암 치료 선택을 위한 비침습적 종합 게놈 프로파일링의 임상적 유용성을 평가하기 위한 액체 생검 정보 정밀 종양학 연구

1. 사이트 모니터링 및 감사 계획을 포함하여 데이터 유효성 검사 및 등록 절차를 다루는 품질 보증 계획.

   모든 정보는 Redcap에서 호스팅되는 연구별 사례 보고서 양식(CRF)에 수집되거나 연구 데이터베이스에 직접 입력됩니다. 환자의 정보보호를 위해 다음과 같은 조치를 취하고 있습니다.

   • 데이터베이스는 암호로 보호됩니다. 승인된 직원만 프로젝트 데이터를 입력하고 볼 수 있습니다.
   • 암호와 시스템 ID는 공유되지 않습니다.
   • 워크스테이션/파일의 물리적 보안이 유지됩니다. 데이터베이스가 열려 있는 워크스테이션은 방치되지 않습니다.
   • 직원은 데이터 입력 시스템 및 보안 절차에 대해 교육을 받습니다.
   • 연구 데이터는 Sidney Kimmel 종합 암 센터 임상 연구실과 암 센터 안전 위원회에서 검토/모니터링합니다.

2. 레지스트리의 다른 데이터 필드와의 범위 또는 일관성에 대한 사전 정의된 규칙에 대해 레지스트리에 입력된 데이터를 비교하기 위해 데이터를 검사합니다.

   데이터 확인은 SKCCC SOP DM-01-04 CRF 문서 표준에 따라 수행됩니다.

   증례 보고 양식(CRF): 각 임상시험 대상자에 대해 의뢰자에게 보고해야 하는 프로토콜에 필요한 모든 정보를 기록하도록 설계된 인쇄, 광학 또는 전자 문서입니다. ICH GCP 1.11 원본 문서: 원본 문서, 데이터 및 기록(예: 병원 기록, 임상 및 사무실 차트, 실험실 기록, 메모, 피험자의 일기 또는 평가 체크리스트, 약국 조제 기록, 자동화 기기에서 기록된 데이터, 인증된 사본 또는 필사본) 정확하고 완전한 것으로 확인된 후, 마이크로피시, 사진 네거티브, 마이크로필름 또는 자기 매체, 엑스레이, 대상 파일 및 약국, 실험실 및 임상 시험과 관련된 의료 기술 부서에 보관된 기록). ICH GCP 1.52

3. 데이터를 외부 데이터 소스(예: 의료 기록, 종이 또는 전자 사례 보고서 양식 또는 대화형 음성 응답 시스템)와 비교하여 레지스트리 데이터의 정확성, 완전성 또는 대표성을 평가하기 위한 소스 데이터 확인.

   생성된 데이터의 완전성과 정확성을 보장할 의정서 의장이 모든 연구 데이터의 완전성과 정확성을 검토합니다. 이 프로젝트에 참여하는 지정된 연구 조정자는 각 참여자와 관련된 임상 정보를 수집합니다. 이러한 데이터에는 의료 기록 번호, 연령, 성별, 치료 이력, 순환 종양 표지자, 종양 크기, 종양 등급, 종양 수용체 상태, 병리학 보고서, 흡연 이력, 호르몬 이력, 병용 약물 및 출산력이 포함될 수 있지만 이에 국한되지 않습니다. . 이러한 정보는 기존 임상 데이터베이스/EMR(예: EPIC) 및 환자 설문 정보에서 검색되며 전자 일정 및 처방 시스템도 포함될 수 있습니다.

   후속 정보는 의료 기록 검토를 통해 수집됩니다. 또한 참가자는 질문이나 설명 또는 추가 후속 요구 사항을 돕기 위해 전화로 연락할 수 있습니다.

4. 변수의 출처, 사용된 경우 코딩 정보(예: World Health Organization Drug Dictionary, MedDRA) 및 정상 범위(관련된 경우)를 포함하여 레지스트리에서 사용되는 각 변수에 대한 자세한 설명이 포함된 데이터 사전.

   데이터 사전의 출처는 Botsis et al., JCO CCI, 2023, in press에 포함되어 있습니다.

5. 환자 모집, 데이터 수집, 데이터 관리, 데이터 분석, 부작용 보고 및 변경 관리와 같은 레지스트리 운영 및 분석 활동을 처리하기 위한 표준 운영 절차.

   이러한 활동은 연구 프로토콜 및 Good Clinical Practice 원칙에 따라 수행됩니다. 연구 수행 및 진행에 관한 정보는 현재 기관 표준에 따라 현지 IRB(Institutional Review Board)에 보고됩니다. 이 연구는 현재 기관 표준에 따라 정기 연례 검토를 거칩니다.

