백혈구 단일 세포 형 유전자 발현/전사 풍부의 직접 분석에 의한 감염에 대한 숙주 반응, 직접 LS-TA. 전향 적 연구는 심전도 열량 환자에서 직접 LS-TA의 성능을 주요 감염, 즉 바이러스, 박테리아 또는 활성 결핵으로 평가할 것입니다.
열성 환자의 심사를위한 인터페론 자극 및 기타 바이오 마커 유전자의 말초 혈액 단일 세포 유형 발현 프로파일
열병은 일반적인 상태이며 다양한 병인에 따라 적절한 치료를 가능하게하기 위해 환자의 초기 심사를 갖는 것이 중요합니다. 현재, 대부분의 스크리닝/진단 테스트는 병원체의 검출을 목표로하는 반면, 소수의 분석법만이 숙주 반응을 이해하는 것을 목표로하며, 대부분 혈청 단백질의 측정에 기초합니다 (예 : CRP 또는 프로 칼시토닌).
최근에, 혈액 전 사체는 박테리아 및 바이러스 감염을 구별하기 위해 탐구되었다. 그러나, 혈액에서의 유전자 발현은 샘플에 존재하는 모든 성분 세포 유형의 유전자 발현의 복합 점수를 나타낸다. 여기, 우리는 박테리아, 바이러스 성 및 결절증 인 세 가지 주요 범주의 감염을 차별화하기 위해 말초 혈액에서 특정 단일 세포 유형 (예를 들어, 단핵구 또는 과립구)에서 특정 단일 세포 유형의 유전자 발현을 결정할 수있는 신속한 시험을 개발할 것을 제안한다. 말초 혈액 샘플에서 직접 다른 백혈구 집단 중에서 특정 단일 세포 유형의 유전자 발현을 직접 결정할 수있다. 이러한 결과는 3 개 이상의 축 (I 형 또는 II 형 인터페론 신호 반응 또는 전 염증성 사이토 카인 신호 전달)에 따른 숙주 반응의 특성을 나타내며, 기초 감염 유형 (바이러스, 박테리아 또는 활성 결핵)을 나타내는 데 사용될 수있다.
연구 개요
상태
개입 / 치료
상세 설명
Direct LS-TA는 혈액 유전자 발현 분석을위한 비율 기반 바이오 마커 (RBB)이며, 이는 일반적으로 이용 가능한 장비에서 수행 될 수 있습니다 (예 : QPCR 또는 디지털 PCR 기계). 이전의 정의 된 분자 유전자 및 분모 유전자의 TA의 비를 사용하여,이 RBB는 지정된 헌법 단일 세포 유형의 유전자 발현을 정량화 할 수있다 (예를 들어 전혈의 세포 혼합 샘플 내부의 단핵구 및 과립구). Direct LS-TA는 PI [Tang 2017, https://patents.google.com/patent/us9589099b2/]에 의해 개척 된 방법입니다. 예방 접종 후 초기 B 세포 반응의 정량화를 위해 개발되었다 [doi : 10.3390/genes12070971]. 최근에,이 방법은 감염 후 숙주 반응 바이오 마커를 개발하여 병원체의 유형 (예 : 바이러스, 박테리아 또는 활성 결핵)을 구별하는 데 사용된다. 분자 및 분모 유전자는 단핵구 및 과립구에 대한 공개 유전자 발현 데이터 세트를 사용하여 확인되었다. 이러한 공개 데이터를 사용하여 진단 성능이 좋았습니다. 따라서, 이들 RBB는 전향 적 연구에 적용되어 열성 환자의 진단 (심사) 성능을 다른 병원체 병인으로 평가하고 비교할 것이다.
단일 세포 유형 유전자 발현 데이터를 얻기위한 다른 방법과 비교하여, 직접 LS-TA는 기존의 (골드 표준) 접근법이 말초 혈액으로부터 정제 된 단일 세포 유형의 샘플에서 유전자 발현을 정량화하는 것입니다. 최근의 단일 세포 RNA 시퀀싱은 또한 샘플의 모든 개별 세포에 대한 유전자 발현 데이터를 제공 할 수 있지만, 느리고 비용이 많이 듭니다. Direct LS-TA는 표적 세포 유형을 분리 할 필요없이 혈액 샘플에서 단일 세포 유형 유전자 발현을 정량화하는 독특한 기술을 제공합니다. 이는 열병 환자의 숙주 반응 유형을 3 가지 주요 축 (I 형 또는 II 형 인터페론 신호 반응 또는 전 염증성 사이토 카인 신호 전달)으로 구별하는 데 사용되었으며, 이는 근본 감염 병어학 (바이러스 감염, 활성 결핵 및 박테리아 감염)의 특성에 해당합니다.
