Studie zur schnellen Sequenzierung des gesamten Genoms (rWGS)

Rapid Whole Genome Sequencing (rWGS) ist eine neue Technologie, die in der Lage ist, symptomorientierte Diagnosen von genetischen Erkrankungen im Kindesalter in nur 26 Stunden zu liefern. Forscher des RCIGM haben gezeigt, dass rWGS bei akut erkrankten Säuglingen, bei denen eine genetische Diagnose vermutet wird, höhere Diagnoseraten aufweist als herkömmliche molekulare Tests, mit Diagnoseraten von bis zu 57 %. In ähnlicher Weise haben RCIGM-Forscher in der Säuglingspopulation gezeigt, dass diese Diagnosen nützlich sind, um die klinische Versorgung zu steuern, wobei bis zu 70 % der Säuglinge, die eine Diagnose erhalten, eine anschließende Änderung in der Behandlung erfahren. In einigen Fällen führt eine rechtzeitige Diagnose zu lebensrettenden Behandlungen. RCIGM-Untersucher haben gezeigt, dass bei bis zu 25 % der Säuglinge, die eine Diagnose erhalten, eine anschließende Änderung der Behandlung erfolgt, die eine Morbidität verhindert. Es sind weitere Daten erforderlich, um festzustellen, ob diese Ergebnisse in anderen Einrichtungen, bei anderen ethnischen und rassischen Gruppen und bei einer größeren Anzahl von Patienten gefunden werden. Weitere Daten sind erforderlich, um den akuten und langfristigen klinischen Nutzen solcher Tests sowohl bei Neugeborenen als auch bei älteren Kindern zu untersuchen und die Kosteneffektivität dieser Tests für andere Einrichtungen zu bestimmen. Daher wird diese Studie eine Zusammenarbeit mehrerer Standorte sein, um Daten und Erfahrungen mit rWGS mit der wissenschaftlichen Gemeinschaft sowie Krankenhausverwaltungen, Versicherungsunternehmen und anderen wichtigen Interessengruppen auszutauschen, die daran interessiert sein könnten, rWGS als klinischen Erstlinientest zu fördern die Zukunft.

Die Studie wird klinisch laborbestätigte Ergebnisse in Bezug auf die Symptome des betroffenen Patienten liefern, einschließlich optionaler Zufallsbefunde, es sei denn, die Probanden entscheiden sich gegen diese zusätzlichen Ergebnisse, damit diese Forschungsergebnisse in der klinischen Versorgung verwendet werden können. Darüber hinaus wird diese Studie Daten zu klinischen Standard-Gentests von mehreren Standorten sowie Kostenmaße aggregieren, um nicht nur Unterschiede in den Diagnoseraten, der Diagnosegenauigkeit und den Zeiten bis zur Diagnose zu identifizieren, sondern auch um die Kosteneffektivität dieser Tests und nachfolgender Änderungen zu bestimmen im Pflegemanagement. Klinischer Nutzen wird definiert als Änderungen in der Versorgung, die sich direkt aus den Ergebnissen von Gentests (sowohl positiv als auch negativ) ergeben, einschließlich klinischer Standardtests und rWGS. Diese Daten werden verwendet, um den analytischen, diagnostischen und klinischen Nutzen und die Kosteneffizienz dieser Tests weiter zu untersuchen.

rWGS-Methoden werden immer besser, und die pädiatrische Genommedizin ist ein sehr neues Gebiet der medizinischen Praxis. Diese Studie wird Forscher auch über bewährte Verfahren informieren, sowohl in Bezug auf traditionelle medizinische Ergebnisse als auch auf patientenzentrierte Ergebnisse. Folglich wird diese Studie auch als Biorepository für Proben und Daten dienen, da die Möglichkeit, genomische und phänotypische Daten unter Forschern auszutauschen, entscheidend ist, um unser Verständnis des aufstrebenden Gebiets der pädiatrischen Genommedizin voranzutreiben.

Spezifische Ziele:

1. Sammlung biologischer Proben und zugehöriger klinischer Daten von akut erkrankten pädiatrischen Patienten, die möglicherweise an einer genetischen Krankheit leiden, und ihren Familienmitgliedern (Phänomen).
2. Erstellung, Analyse und Speicherung genomischer Daten aus den biologischen Proben. Genomdaten umfassen genomische (gDNA) Sequenzen, RNA-Sequenzen und/oder andere verwandte omische Daten (einschließlich, aber nicht beschränkt auf Pharmakogenomik, Transkriptomik und Epigenomik). Genomische Daten von rWGS umfassen Single Nucleotide Calls (SNVs), strukturelle Varianten wie Kopienzahltests, genomische Umlagerungen, Genexpression, das „gesamte Transkriptom“ oder begrenztere DNA-Sequenzierungspanels spezifischer Gene oder aller Exons von Genen (die „ Exom").
3. Bewertung der Diagnoserate von genetischen Erkrankungen durch rWGS in einer akut kranken Population, die von mehreren Standorten aufgenommen wurde, mit Vergleichen zu klinischen Standard-Gentests.
4. Bewertung des klinischen Nutzens von genetischen Schnelldiagnosen bei der Versorgung und Behandlung von Patienten.
5. Untersuchung der Gesundheitsökonomie und Kosteneffektivität dieser Schnelltests an vielen Standorten.
6. Untersuchung und Verbesserung von Genomiktechnologien und -software zur Verbesserung des Verständnisses und der Testfähigkeiten im Zusammenhang mit Kinderkrankheiten und potenziellen Behandlungsansprechen.
7. Bereitstellung von Proben und Daten für qualifizierte Forscher und Mitarbeiter, um das Verständnis seltener Kinderkrankheiten und Behandlungsansprechen zu fördern.
8. Sammeln und Korrelieren genomischer Daten aus einer Vielzahl von Populationen und klinischen Präsentationen.
9. Bereitstellung von Proben- und Datensammlungen mit einheitlicher Zustimmung, Erwerbsmethoden, Speicherung für genombasierte Forschungsstudien mit anschließenden IRB-Genehmigungen.
10. Analyse und Berichterstattung über klinisch bestätigte genomische Diagnosen und Behandlungsleitlinien durch den Einsatz neuer Forschungstechnologien.
11. Identifizierung und Untersuchung neuartiger Gen- und Krankheitsprozesse.