Étude d'oncologie de précision fondée sur la biopsie liquide pour évaluer l'utilité clinique du profilage génomique complet non invasif pour la sélection du traitement du cancer

1. Plan d'assurance qualité qui traite de la validation des données et des procédures d'enregistrement, y compris tout plan de surveillance et d'audit du site.

   Toutes les informations seront collectées sur des formulaires de rapport de cas (CRF) spécifiques à l'étude hébergés dans Redcap et/ou directement entrés dans une base de données d'étude. Les mesures suivantes seront prises pour protéger les informations des patients :

   • La base de données sera protégée par un mot de passe ; seul le personnel autorisé peut saisir et afficher les données du projet.
   • Les mots de passe et les ID système ne seront pas partagés.
   • La sécurité physique des postes de travail/fichiers sera maintenue. Les postes de travail avec la base de données ouverte ne seront pas laissés sans surveillance.
   • Le personnel sera formé au système de saisie des données et aux procédures de sécurité.
   • Les données de l'étude seront examinées/surveillées par le Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center Clinical Research Office et le Cancer Center Safety Committee.

2. Vérifications des données pour comparer les données saisies dans le registre avec des règles prédéfinies de portée ou de cohérence avec d'autres champs de données dans le registre.

   Les vérifications des données seront effectuées conformément aux normes de documentation SKCCC SOP DM-01-04 CRF.

   Formulaire de rapport de cas (CRF) : Un document imprimé, optique ou électronique conçu pour enregistrer toutes les informations requises par le protocole à rapporter au promoteur sur chaque sujet d'essai. ICH GCP 1.11 Source Documents : documents, données et enregistrements originaux (par exemple, dossiers hospitaliers, dossiers cliniques et de bureau, notes de laboratoire, notes de service, journaux des sujets ou listes de contrôle d'évaluation, dossiers de distribution de la pharmacie, données enregistrées à partir d'instruments automatisés, copies ou transcriptions certifiées après vérification de l'exactitude et de l'exhaustivité, microfiches, négatifs photographiques, microfilms ou supports magnétiques, radiographies, dossiers sujets et registres conservés à la pharmacie, dans les laboratoires et dans les services médicotechniques impliqués dans l'essai clinique). ICH BPC 1.52

3. Vérification des données sources pour évaluer l'exactitude, l'exhaustivité ou la représentativité des données du registre en comparant les données à des sources de données externes (par exemple, dossiers médicaux, formulaires papier ou électroniques de rapport de cas ou systèmes de réponse vocale interactifs).

   Toutes les données de l'étude seront examinées pour leur exhaustivité et leur exactitude par le responsable du protocole qui garantira l'exhaustivité et l'exactitude des données générées. Le ou les coordonnateurs de recherche désignés participant à ce projet recueilleront les renseignements cliniques associés à chaque participant. Ces données peuvent inclure, mais sans s'y limiter : le numéro de dossier médical, l'âge, le sexe, les antécédents de traitement, les marqueurs tumoraux circulants, la taille de la tumeur, le grade de la tumeur, le statut des récepteurs tumoraux, le rapport de pathologie, les antécédents de tabagisme, les antécédents hormonaux, les médicaments concomitants et la parité. . Ces informations seront extraites des bases de données cliniques/DME existantes (par exemple, EPIC) et des informations des questionnaires des patients, et peuvent également inclure des systèmes de planification et de prescription électroniques.

   Des informations de suivi seront recueillies en examinant les dossiers médicaux. De plus, les participants peuvent être joints par téléphone pour toute question ou clarification, ou pour toute demande de suivi supplémentaire.

4. Dictionnaire de données contenant des descriptions détaillées de chaque variable utilisée par le registre, y compris la source de la variable, les informations de codage si elles sont utilisées (par exemple, le dictionnaire des médicaments de l'Organisation mondiale de la santé, MedDRA) et les plages normales, le cas échéant.

   La source du dictionnaire de données est incluse dans Botsis et al., JCO CCI, 2023, sous presse.

5. Procédures opérationnelles standard pour traiter les opérations de registre et les activités d'analyse, telles que le recrutement des patients, la collecte de données, la gestion des données, l'analyse des données, la notification des événements indésirables et la gestion des changements.

   Ces activités seront réalisées dans le respect du protocole d'étude et des principes des bonnes pratiques cliniques. Les informations concernant la conduite et les progrès de l'étude seront communiquées à notre comité d'examen institutionnel (IRB) local conformément aux normes institutionnelles en vigueur. L'étude fera l'objet d'un examen annuel de routine conformément aux normes institutionnelles en vigueur.