Preprint DOI : 10.1101/2025.01.27.634977을 참조하십시오. 및 B 세포의 특허 : https://patents.google.com/patent/wo2022089426a1/ 단핵구 : https://patents.google.com/patent/wo2023109365a1/ granulocytes : https://patents.google.com/patent/gb202400180d0/
연구 유형
등록 (추정된)
연락처 및 위치
연구 연락처
- 이름: Tang
- 전화번호: 852 35053330
- 이메일: nelsontang@cuhk.edu.hk
연구 장소
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Hong Kong, 홍콩
- Dept of Chemical Pathology, Chinese University of Hong Kong
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연락하다:
- Tang
- 전화번호: 852 35053330
- 이메일: nelsontang@cuhk.edu.hk
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참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
- 성인
- 고령자
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
샘플링 방법
연구 인구
설명
포함 기준 :
- 급성 발병 열이있는 성인 환자는 체온 상승으로 정의됩니다.
- 환자는 사전 동의를 제공하기 위해 중국어 단어를 이해해야합니다.
제외 기준 :
- 면역 결핍 또는 면역 저하 상태의 병력이있는 환자. 환자는 Steriod 또는 기타 면역 요법을 받았다.
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
코호트 및 개입
그룹/코호트 |
개입 / 치료 |
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박테리아 감염 그룹
양성 배양 결과에 의한 박테리아 감염으로 인한 열이 나중에 확인 된 성인 환자의 전향 적 샘플.
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환자는이 관찰 연구에서 특별한 중재없이 임상 치료를 받게됩니다.
환자의 치료 용어에는 차이가 없습니다.
입원 후 일찍 추가 혈액 샘플링 만 포함됩니다.
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바이러스 감염 그룹
긍정적 인 병원체 진단 결과에 의한 바이러스 감염으로 인한 열이 확인 된 성인 환자의 전향 적 샘플.
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환자는이 관찰 연구에서 특별한 중재없이 임상 치료를 받게됩니다.
환자의 치료 용어에는 차이가 없습니다.
입원 후 일찍 추가 혈액 샘플링 만 포함됩니다.
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활성 결핵 그룹
나중에 임상 진단 및/또는 양성 병원체 결과에 의한 활성 결핵으로 인한 열이있는 것으로 확인 된 성인 환자의 전향 적 샘플.
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환자는이 관찰 연구에서 특별한 중재없이 임상 치료를 받게됩니다.
환자의 치료 용어에는 차이가 없습니다.
입원 후 일찍 추가 혈액 샘플링 만 포함됩니다.
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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단핵구에서 바이러스 호스트 반응 직접 LS-TA (유형 I 인터페론 반응)
기간: 입학 후 첫 주에 첫 번째 수집 된 샘플
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직접 LS-TA는 한 쌍의 유전자의 QPCR 또는 DPCR에 의해 쉽게 정량화 될 수있는 일종의 RBB입니다. 바이오 마커는 2 개의 유전자의 비율입니다. 단일 세포 유형 : 단핵구. RBB 수 분자 유전자 : IFI27 또는 IFI44L. RBB 분모 유전자 : PSAP, CTSS 또는 CPVL. 다양한 RBB (예 : IFI27/PSAP 및 IFI44L/PSAP 비율)는 감염 그룹의 샘플에서 진단 성능의 민감도/특이성 측면에서 비교됩니다. ROC 분석의 AUC는 적절한 경우 수행됩니다. |
입학 후 첫 주에 첫 번째 수집 된 샘플
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육아 세포에서 바이러스 호스트 반응 직접 LS-TA (유형 I 인터페론 반응)
기간: 입학 후 첫 주에 첫 번째 수집 된 샘플
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직접 LS-TA는 한 쌍의 유전자의 QPCR 또는 DPCR에 의해 쉽게 정량화 될 수있는 일종의 RBB입니다. 바이오 마커는 2 개의 유전자의 비율입니다. 단일 세포 유형 : 육아 세포. RBB 분자 유전자 : RSAD2 또는 IFIT1. RBB 분모 유전자 : SAT1 또는 SRGN. 다양한 RBB는 감염 그룹에서 진단 성능의 민감도/특이성 측면에서 비교됩니다. ROC 분석의 AUC는 적절한 경우 수행됩니다. |
입학 후 첫 주에 첫 번째 수집 된 샘플
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박테리아 감염 호스트 반응 단핵구에서 직접 LS-TA (전 염증 반응)
기간: 입학 후 첫 주에 첫 번째 수집 된 샘플
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Direct LS-TA는 한 쌍의 유전자, RBB 분수 유전자 및 RBB 분모 유전자의 QPCR 또는 디지털 PCR (DPCR)에 의해 쉽게 정량화 될 수있는 일종의 RBB입니다.
바이오 마커는 2 개의 유전자의 비율입니다.
단일 세포 유형 : 단핵구.
RBB 수치기 유전자 : VNN1 또는 NLRC4.
RBB 분모 유전자 : PSAP, CTSS 또는 CPVL.
다양한 RBB는 감염 그룹에서 진단 성능의 민감도/특이성 측면에서 비교됩니다.
ROC 분석의 AUC는 적절한 경우 수행됩니다.
