Исследование быстрого полногеномного секвенирования (rWGS)

Быстрое секвенирование всего генома (rWGS) — это новая технология, которая позволяет диагностировать генетические заболевания, проявляющиеся в детском возрасте, на основе симптомов всего за 26 часов. Исследователи из RCIGM показали, что rWGS имеет более высокие диагностические показатели, чем традиционные молекулярные тесты, у остробольных младенцев с подозрением на генетический диагноз, с диагностическими показателями до 57%. Точно так же исследователи RCIGM показали, что в детской популяции эти диагнозы полезны для направления клинической помощи: до 70% младенцев, которым поставлен диагноз, требуют последующего изменения тактики ведения. В некоторых случаях своевременная диагностика приводит к лечению, которое спасает жизнь. Исследователи RCIGM показали, что до 25% младенцев, которым поставлен диагноз, в последующем меняют тактику ведения, что предотвращает заболеваемость. Необходимы дополнительные данные, чтобы определить, обнаруживаются ли эти результаты в других учреждениях, среди других этнических и расовых групп и у большего числа пациентов. Необходимы дополнительные данные для изучения неотложной и долгосрочной клинической пользы такого тестирования как у новорожденных, так и у детей старшего возраста, а также для определения экономической эффективности этого тестирования для других учреждений. Таким образом, это исследование будет представлять собой сотрудничество нескольких центров для обмена данными и опытом rWGS с научным сообществом, а также с администрациями больниц, страховыми компаниями и другими ключевыми заинтересованными сторонами, которые могут быть заинтересованы в продвижении rWGS в качестве первого клинического теста в будущее.

Исследование предоставит клинически подтвержденные лабораторно результаты, связанные с симптомами пострадавшего пациента, включая необязательные случайные результаты, если субъекты не откажутся от этих дополнительных результатов, чтобы разрешить использование этих результатов исследования в клинической помощи. Кроме того, в этом исследовании будут объединены данные о стандартном клиническом генетическом тестировании из нескольких центров, а также меры затрат, чтобы не только выявить различия в диагностических показателях, диагностической точности и времени постановки диагноза, но и определить экономическую эффективность этого тестирования и последующих изменений. в управлении уходом. Клиническая полезность будет определяться как изменения в уходе, которые вытекают непосредственно из результатов генетического тестирования (как положительного, так и отрицательного), включая стандартные клинические тесты и rWGS. Эти данные будут использоваться для дальнейшего изучения аналитической, диагностической и клинической полезности и экономической эффективности этого тестирования.

Методы rWGS продолжают совершенствоваться, и педиатрическая геномная медицина является совершенно новой областью медицинской практики. Это исследование также проинформирует исследователей о передовом опыте, как с точки зрения традиционных медицинских результатов, так и результатов, ориентированных на пациента. Следовательно, это исследование также будет выступать в качестве биорепозитория для образцов и данных, поскольку способность обмениваться геномными и фенотипическими данными между исследователями имеет решающее значение для развития нашего понимания зарождающейся области педиатрической геномной медицины.

Конкретные цели:

1. Для сбора биологических образцов и связанных с ними клинических данных от остробольных педиатрических пациентов, которые могут иметь генетическое заболевание, и членов их семей (Phenome).
2. Для создания, анализа и хранения геномных данных из биологических образцов. Геномные данные будут включать геномные (гДНК) последовательности, последовательности РНК и/или другие родственные омические данные (включая, но не ограничиваясь ими, фармакогеномику, транскриптомику и эпигеномику). Геномные данные из rWGS будут включать вызовы отдельных нуклеотидов (SNV), структурные варианты, такие как тестирование числа копий, геномные перестройки, экспрессия генов, «полный транскриптом» или более ограниченные панели секвенирования ДНК определенных генов или всех экзонов генов (« Экзом").
3. Оценить частоту диагностики генетических заболеваний с помощью rWGS среди остробольной популяции, зарегистрированной в нескольких местах, в сравнении со стандартным клиническим генетическим тестированием.
4. Оценить клиническую полезность быстрой генетической диагностики при лечении и ведении пациентов.
5. Изучить экономику здравоохранения и экономическую эффективность этого экспресс-тестирования во многих учреждениях.
6. Исследовать и совершенствовать геномные технологии и программное обеспечение для улучшения понимания и тестирования возможностей, связанных с детскими заболеваниями и потенциальными ответами на лечение.
7. Сделать образцы и данные доступными для квалифицированных исследователей и сотрудников, чтобы лучше понять редкие детские заболевания и реакцию на лечение.
8. Для сбора и сопоставления геномных данных из самых разных популяций и клинических проявлений.
9. Предоставление образцов и коллекций данных с единым согласием, методами получения, хранения для исследований на основе генома с последующим одобрением IRB.
10. Анализировать и сообщать о клинически подтвержденных геномных диагнозах и рекомендациях по лечению с использованием новых исследовательских технологий.
11. Идентифицировать и изучать новые гены и болезненные процессы.