Прецизионное онкологическое исследование на основе жидкостной биопсии для оценки клинической полезности неинвазивного комплексного геномного профилирования для выбора лечения рака

1. План обеспечения качества, который касается процедур проверки данных и реестра, включая любые планы мониторинга и аудита сайта.

   Вся информация будет собираться в формах отчетов о конкретных исследованиях (CRF), размещенных в Redcap, и / или напрямую вводится в базу данных исследования. Для защиты информации о пациентах будут приняты следующие меры:

   • База данных будет защищена паролем; только авторизованный персонал может вводить и просматривать данные проекта.
   • Пароли и системные идентификаторы не будут разглашаться.
   • Физическая безопасность рабочих станций/файлов будет поддерживаться. Рабочие станции с открытой базой данных не останутся без присмотра.
   • Персонал будет обучен системе ввода данных и процедурам безопасности.
   • Данные исследования будут проверяться/отслеживаться Управлением клинических исследований Комплексного онкологического центра имени Сидни Киммела и Комитетом по безопасности онкологического центра.

2. Проверка данных для сравнения данных, введенных в реестр, с предопределенными правилами диапазона или согласованности с другими полями данных в реестре.

   Проверка данных будет выполняться в соответствии со стандартами документации CRF SKCCC SOP DM-01-04.

   Форма отчета о клиническом случае (CRF): печатный, оптический или электронный документ, предназначенный для записи всей требуемой протоколом информации, которая должна быть сообщена спонсору по каждому субъекту исследования. ICH GCP 1.11 Исходные документы: оригинальные документы, данные и записи (например, больничные записи, клинические и амбулаторные карты, лабораторные записи, меморандумы, дневники субъектов или контрольные списки оценок, аптечные записи, записанные данные с автоматических инструментов, копии или транскрипции, заверенные микрофиши, фотонегативы, микрофильмы или магнитные носители, рентгеновские снимки, тематические файлы и записи, хранящиеся в аптеке, лабораториях и медико-технических подразделениях, участвующих в клиническом исследовании). ИКН GCP 1.52

3. Проверка исходных данных для оценки точности, полноты или репрезентативности данных реестра путем сравнения данных с внешними источниками данных (например, медицинскими записями, бумажными или электронными формами истории болезни или интерактивными системами голосового ответа).

   Все данные исследования будут проверены на полноту и точность председателем протокола, который обеспечит полноту и точность полученных данных. Назначенный координатор(ы) исследований, участвующие в этом проекте, будут собирать клиническую информацию, связанную с каждым участником. Такие данные могут включать, помимо прочего: номер медицинской карты, возраст, пол, историю лечения, циркулирующие опухолевые маркеры, размер опухоли, степень опухоли, статус опухолевых рецепторов, отчет о патологии, историю курения, гормональный анамнез, сопутствующие лекарства и паритет. . Такая информация будет извлекаться из существующих клинических баз данных/EMR (например, EPIC) и данных анкет пациентов, а также может включать электронные системы планирования и назначения.

   Последующая информация будет собираться путем изучения медицинских записей. Кроме того, с участниками можно связаться по телефону, чтобы помочь с любыми вопросами или разъяснениями или дополнительными требованиями.

4. Словарь данных, который содержит подробные описания каждой переменной, используемой реестром, включая источник переменной, информацию о кодировании, если она используется (например, Словарь лекарственных средств Всемирной организации здравоохранения, MedDRA), и нормальные диапазоны, если это применимо.

   Источник для словаря данных включен в Botsis et al., JCO CCI, 2023, в печати.

5. Стандартные операционные процедуры для работы с реестром и аналитических мероприятий, таких как набор пациентов, сбор данных, управление данными, анализ данных, отчетность о нежелательных явлениях и управление изменениями.

   Эти действия будут проводиться в соответствии с протоколом исследования и принципами надлежащей клинической практики. Информация о проведении и прогрессе исследования будет сообщаться в наш местный Институциональный контрольный совет (IRB) в соответствии с действующими институциональными стандартами. Исследование будет проходить плановую ежегодную проверку в соответствии с действующими институциональными стандартами.

6. Оценка размера выборки для определения количества участников или лет участия, необходимых для демонстрации эффекта.

   Мы наберем 150 пациентов с солидными опухолями, включая неаденокарциному НМРЛ, мелкоклеточный рак легкого, нейроэндокринный рак легкого, мезотелиому, рак пищевода, рак молочной железы и рак головы и шеи. Основываясь на аналитических характеристиках жидкостной биопсии, мы ожидаем обнаружить опухолеспецифические мутации у> 85% людей. Мы рассчитываем завершить начисление через 1,5 года. Анализ носит в первую очередь описательный характер для данного технико-экономического обоснования. Размер выборки из 150 пациентов обеспечит достаточную уверенность в отношении наблюдаемой оценки пропорций, т.е. процент больных с вариантами клинической значимости. Ширина 95% доверительного интервала будет уже 16,5%.

7. Запланируйте отсутствующие данные для решения ситуаций, когда переменные сообщаются как отсутствующие, недоступные, не сообщаемые, не поддающиеся интерпретации или считающиеся отсутствующими из-за несогласованности данных или результатов, выходящих за пределы допустимого диапазона.

   Отсутствующие данные будут исключены из последующего анализа.

8. План статистического анализа, описывающий аналитические принципы и статистические методы, которые следует использовать для решения основных и второстепенных задач, как указано в протоколе или плане исследования.

   1. Анализ основных целей:

      Первичные цели состоят в том, чтобы определить количество и распространенность вариантов с клинической значимостью на разных уровнях доказательности (стратифицированных по генам и типам изменений), как описано выше, и соответственно определить процент пациентов с рекомендацией по лечению MTB. Будет проведен описательный анализ для оценки процента пациентов, у которых имеются клинически значимые варианты, обнаруженные в образцах цДНК, наряду с доверительными интервалами 95%. Будут оцениваться процент пациентов с рекомендацией по лечению MTB, адаптированной к действенному изменению в соответствии с профилями мутаций, обнаруженными с помощью жидкостной биопсии, и процент пациентов, получающих лечение в соответствии с рекомендацией MTB. Дни от сбора жидкой биопсии до рекомендации MTB и дни от рекомендации MTB до начала лечения будут суммированы по среднему значению, медиане, стандартному отклонению и диапазону. Мы планируем обобщать данные после каждых 30 пациентов.

   2. Анализ второстепенных целей:

Время до последующей противоопухолевой терапии – это время от начала лечения до начала следующей противоопухолевой терапии по решению лечащего врача. Выживаемость без прогрессирования (ВБП) — это время от начала терапии до рентгенологического прогрессирования по RECIST, клинического прогрессирования или ухудшения заболевания по оценке лечащего врача. Общая выживаемость (ОВ) — это время от начала терапии до смерти по любой причине. ВБП и ОВ будут характеристиками по методу Каплана-Мейера среди пациентов, которые имеют и не имеют рекомендаций по MTB, а также для пациентов, которые получают и не получают рекомендованное лечение.

Будет проведен описательный анализ, чтобы сообщить о частоте рекомендаций по лечению на основе MTB по терапевтическому классу (стандарт лечения, клинические испытания, использование не по прямому назначению), а также об отклонениях от рекомендаций по лечению и причинах (клиническое ухудшение, другой протокол, непригодность пациента, лечение не по прямому назначению недоступно, клинические испытания неосуществимы (например, физическое расстояние), клиническое исследование без привлечения, решение врача, выбор пациента и т. д.) Соответствие обнаруженных изменений, полученных с помощью анализов жидкой биопсии на исходном уровне, по сравнению с соответствующими по времени или архивными образцами тканей, будет суммировано и количественно определено с использованием статистики Каппа.

Также будет проведен описательный анализ для определения выхода бесклеточной ДНК и количества ctDNA в зависимости от типа опухоли, полученной с помощью анализа жидкой биопсии. Кроме того, показатель успешности анализа по типу опухоли и преаналитическим переменным будет выполняться по минимальным элементам технических данных, включая:

• Тип пробирки для забора крови
• Образец состава
• Температура доставки
• Метод фракционирования крови
• Время фракционирования
• Метод выделения аналита
• Время в заморозку
• Температура хранения
• Концентрация: клеточная концентрация или молекулярная концентрация
• Метод анализа
• Время анализа