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입학 후 첫 주에 첫 번째 수집 된 샘플
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박테리아 감염 숙주 반응 과립 세포에서 LS-TA 직접 LS-TA (전 염증 반응)
기간: 입학 후 첫 주에 첫 번째 수집 된 샘플
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직접 LS-TA는 한 쌍의 유전자의 QPCR 또는 DPCR에 의해 쉽게 정량화 될 수있는 일종의 RBB입니다. 바이오 마커는 2 개의 유전자의 비율입니다. 단일 세포 유형 : 육아 세포. RBB 분자 유전자 : Alpl, Anoba3 또는 Arg1. RBB 분모 유전자 : SAT1 또는 SRGN. 다양한 RBB는 감염 그룹에서 진단 성능의 민감도/특이성 측면에서 비교됩니다. ROC 분석의 AUC는 적절한 경우 수행됩니다. |
입학 후 첫 주에 첫 번째 수집 된 샘플
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단핵구에서 활성 TB 호스트 반응 직접 LS-TA (유형 II 인터페론 반응)
기간: 입학 후 첫 주에 첫 번째 수집 된 샘플
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직접 LS-TA는 한 쌍의 유전자의 QPCR 또는 DPCR에 의해 쉽게 정량화 될 수있는 일종의 RBB입니다. 바이오 마커는 2 개의 유전자의 비율입니다. 단일 세포 유형 : 단핵구. RBB 분수 유전자 : WARS1, ATF3 또는 CALHM6. RBB 분모 유전자 : PSAP, CTSS 또는 CPVL. 다양한 RBB는 감염 그룹에서 진단 성능의 민감도/특이성 측면에서 비교됩니다. ROC 분석의 AUC는 적절한 경우 수행됩니다. |
입학 후 첫 주에 첫 번째 수집 된 샘플
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육아 세포에서 활성 TB 호스트 반응 직접 LS-TA (유형 II 인터페론 반응)
기간: 입학 후 첫 주에 첫 번째 수집 된 샘플
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직접 LS-TA는 한 쌍의 유전자의 QPCR 또는 DPCR에 의해 쉽게 정량화 될 수있는 일종의 RBB입니다. 바이오 마커는 2 개의 유전자의 비율입니다. 단일 세포 유형 : 육아 세포. RBB 수 분자 유전자 : ANKRD22, BATF2, CD274, FCGR1A 또는 ETV7. RBB 분모 유전자 : SAT1 또는 SRGN. 다양한 RBB는 감염 그룹에서 진단 성능의 민감도/특이성 측면에서 비교됩니다. ROC 분석의 AUC는 적절한 경우 수행됩니다. |
입학 후 첫 주에 첫 번째 수집 된 샘플
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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감염 그룹에서 이러한 직접 LS-TA RBB의 직접 LS-TA 결과 분포 및 중앙값
기간: 입학 후 첫 주에 첫 번째 수집 된 샘플
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바이오 마커의 통계적 분포 및 제어 범위와의 통계적 비교 또는 제어 그룹 중앙값과의 비교.
결과는 통계 테스트의 p- 값으로보고됩니다.
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입학 후 첫 주에 첫 번째 수집 된 샘플
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정량적 PCR 및 디지털 PCR의 성능을 비교하는 방법 평가
기간: 입학 후 첫 주에 첫 번째 수집 된 샘플
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TA 정량화 방법의 분석 성능 및 정밀도를 평가하십시오 : 정량적 PCR 및 디지털 PCR. 정량적 PCR 결과는 델타 델타 CT 값으로보고 될 것이다. 디지털 PCR 결과는 2 카운트의 비율로보고됩니다. 그런 다음 Delta-Delta CT 값과 비교하기 위해 제어 제어 (MOM)의 여러 평균/중앙값으로 변환했습니다. |
입학 후 첫 주에 첫 번째 수집 된 샘플
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공동 작업자 및 조사자
간행물 및 유용한 링크
일반 간행물
- Huang D, Liu AYN, Leung KS, Tang NLS. Direct Measurement of B Lymphocyte Gene Expression Biomarkers in Peripheral Blood Transcriptomics Enables Early Prediction of Vaccine Seroconversion. Genes (Basel). 2021 Jun 25;12(7):971. doi: 10.3390/genes12070971.
- Huang B, Huang J, Chiang NH, Chen Z, Lui G, Ling L, Kwan MYW, Wong JSC, Mak PQ, Ling JWH, Lam ICS, Ng RWY, Wang X, Gao R, Hui DS, Ma SL, Chan PKS, Tang NLS. Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients. Front Immunol. 2024 Jan 10;14:1315602. doi: 10.3389/fimmu.2023.1315602. eCollection 2023.
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연구 주요 날짜
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연구 완료 (추정된)
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추가 정보
이 연구와 관련된 용어
추가 관련 MeSH 약관
기타 연구 ID 번호
- Direct LS-TA prospective study
개별 참가자 데이터(IPD) 계획
개별 참가자 데이터(IPD)를 공유할 계획입니까?
IPD 계획 설명
약물 및 장치 정보, 연구 문서
미국 FDA 규제 의약품 연구
미국 FDA 규제 기기 제품 연구
미국에서 제조되어 미국에서 수출되는 제품
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