6. Évaluation de la taille de l'échantillon pour préciser le nombre de participants ou d'années-participants nécessaires pour démontrer un effet.

   Nous recruterons 150 patients atteints de tumeurs solides, y compris un CPNPC non adénocarcinome, un cancer du poumon à petites cellules, un cancer du poumon neuroendocrinien, un mésothéliome, un cancer de l'œsophage, un cancer du sein et un cancer de la tête et du cou. Sur la base des performances analytiques du test de biopsie liquide, nous prévoyons de détecter des mutations spécifiques à la tumeur chez > 85 % des individus. Nous prévoyons de terminer la régularisation dans 1,5 ans. L'analyse est principalement descriptive pour cette étude de faisabilité. Une taille d'échantillon de 150 patients fournira une confiance raisonnable autour de l'estimation observée des proportions, par ex. pourcentage de patients présentant des variants cliniquement significatifs. La largeur de l'intervalle de confiance à 95 % sera inférieure à 16,5 %.

7. Prévoyez les données manquantes pour traiter les situations où les variables sont signalées comme manquantes, indisponibles, non déclarées, ininterprétables ou considérées comme manquantes en raison de l'incohérence des données ou de résultats hors plage.

   Les données manquantes seront exclues des analyses en aval.

8. Plan d'analyse statistique décrivant les principes analytiques et les techniques statistiques à utiliser pour répondre aux objectifs primaires et secondaires, tels que spécifiés dans le protocole ou le plan d'étude.

   1. Analyse des objectifs principaux :

      Les principaux objectifs sont de déterminer le nombre et la prévalence des variantes ayant une signification clinique à travers différents niveaux de preuve (stratifiés par gène et type d'altération), comme décrit ci-dessus et de déterminer le pourcentage de patients avec une recommandation de traitement MTB en conséquence. Une analyse descriptive sera effectuée pour estimer le pourcentage de patients qui hébergent des variantes ayant une signification clinique détectées dans les échantillons d'ADNct, ainsi que des intervalles de confiance à 95 %. Le pourcentage de patients avec une recommandation de traitement MTB adaptée à une altération actionnable selon les profils de mutation détectés par les biopsies liquides, et le pourcentage de patients traités selon la recommandation MTB seront estimés. Les jours entre la collecte des biopsies liquides et la recommandation MTB, et les jours entre la recommandation MTB et le début du traitement seront résumés par la moyenne, la médiane, l'écart type et la plage. Nous prévoyons de résumer les données tous les 30 patients.

   2. Analyse des objectifs secondaires :

Le délai jusqu'au traitement anticancéreux suivant est le délai entre le début du traitement et le début du traitement anticancéreux suivant, selon la décision du médecin traitant. La survie sans progression (PFS) est le temps écoulé entre le début du traitement et la progression radiographique selon RECIST, la progression clinique ou l'aggravation de la maladie selon l'évaluation du médecin traitant. La survie globale (SG) est le temps écoulé entre le début du traitement et le décès, quelle qu'en soit la cause. La SSP et la SG seront caractéristiques selon la méthode de Kaplan-Meier, parmi les patients qui ont et n'ont pas de recommandation MTB, et pour les patients qui reçoivent et ne reçoivent pas le traitement recommandé.

Une analyse descriptive sera effectuée pour rapporter la fréquence des recommandations de traitement basées sur le MTB par classe thérapeutique (norme de soins, essai clinique, utilisation hors AMM), et les écarts par rapport aux recommandations de traitement et les raisons (détérioration clinique, autre protocole, patient inéligible, traitement hors indication non disponible, essai clinique impossible (par ex. distance physique), essai clinique ne recrutant pas, décision du médecin, choix du patient, etc.) La concordance des altérations détectées obtenues par des analyses de biopsie liquide au départ par rapport à des échantillons de tissus appariés dans le temps ou d'archives sera résumée et quantifiée à l'aide des statistiques Kappa.

Des analyses descriptives seront également effectuées pour déterminer le rendement en ADN acellulaire et la quantité d'ADNc par type de tumeur obtenus par des analyses de biopsie liquide. De plus, le taux de réussite du test par type de tumeur et par variables pré-analytiques sera effectué sur des éléments de données techniques minimaux, notamment :

• Type de tube de prélèvement sanguin
• Composition de l'échantillon
• Température d'expédition
• Méthode de fractionnement du sang
• Temps de fractionnement
• Méthode d'isolement de l'analyte
• Il est temps de congeler
• Température de stockage
• Concentration : concentration cellulaire ou concentration moléculaire
• Méthode de dosage
• Temps d'essai