u novorozenců, tak u starších dětí, a také ke stanovení nákladové efektivity tohoto testování pro jiné instituce. Jako taková bude tato studie výsledkem spolupráce několika pracovišť za účelem sdílení dat a zkušeností s rWGS s vědeckou komunitou a také s vedením nemocnic, pojišťovnami a dalšími klíčovými zainteresovanými stranami, které mohou mít zájem o propagaci rWGS jako prvního klinického testu v budoucnost.

Studie poskytne klinicky laboratorně potvrzené výsledky týkající se symptomů postiženého pacienta, včetně volitelných náhodných nálezů, pokud se subjekty nerozhodnou pro tyto dodatečné výsledky, aby bylo možné tyto výsledky výzkumu použít v klinické péči. Kromě toho bude tato studie shromažďovat data týkající se standardního klinického genetického testování z více míst a také nákladových opatření, aby nejen identifikovala rozdíly v diagnostické rychlosti, diagnostické přesnosti a časech do diagnóz, ale také určila nákladovou efektivitu tohoto testování a následných změn. v řízení péče. Klinická užitečnost bude definována jako změny v péči, které vyplývají přímo z výsledků genetického testování (pozitivních i negativních), včetně standardních klinických testů a rWGS. Tato data budou použita k dalšímu zkoumání analytické, diagnostické a klinické užitečnosti a nákladové efektivity tohoto testování.

Metody rWGS se stále zdokonalují a dětská genomická medicína je zcela novou oblastí lékařské praxe. Tato studie bude také informovat vyšetřovatele o osvědčených postupech, a to jak z hlediska tradičních lékařských výsledků, tak výsledků zaměřených na pacienta. V důsledku toho bude tato studie také fungovat jako bioúložiště vzorků a dat, protože schopnost sdílet genomická a fenotypová data mezi výzkumníky je zásadní pro pokrok v našem chápání vznikající oblasti dětské genomické medicíny.

Konkrétní cíle:

1. Sbírat biologické vzorky a související klinická data od akutně nemocných dětských pacientů, kteří mohou mít genetické onemocnění, a jejich rodinných příslušníků (fenom).
2. Vytvářet, analyzovat a uchovávat genomická data z biologických vzorků. Genomická data budou zahrnovat genomové (gDNA) sekvence, RNA sekvence a/nebo jiná související omická data (včetně, ale bez omezení, farmakogenomiky, transkriptomiky a epigenomiky). Genomická data z rWGS budou zahrnovat volání jednotlivých nukleotidů (SNV), strukturální varianty, jako je testování počtu kopií, genomové přeuspořádání, genová exprese, „celý transkriptom“ nebo omezenější panely sekvenování DNA specifických genů nebo všech exonů genů (dále jen „ Exome").
3. Vyhodnotit míru diagnostiky genetických onemocnění pomocí rWGS v akutně nemocné populaci zařazené z více míst s porovnáním se standardním klinickým genetickým testováním.
4. Posoudit klinickou užitečnost rychlých genetických diagnóz v péči a managementu pacientů.
5. Prověřit zdravotní ekonomiku a nákladovou efektivitu tohoto rychlého testování na mnoha místech.
6. Zkoumat a zlepšovat genomické technologie a software za účelem zlepšení porozumění a testování schopností souvisejících s dětskými nemocemi a potenciálními léčebnými reakcemi.
7. Zpřístupnit vzorky a data kvalifikovaným výzkumným pracovníkům a spolupracovníkům, aby bylo možné lépe porozumět vzácným dětským chorobám a léčebným reakcím.
8. Shromažďovat a korelovat genomická data ze široké škály populací a klinických prezentací.
9. Poskytnout sběr vzorků a dat s jednotným souhlasem, způsoby získávání, uchovávání pro výzkumné studie založené na genomu s následným schválením IRB.
10. Analyzovat a hlásit klinicky potvrzené genomické diagnózy a vedení léčby pomocí nových výzkumných technologií.
11. Identifikovat a studovat nové genové a chorobné procesy.