6. 효과를 입증하는 데 필요한 참가자 수 또는 참가자 연도를 지정하기 위한 샘플 크기 평가.

   비선암 비소세포폐암, 소세포폐암, 신경내분비폐암, 중피종, 식도암, 유방암, 두경부암 등 고형암 환자 150명을 모집한다. 액체 생검 분석의 분석 성능을 기반으로 우리는 개인의 >85%에서 종양 특정 돌연변이를 감지할 것으로 예상합니다. 우리는 1.5년 안에 적립을 완료할 것으로 예상합니다. 분석은 주로 이 타당성 조사에 대한 설명입니다. 150명의 환자의 표본 크기는 관찰된 비율 추정치에 대해 합리적인 신뢰를 제공합니다. 임상적 의미의 변형이 있는 환자의 비율. 95% 신뢰 구간의 폭은 16.5%보다 좁을 것입니다.

7. 데이터 불일치 또는 범위를 벗어난 결과로 인해 변수가 누락되거나, 사용할 수 없거나, 보고되지 않거나, 해석할 수 없거나, 누락된 것으로 간주되는 상황을 해결하기 위해 누락된 데이터를 계획합니다.

   누락된 데이터는 다운스트림 분석에서 제외됩니다.

8. 연구 프로토콜 또는 계획에 명시된 바와 같이 1차 및 2차 목표를 해결하기 위해 사용할 분석 원칙 및 통계 기술을 설명하는 통계 분석 계획.

   1. 주요 목표 분석:

      1차 목표는 위에서 설명한 대로 다양한 수준의 증거(유전자 및 변경 유형으로 계층화)에 걸쳐 임상적 의미가 있는 변이의 수와 유병률을 결정하고 그에 따라 MTB 치료 권장 사항이 있는 환자의 비율을 결정하는 것입니다. 95% 신뢰 구간과 함께 ctDNA 샘플에서 검출된 임상적 의미가 있는 변이를 포함하는 환자의 비율을 추정하기 위해 기술 분석이 수행됩니다. 액체 생검에 의해 검출된 돌연변이 프로필에 따라 실행 가능한 변경에 맞춰진 MTB 치료 권장 사항이 있는 환자의 비율과 MTB 권장 사항에 따라 치료된 환자의 비율이 추정됩니다. 체액 생검 수집부터 MTB 권장까지의 일수 및 MTB 권장부터 치료 개시까지의 일수를 평균, 중앙값, 표준 편차 및 범위로 요약할 것입니다. 30명의 환자마다 데이터를 요약할 계획입니다.

   2. 2차 목표 분석:

후속 암 치료까지의 시간은 치료 의사의 결정에 따라 치료 개시로부터 다음 암 치료 시작까지의 시간이다. 무진행 생존(PFS)은 치료 시작부터 RECIST에 따른 방사선학적 진행, 임상 진행 또는 치료 의사의 평가에 따른 질병 악화까지의 시간입니다. 전체 생존(OS)은 치료 시작부터 모든 원인으로 인한 사망까지의 시간입니다. 무진행생존(PFS)과 전체생존(OS)은 Kaplan-Meier 방법으로 MTB 권고가 있는 환자와 그렇지 않은 환자, 그리고 권고된 치료를 받는 환자와 받지 않는 환자의 특징이 될 것이다.

치료 등급(표준 치료, 임상 시험, 오프라벨 사용)별 MTB 기반 치료 권장 빈도, 치료 권장 사항 및 이유와의 편차(임상 악화, 기타 프로토콜, 환자 부적격, 오프라벨 치료 불가, 임상시험 불가능(예. 물리적 거리), 모집하지 않는 임상시험, 의사의 결정, 환자의 선택 등) 시간 일치 또는 보관 조직 표본과 비교하여 기준선에서 액체 생검 분석을 통해 얻은 감지된 변경의 일치는 Kappa 통계를 사용하여 요약되고 정량화됩니다.

액체 생검 분석을 통해 얻은 종양 유형별 무세포 DNA 수율 및 ctDNA 양을 결정하기 위해 기술 분석도 수행됩니다. 또한 종양 유형 및 분석 전 변수에 따른 분석 성공률은 다음을 포함하여 최소 기술 데이터 요소에 걸쳐 수행됩니다.

• 채혈관형
• 샘플 조성
• 배송 온도
• 혈액 분획화 방법
• 분류 시간
• 분석물 분리 방법
• 냉동할 시간
• 보관 온도
• 농도: 세포 농도 또는 분자 농도
• 분석 방법
• 분석 시간