Isäntävaste infektiolle leukosyyttien yksisoluisen tyyppisen geeniekspression/transkription runsauden, suora LS-TA, suoran analyysin avulla. Prospektiivisessa tutkimuksessa arvioidaan suoran LS-TA: n suorituskyky triage-kuumepotilailla tärkeimpiin infektioihin: virus-, bakteerien tai aktiivisen tuberkuloosi.
Perifeerinen veren yksisoluinen interferonistimuloitujen ja muiden biomarkkergeenien ekspressioprofiili kuumeisten potilaiden triaatioon
Kuumetauti on yleinen tila, ja potilaiden varhainen triaatio on välttämätöntä erilaisten etiologioiden mukaan asianmukaisen hoidon mahdollistamiseksi. Tällä hetkellä useimmat seulonta-/diagnostiset testit kohdistuvat patogeenien havaitsemiseen, kun taas vain muutaman määrityksen tavoitteena on ymmärtää isäntävaste, ja ne perustuvat enimmäkseen seerumiproteiinien mittaamiseen (esim. CRP tai prokalsitoniini).
Äskettäin veren transkriptiota on tutkittu bakteeri- ja virusinfektioiden erottamiseksi. Geeniekspressio veressä edustaa kuitenkin kaikkien näytteen läsnä olevien komponenttisolutyyppien geeniekspression komposiittipistettä. Tässä ehdotamme nopean testin kehittämistä, joka voi määrittää määritellyn yksisoluisen perifeerisen veren (esim. Monosyytit tai granulosyyttit) geeniekspressiot isäntävasteen biomarkkerina kolme pääasiallista infektiokategoriaa, jotka ovat bakteereja, virus- ja tuberkuloosia. Koska se voi suoraan määrittää määritellyn yksisolutyypin geeniekspression useissa muissa leukosyyttipopulaatioissa suoraan perifeerisessä verinäytteessä. Tällaiset tulokset merkitsevät isäntävasteen luonnetta kolmen tai useamman akselin (tyypin I tai tyypin II interferoni-signalointivasteen tai tulehdusta edistävän sytokiinien signaloinnin) mukaan, ja sitä voidaan käyttää ilmaisevan infektion (virus-, bakteeri- tai aktiivisen tuberkuloosin) tyypin osoittamiseen.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Ehdot
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Suora LS-TA on suhdepohjainen biomarkkeri (RBB) veren geeniekspressioanalyysille, joka voidaan suorittaa yleisesti saatavissa olevissa laitteissa (esim. qPCR tai digitaaliset PCR -koneet). Käyttämällä aikaisemman määritellyn numeraattorigeenin ja nimittäjägeenin TA-suhdetta, tämä RBB voi kvantifioida määritellyn perustuslaillisen yksisoluisen tyypin geeniekspression (esim. Monosyytit ja granulosyyttit) kokoveren soluseoksen näytteessä. Suora LS-TA oli PI: n edelläkävijä menetelmä [Tang 2017, https://patents.google.com/patent/us9589099b2/]. Ja sitä on kehitetty varhaisen B -soluvasteen kvantifioimiseksi rokotuksen jälkeen [doi: 10.3390/genes12070971]. Äskettäin menetelmää käytetään isäntävasteen biomarkkereiden kehittämiseen tartunnan jälkeen patogeenien tyypin (kuten virus-, bakteeri- tai aktiivisen tuberkuloosin) erottamiseksi. Numeroija- ja nimittäjägeenit on tunnistettu käyttämällä monosyyttien ja granulosyyttien julkisia geeniekspressiotietoaineistoja. Diagnostinen suorituskyky oli hyvä käyttämällä näitä julkisia tietoja. Siksi näitä RBB: itä sovelletaan tulevaisuuden tutkimuksessa kuumepotilaiden diagnostisen (triaatio) suorituskyvyn arvioimiseksi ja vertaamiseksi erilaisiin patogeeniologioihin.
