Hurtig hele genom-sekventeringsundersøgelse (rWGS)

Rapid Whole Genome Sequencing (rWGS) er en ny teknologi, der er i stand til at levere symptomdrevne diagnoser af genetiske sygdomme, der opstår i barndommen på så lidt som 26 timer. Efterforskere ved RCIGM har vist, at rWGS har højere diagnostiske rater end traditionelle molekylære tests hos akut syge spædbørn, der mistænkes for en genetisk diagnose, med diagnostiske rater på op til 57 %. Tilsvarende har RCIGM-forskere i spædbørnspopulationen vist, at disse diagnoser er nyttige til styring af klinisk pleje, idet op til 70 % af spædbørn, der modtager en diagnose, har en efterfølgende ændring i ledelsen. I nogle tilfælde resulterer en rettidig diagnose i behandlinger, der er livreddende. RCIGM-forskere har vist, at op til 25 % af spædbørn, der får en diagnose, har en efterfølgende ændring i håndteringen, der forhindrer sygelighed. Flere data er nødvendige for at afgøre, om disse resultater findes på andre institutioner, blandt andre etniske og racemæssige grupper, og hos et større antal patienter. Flere data er nødvendige for at undersøge den akutte og langsigtede kliniske nytte af sådanne tests, både hos nyfødte og ældre børn, samt for at bestemme omkostningseffektiviteten af ​​denne test for andre institutioner. Som sådan vil denne undersøgelse være et samarbejde mellem flere websteder for at dele data og erfaringer fra rWGS med det videnskabelige samfund såvel som hospitalsadministrationer, forsikringsselskaber og andre nøgleinteressenter, der kan være interesserede i at promovere rWGS som en førstelinjes klinisk test i fremtiden.

Undersøgelsen vil give kliniske laboratoriebekræftede resultater relateret til den berørte patients symptomer, herunder valgfrie tilfældige fund, medmindre forsøgspersoner fravælger disse yderligere resultater, for at tillade, at disse forskningsresultater kan bruges i den kliniske pleje. Desuden vil denne undersøgelse samle data vedrørende standard klinisk genetisk testning fra flere steder samt omkostningsmålinger for ikke kun at identificere forskelle i diagnostiske hastigheder, diagnostisk nøjagtighed og tider til diagnoser, men for at bestemme omkostningseffektiviteten af ​​denne test og efterfølgende ændringer i plejeledelse. Klinisk nytte vil blive defineret som ændringer i pleje, der følger direkte af resultater af genetisk testning (både positive og negative), herunder standard kliniske tests og rWGS. Disse data vil blive brugt til yderligere at undersøge den analytiske, diagnostiske og kliniske nytte og omkostningseffektivitet af denne test.

rWGS-metoder fortsætter med at forbedre sig, og pædiatrisk genomisk medicin er et meget nyt felt inden for medicinsk praksis. Denne undersøgelse vil også informere efterforskerne om bedste praksis, både hvad angår traditionelle medicinske resultater og patientcentrerede resultater. Derfor vil denne undersøgelse også fungere som et biodepot for prøver og data, da evnen til at dele genomiske og fænotypiske data blandt forskere er afgørende for at fremme vores forståelse af det spirende område inden for pædiatrisk genomisk medicin.

Specifikke mål:

1. At indsamle biologiske prøver og tilhørende kliniske data fra akut syge pædiatriske patienter, som kan have en genetisk sygdom, og deres familiemedlemmer (fænomen).
2. At skabe, analysere og gemme genomiske data fra de biologiske prøver. Genomiske data vil omfatte genomiske (gDNA) sekvenser, RNA-sekvenser og/eller andre relaterede 'omiske data (herunder, men ikke begrænset til, farmakogenomik, transkriptomik og epigenomi). Genomiske data fra rWGS vil omfatte enkelt nukleotidkald (SNV'er), strukturelle varianter såsom kopiantal testning, genomiske omlejringer, genekspression, "hele transkriptomet" eller mere begrænsede DNA-sekventeringspaneler af specifikke gener eller af alle exoner af gener (den " Exome").
3. At evaluere diagnosehastigheden af ​​genetiske sygdomme af rWGS i en akut syg befolkning, der tilmelder sig fra flere steder med sammenligninger med standard klinisk genetisk testning.
4. At vurdere den kliniske nytte af hurtige genetiske diagnoser i pleje og behandling af patienter.
5. At undersøge sundhedsøkonomien og omkostningseffektiviteten af ​​denne hurtige test på tværs af mange steder.
6. At undersøge og forbedre genomics-teknologier og -software for at forbedre forståelsen og teste evner relateret til børnesygdomme og potentielle behandlingsreaktioner.
7. At gøre prøver og data tilgængelige for kvalificerede forskere og samarbejdspartnere for at fremme forståelsen af ​​sjældne børnesygdomme og behandlingsreaktioner.
8. At indsamle og korrelere genomiske data fra en bred vifte af populationer og kliniske præsentationer.
9. At levere prøve- og dataindsamlinger med ensartet samtykke, metoder til erhvervelse, opbevaring til genom-baserede forskningsstudier med efterfølgende IRB-godkendelser.
10. At analysere og rapportere klinisk bekræftede genomiske diagnoser og behandlingsvejledning ved brug af nye forskningsteknologier.
11. At identificere og studere nye gen- og sygdomsprocesser.