Verrattuna muihin menetelmiin yhden solun tyyppisen geeniekspressiotiedon saamiseksi, suoralla LS-TA: lla on monia etuja. Tavanomainen (kultastandardi) -lähestymistapa on kvantifioida geeniekspressio puhdistetun yksisoluisen tyypin näytteessä perifeerisestä verestä, mutta se on hyvin työvoimavaltainen menettely. Viimeaikainen yksisoluinen RNA-sekvensointi voi myös tarjota geeniekspressiotiedot jokaiselle näytteen yksittäiselle solulle, mutta se on hidas ja erittäin kallis. Suora LS-TA tarjoaa ainutlaatuisen tekniikan yksisoluisen tyyppisen geeniekspression kvantifioimiseksi verinäytteissä ilman tarvetta eristää kohdennettu solutyyppi. Sitä on käytetty erottamaan isäntävasteen tyyppi kuumepotilailla kolmeen pääakseliin (tyypin I tai tyypin II interferoni-signalointivaste tai tulehdusta edistävät sytokiini-signalointi), jotka vastaavat taustalla olevien infektio-etiologioiden luonnetta (virusinfektio, aktiivinen tuberkuloosi ja bakteeri-infektio).
Katso prefrint doi: 10.1101/2025.01.27.634977. ja patentit B -soluissa: https://patents.google.com/patent/wo2022089426a1/ Monosyytit: https://patents.google.com/patent/wo2023109365a1/ Granulosyyttit: https://patents.google.com/patent/gb202400180d0/
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskeluyhteys
- Nimi: Tang
- Puhelinnumero: 852 35053330
- Sähköposti: nelsontang@cuhk.edu.hk
Opiskelupaikat
-
-
-
Hong Kong, Hong Kong
- Dept of Chemical Pathology, Chinese University of Hong Kong
-
Ottaa yhteyttä:
- Tang
- Puhelinnumero: 852 35053330
- Sähköposti: nelsontang@cuhk.edu.hk
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Aikuiset potilaat, joilla on akuutin alkamisen kuume, joka määritellään korotetulla kehon lämpötilalla.
- Potilaan tulisi ymmärtää kiinalainen sana tietoon perustuvan suostumuksen antamiseksi.
Poissulkemiskriteerit:
- Potilaat, joilla on ollut mitään immuunikato- tai immuunipuutteisia olosuhteita. Potilaat saivat steriodinaa tai muuta immunoterapiaa.
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Bakteeri -infektioryhmä
Mahdollinen otos aikuisista potilaista, jotka myöhemmin vahvistivat kuumetta bakteeri -infektion vuoksi positiivisten viljelytulosten perusteella.
|
Potilaat saavat kliinistä hoitoa ilman erityistä interventiota tässä havainnollisessa tutkimuksessa.
Potilaiden hoidossa ei ole eroa.
Se sisältää vain yhden ylimääräisen verinäytteen varhain pääsyn jälkeen.
|
|
Virusinfektioryhmä
Mahdollinen otos aikuisista potilaista, jotka myöhemmin vahvistivat kuumetta virusinfektion takia positiivisten patogeenidiagnostisten tulosten perusteella.
|
Potilaat saavat kliinistä hoitoa ilman erityistä interventiota tässä havainnollisessa tutkimuksessa.
Potilaiden hoidossa ei ole eroa.
Se sisältää vain yhden ylimääräisen verinäytteen varhain pääsyn jälkeen.
|
|
Aktiivinen tuberkuloosiryhmä
Mahdollinen otos aikuisista potilaista, jotka myöhemmin vahvistivat olevan kuumetta aktiivisen tuberkuloosin takia kliinisen diagnoosin ja/tai positiivisten patogeenien tulosten avulla.
|
Potilaat saavat kliinistä hoitoa ilman erityistä interventiota tässä havainnollisessa tutkimuksessa.
Potilaiden hoidossa ei ole eroa.
Se sisältää vain yhden ylimääräisen verinäytteen varhain pääsyn jälkeen.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Virus-isäntävaste Suora LS-TA monosyyteissä (tyypin I interferonivaste)
Aikaikkuna: ensin kerätty näyte ensimmäisen viikon kuluessa pääsyn jälkeen
|
Suora LS-TA on eräänlainen RBB, joka voidaan helposti kvantifioida geeniparin, RBB-numeroijageenin ja RBB: n nimittäjägeenin qPCR: llä tai DPCR: llä. Biomarkkeri on kahden geenin suhde. Yksisoluinen tyyppi: Monosyytti. RBB -numeroijageeni: IFI27 tai IFI44L. RBB -nimittäjä Geeni: PSAP, CTSS tai CPVL. Eri RBB (esim. IFI27/PSAP ja IFI44L/PSAP -suhteita) verrataan niiden herkkyyden/diagnostisen suorituskyvyn perusteella infektioryhmien näytteissä. ROC -analyysin AUC suoritetaan tarvittaessa. |
ensin kerätty näyte ensimmäisen viikon kuluessa pääsyn jälkeen
|
|
Virus-isäntävaste Suora LS-TA granulosyytteissä (tyypin I interferonivaste)
Aikaikkuna: ensin kerätty näyte ensimmäisen viikon kuluessa pääsyn jälkeen
|
Suora LS-TA on eräänlainen RBB, joka voidaan helposti kvantifioida geeniparin, RBB-numeroijageenin ja RBB: n nimittäjägeenin qPCR: llä tai DPCR: llä. Biomarkkeri on kahden geenin suhde. Yksisoluinen tyyppi: granulosyytti. RBB -numeroijageeni: RSAD2 tai IFIT1. RBB -nimittäjä Geeni: SAT1 tai SRGN. Erilaisia RBB: tä verrataan niiden herkkyyden/diagnostisen suorituskyvyn spesifisyyden suhteen infektioryhmissä. ROC -analyysin AUC suoritetaan tarvittaessa. |
ensin kerätty näyte ensimmäisen viikon kuluessa pääsyn jälkeen
|
|
Bakteeri-infektion isäntävaste Suora LS-TA monosyyteissä (tulehdusta edistävä vaste)
Aikaikkuna: ensin kerätty näyte ensimmäisen viikon kuluessa pääsyn jälkeen
|
Suora LS-TA on eräänlainen RBB, joka voidaan helposti kvantifioida geeniparin, RBB-numeroijageenin ja RBB: n nimittäjägeenin qPCR: n tai digitaalisen PCR: n (DPCR) avulla.
Biomarkkeri on kahden geenin suhde.
Yksisoluinen tyyppi: Monosyytti.
RBB -numeroijageeni: VNN1 tai NLRC4.
RBB -nimittäjä Geeni: PSAP, CTSS tai CPVL.
Erilaisia RBB: itä verrataan niiden herkkyyden/diagnostisen suorituskyvyn spesifisyyden perusteella infektioryhmissä.
ROC -analyysin AUC suoritetaan tarvittaessa.
|
ensin kerätty näyte ensimmäisen viikon kuluessa pääsyn jälkeen
|
|
Bakteeri-infektion isäntävaste Suora LS-TA granulosyyteissä (tulehdusta edistävä vaste)
Aikaikkuna: ensin kerätty näyte ensimmäisen viikon kuluessa pääsyn jälkeen
|
Suora LS-TA on eräänlainen RBB, joka voidaan helposti kvantifioida geeniparin, RBB-numeroijageenin ja RBB: n nimittäjägeenin qPCR: llä tai DPCR: llä. Biomarkkeri on kahden geenin suhde. Yksisoluinen tyyppi: granulosyytti. RBB -numeroijageeni: Alpl, Ansa3 tai Arg1. RBB -nimittäjä Geeni: SAT1 tai SRGN. Erilaisia RBB: tä verrataan niiden herkkyyden/diagnostisen suorituskyvyn spesifisyyden suhteen infektioryhmissä. ROC -analyysin AUC suoritetaan tarvittaessa. |
ensin kerätty näyte ensimmäisen viikon kuluessa pääsyn jälkeen
|
|
Aktiivinen TB-isäntävaste Suora LS-TA monosyyteissä (tyypin II interferonivaste)
Aikaikkuna: ensin kerätty näyte ensimmäisen viikon kuluessa pääsyn jälkeen
|
Suora LS-TA on eräänlainen RBB, joka voidaan helposti kvantifioida geeniparin, RBB-numeroijageenin ja RBB: n nimittäjägeenin qPCR: llä tai DPCR: llä. Biomarkkeri on kahden geenin suhde. Yksisoluinen tyyppi: Monosyytti. RBB -numeroijageeni: Wars1, ATF3 tai Calhm6. RBB -nimittäjä Geeni: PSAP, CTSS tai CPVL. Erilaisia RBB: tä verrataan niiden herkkyyden/diagnostisen suorituskyvyn spesifisyyden perusteella infektioryhmissä. ROC -analyysin AUC suoritetaan tarvittaessa. |
ensin kerätty näyte ensimmäisen viikon kuluessa pääsyn jälkeen
|
|
Aktiivinen TB-isäntävaste Suora LS-TA granulosyytteissä (tyypin II interferonivaste)
Aikaikkuna: ensin kerätty näyte ensimmäisen viikon kuluessa pääsyn jälkeen
|
Suora LS-TA on eräänlainen RBB, joka voidaan helposti kvantifioida geeniparin, RBB-numeroijageenin ja RBB: n nimittäjägeenin qPCR: llä tai DPCR: llä. Biomarkkeri on kahden geenin suhde. Yksisoluinen tyyppi: granulosyytti. RBB -numeroijageeni: ANKRD22, BATF2, CD274, FCGR1A tai ETV7. RBB -nimittäjä Geeni: SAT1 tai SRGN. Erilaisia RBB: tä verrataan niiden herkkyyden/diagnostisen suorituskyvyn spesifisyyden perusteella infektioryhmissä. ROC -analyysin AUC suoritetaan tarvittaessa. |
ensin kerätty näyte ensimmäisen viikon kuluessa pääsyn jälkeen
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Näiden suorien LS-TA RBB: n suora LS-TA-tulosten jakautuminen ja mediaani infektioryhmissä
Aikaikkuna: ensin kerätty näyte ensimmäisen viikon kuluessa pääsyn jälkeen
|
Biomarkkerin tilastollinen jakauma ja tilastollinen vertailu kontrollialueelle tai vertailu kontrolliryhmän mediaaniin.
Tulokset ilmoitetaan tilastollisten testien p-arvoina.
|
ensin kerätty näyte ensimmäisen viikon kuluessa pääsyn jälkeen
|
|
Menetelmän arviointi kvantitatiivisen PCR: n ja digitaalisen PCR: n suorituskyvyn vertaamiseksi
Aikaikkuna: ensin kerätty näyte ensimmäisen viikon kuluessa pääsyn jälkeen
|
Arvioi molempien TA -kvantifiointimenetelmien määrityksen suorituskyky ja tarkkuus: kvantitatiivinen PCR ja digitaalinen PCR. Kvantitatiiviset PCR-tulokset ilmoitetaan delta-delta CT -arvoina. Digitaaliset PCR -tulokset ilmoitetaan 2 määrän suhteina. Ja sitten muunnetaan keskiarvoksi/mediaaniksi kontrolliohjauksessa (MOM) vertailua varten delta-delta CT -arvoihin. |
ensin kerätty näyte ensimmäisen viikon kuluessa pääsyn jälkeen
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Yleiset julkaisut
- Huang D, Liu AYN, Leung KS, Tang NLS. Direct Measurement of B Lymphocyte Gene Expression Biomarkers in Peripheral Blood Transcriptomics Enables Early Prediction of Vaccine Seroconversion. Genes (Basel). 2021 Jun 25;12(7):971. doi: 10.3390/genes12070971.
- Huang B, Huang J, Chiang NH, Chen Z, Lui G, Ling L, Kwan MYW, Wong JSC, Mak PQ, Ling JWH, Lam ICS, Ng RWY, Wang X, Gao R, Hui DS, Ma SL, Chan PKS, Tang NLS. Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients. Front Immunol. 2024 Jan 10;14:1315602. doi: 10.3389/fimmu.2023.1315602. eCollection 2023.
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Arvioitu)
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- Direct LS-TA prospective study
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
IPD-suunnitelman kuvaus
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Yhdysvalloissa valmistettu ja sieltä viety tuote
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .