Эта страница была переведена автоматически, точность перевода не гарантируется. Пожалуйста, обратитесь к английской версии для исходного текста.

Реакция хозяина на инфекцию путем прямого анализа экспрессии гена отдельных клеток лейкоцитов. Проспективное исследование будет оценивать эффективность прямого LS-TA у лихорадочных пациентов сортировки в основных категориях инфекций: вирусный, бактериальный или активный туберкулез.

27 февраля 2025 г. обновлено: Nelson Tang, Chinese University of Hong Kong

Профиль экспрессии отдельных клеток периферической крови и других генов биомаркеров для сортировки лихорадочных пациентов

Фэбрильные заболевания являются общим состоянием, и крайне важно иметь раннюю сортировку пациентов в соответствии с различными этиологиями, чтобы обеспечить соответствующее лечение. В настоящее время большинство скрининговых/диагностических тестов нацелены на обнаружение патогенов, в то время как только несколько анализов направлены на понимание ответа хозяина, и они в основном основаны на измерении сывороточных белков (например, CRP или прокальцитонин).

Недавно был изучен транскриптом крови для дифференциации бактериальных и вирусных инфекций. Тем не менее, экспрессия генов в крови представляет собой составную оценку экспрессии генов всех компонентных типов клеток, присутствующих в образце. Here, we propose to develop a rapid test that can determine gene expressions of a specified single cell type in peripheral blood (e.g., monocytes or granulocytes) as a host response biomarker to differentiate three major categories of infections that are bacterial, viral, and tuberculosis The assay is called Direct Leukocyte Single cell-type transcript abundance (TA) assay (DIRECT LS-TA) as Он может непосредственно определять экспрессию гена указанного отдельного типа среди различных других популяций лейкоцитов непосредственно в образце периферической крови. Такие результаты означают характер ответа хоста в соответствии с 3 или более оси (сигнальный ответ интерферона типа I или типа II или передача сигналов провоспалительного цитокина), и его можно использовать для указания типа основной инфекции (вирусный, бактериальный или активный туберкулез).

Обзор исследования

Статус

Еще не набирают

Условия

Вмешательство/лечение

Подробное описание

Прямой LS-TA является биомаркером на основе соотношений (RBB) для анализа экспрессии генов крови, который может быть выполнен в обычно доступном оборудовании (например, QPCR или цифровые машины ПЦР). Используя отношение TA предварительного определенного гена числителя и гена знаменателя, этот RBB может количественно определять экспрессию генов указанного конституционного отдельного типа (например, моноциты и гранулоциты) внутри клеточного образца цельной крови. Direct LS-TA был методом, впервые зарегистрированным PI [Tang 2017, https://patents.google.com/patent/us9589099b2/]. И он был разработан для количественной оценки раннего ответа В -клеток после вакцинации [doi: 10.3390/genes12070971]. Недавно этот метод используется для разработки биомаркеров ответа хозяина после инфекции, чтобы дифференцировать тип патогенов (такие как вирусный, бактериальный или активный туберкулез). Гены числителей и знаменателей были идентифицированы с использованием общедоступных наборов данных экспрессии генов для моноцитов и гранулоцитов. Диагностическая производительность была хороша с использованием этих публичных данных. Следовательно, эти RBB будут применяться в проспективном исследовании для оценки и сравнения их диагностических (сортирующих) характеристик фебрильных пациентов с различными этиологиями патогенов.

По сравнению с другими методами получения данных экспрессии генов одноклеточного типа, прямой LS-TA обладает многими преимуществами. Обычный (золотой стандарт) подход заключается в количественной оценке экспрессии генов в образце очищенного отдельного типа от периферической крови, но это очень трудоемкая процедура. Недавнее секвенирование РНК одноклеточного РНК также может предоставить данные экспрессии генов для каждой отдельной ячейки в образце, но оно медленное и очень дорогостоящее. Direct LS-TA обеспечивает уникальную методику для количественной оценки экспрессии генов одноклеточного типа в образцах крови без необходимости выделения целевого типа клеток. Он был использован для дифференциации типа реакции хозяина у пациентов с лихорадкой на 3 основных оси (передача сигналов интерферона I или типа II типа II или провоспалительные цитокины), которые соответствуют природе основной инфекционной этиологии (вирусная инфекция, активное туберкулез и бактериальную инфекцию).

См. Preprint doi: 10.1101/2025.01.27.634977. и патенты в B -клетки: https://patents.google.com/patent/wo2022089426A1/ Моноциты: https://patents.google.com/patent/wo2023109365a1/ Гранулоциты: https://patents.google.com/patent/gb202400180d0/

Тип исследования

Наблюдательный

Регистрация (Оцененный)

200

Контакты и местонахождение

В этом разделе приведены контактные данные лиц, проводящих исследование, и информация о том, где проводится это исследование.

Контакты исследования

  • Имя: Tang
  • Номер телефона: 852 35053330
  • Электронная почта: nelsontang@cuhk.edu.hk

Места учебы

  • Гонконг
      • Hong Kong, Гонконг
        • Dept of Chemical Pathology, Chinese University of Hong Kong
        • Контакт:

Критерии участия

Исследователи ищут людей, которые соответствуют определенному описанию, называемому критериям приемлемости. Некоторыми примерами этих критериев являются общее состояние здоровья человека или предшествующее лечение.

Критерии приемлемости

Возраст, подходящий для обучения

  • Взрослый
  • Пожилой взрослый

Принимает здоровых добровольцев

Нет

Метод выборки

Невероятностная выборка

Исследуемая популяция

Пациенты с лихорадкой из -за инфекций, которые впоследствии клинически диагностируются в качестве вирусной инфекции, бактериальной инфекции или активного туберкулеза.

Описание

Критерии включения:

  • Взрослые пациенты с лихорадкой острого начала, которая определяется повышенной температурой тела.
  • Пациент должен понимать китайское слово, чтобы дать информированное согласие.

Критерии исключения:

  • Пациенты с анамнезом какого -либо иммунодефицита или иммуноэфицированного состояния. Пациенты получали стериод или другую иммунотерапию.

Учебный план

В этом разделе представлена ​​подробная информация о плане исследования, в том числе о том, как планируется исследование и что оно измеряет.

Как устроено исследование?

Детали дизайна

Когорты и вмешательства

Группа / когорта
Вмешательство/лечение
Группа бактериальной инфекции
Проспективная выборка взрослых пациентов, которые впоследствии подтвердили лихорадку из -за бактериальной инфекции с помощью положительных результатов культуры.
Другой: Нет вмешательства
Пациенты будут получать клиническое лечение без особого вмешательства в этом обсервационном исследовании. Нет разницы в термине лечения пациентов. Это включает в себя только один дополнительный отбор для крови на ранней стадии после поступления.
Группа вирусной инфекции
Проспективная выборка взрослых пациентов, которые впоследствии подтвердили лихорадку из -за вирусной инфекции положительными результатами диагностики патогена.
Другой: Нет вмешательства
Пациенты будут получать клиническое лечение без особого вмешательства в этом обсервационном исследовании. Нет разницы в термине лечения пациентов. Это включает в себя только один дополнительный отбор для крови на ранней стадии после поступления.
Активная группа туберкулеза
Проспективная выборка взрослых пациентов, которые впоследствии подтвердили лихорадку из -за активного туберкулеза с помощью клинической диагностики и/или результатов положительного патогена.
Другой: Нет вмешательства
Пациенты будут получать клиническое лечение без особого вмешательства в этом обсервационном исследовании. Нет разницы в термине лечения пациентов. Это включает в себя только один дополнительный отбор для крови на ранней стадии после поступления.

Что измеряет исследование?

Первичные показатели результатов

Мера результата
Мера Описание
Временное ограничение
Ответ вирусного хоста Прямой LS-TA в моноцитах (ответ интерферона типа I)
Временное ограничение: Первая собранная выборка в течение первой недели после поступления

Прямой LS-TA-это своего рода RBB, который можно легко количественно определить с помощью QPCR или DPCR пары генов, гена числителя RBB и гена знаменателя RBB. Биомаркер является соотношением 2 генов. Однолеточный тип: моноцит. Rbb numerator gene: ifi27 или ifi44l. Ген знаменателя RBB: PSAP, CTSS или CPVL.

Различные RBB (например, IFI27/PSAP и IFI44L/PSAP -соотношения) будут сравниваться с точки зрения их чувствительности/специфичности диагностических показателей в образцах из инфекционных групп. AUC анализа ROC будет выполняться, где это необходимо.
Первая собранная выборка в течение первой недели после поступления
Ответ вирусного хоста Прямой LS-TA в гранулоцитах (ответ интерферона типа I)
Временное ограничение: Первая собранная выборка в течение первой недели после поступления

Прямой LS-TA-это своего рода RBB, который можно легко количественно определить с помощью QPCR или DPCR пары генов, гена числителя RBB и гена знаменателя RBB. Биомаркер является соотношением 2 генов. Однолеточный тип: гранулоцит. Ген численности RBB: RSAD2 или ifit1.

Ген знаменателя RBB: SAT1 или SRGN. Различные RBB будут сравниваться с точки зрения их чувствительности/специфичности диагностической эффективности в группах инфекции. AUC анализа ROC будет выполняться, где это необходимо.
Первая собранная выборка в течение первой недели после поступления
Бактериальная инфекция реакция хозяина Прямая LS-TA в моноцитах (провоспалительный ответ)
Временное ограничение: Первая собранная выборка в течение первой недели после поступления
Прямой LS-TA-это своего рода RBB, который можно легко количественно определить с помощью QPCR или цифровой ПЦР (DPCR) пары генов, гена числителя RBB и гена знаменателя RBB. Биомаркер является соотношением 2 генов. Однолеточный тип: моноцит. Rbb Numerator Gene: VNN1 или NLRC4. Ген знаменателя RBB: PSAP, CTSS или CPVL. Различные RBB будут сравниваться с точки зрения их чувствительности/специфичности диагностических показателей в группах инфекции. AUC анализа ROC будет выполняться, где это необходимо.
Первая собранная выборка в течение первой недели после поступления
Бактериальная инфекция реакция хозяина Прямая LS-TA в гранулоцитах (провоспалительный ответ)
Временное ограничение: Первая собранная выборка в течение первой недели после поступления

Прямой LS-TA-это своего рода RBB, который можно легко количественно определить с помощью QPCR или DPCR пары генов, гена числителя RBB и гена знаменателя RBB. Биомаркер является соотношением 2 генов. Однолеточный тип: гранулоцит. Rbb numerator gene: alpl, exta3 или arg1.

Ген знаменателя RBB: SAT1 или SRGN. Различные RBB будут сравниваться с точки зрения их чувствительности/специфичности диагностической эффективности в группах инфекции. AUC анализа ROC будет выполняться, где это необходимо.
Первая собранная выборка в течение первой недели после поступления
Активный отклик хоста TB Direct LS-TA в моноцитах (ответ интерферона типа II)
Временное ограничение: Первая собранная выборка в течение первой недели после поступления

Прямой LS-TA-это своего рода RBB, который можно легко количественно определить с помощью QPCR или DPCR пары генов, гена числителя RBB и гена знаменателя RBB. Биомаркер является соотношением 2 генов. Однолеточный тип: моноцит.

Rbb Numerator Gene: Wars1, ATF3 или CALHM6. Ген знаменателя RBB: PSAP, CTSS или CPVL. Различные RBB будут сравниваться с точки зрения их чувствительности/специфичности диагностической эффективности в группах инфекции. AUC анализа ROC будет выполняться, где это необходимо.
Первая собранная выборка в течение первой недели после поступления
Активный отклик хоста TB Direct LS-TA в гранулоцитах (ответ интерферона типа II)
Временное ограничение: Первая собранная выборка в течение первой недели после поступления

Прямой LS-TA-это своего рода RBB, который можно легко количественно определить с помощью QPCR или DPCR пары генов, гена числителя RBB и гена знаменателя RBB. Биомаркер является соотношением 2 генов. Однолеточный тип: гранулоцит. Ген численности RBB: ANKRD22, BATF2, CD274, FCGR1A или ETV7.

Ген знаменателя RBB: SAT1 или SRGN. Различные RBB будут сравниваться с точки зрения их чувствительности/специфичности диагностической эффективности в группах инфекции. AUC анализа ROC будет выполняться, где это необходимо.
Первая собранная выборка в течение первой недели после поступления

Вторичные показатели результатов

Мера результата
Мера Описание
Временное ограничение
Прямое распределение результатов LS-TA и медиана этих прямых RBB LS-TA в инфекционных группах
Временное ограничение: Первая собранная выборка в течение первой недели после поступления
Статистическое распределение биомаркера и статистическое сравнение с диапазоном контроля или сравнение с медианой контрольной группы. Результаты будут представлены как p-значения статистических тестов.
Первая собранная выборка в течение первой недели после поступления
Оценка метода для сравнения производительности количественной ПЦР и цифровой ПЦР
Временное ограничение: Первая собранная выборка в течение первой недели после поступления

Оцените эффективность анализа и точности как методов количественной оценки TA: количественной ПЦР и цифровой ПЦР.

Количественные результаты ПЦР будут представлены как значения CT Delta-Delta. Результаты цифровой ПЦР будут представлены в качестве соотношения 2 счета. А затем преобразовано в множественное среднее/медиана в контроле (MOM) для сравнения со значениями CT Delta-Delta.
Первая собранная выборка в течение первой недели после поступления

Соавторы и исследователи

Здесь вы найдете людей и организации, участвующие в этом исследовании.

Спонсор

Chinese University of Hong Kong

Публикации и полезные ссылки

Лицо, ответственное за внесение сведений об исследовании, добровольно предоставляет эти публикации. Это может быть что угодно, связанное с исследованием.

Общие публикации

Полезные ссылки

Даты записи исследования

Эти даты отслеживают ход отправки отчетов об исследованиях и сводных результатов на сайт ClinicalTrials.gov. Записи исследований и сообщаемые результаты проверяются Национальной медицинской библиотекой (NLM), чтобы убедиться, что они соответствуют определенным стандартам контроля качества, прежде чем публиковать их на общедоступном веб-сайте.

Изучение основных дат

Начало исследования (Оцененный)

1 февраля 2025 г.

Первичное завершение (Оцененный)

1 сентября 2028 г.

Завершение исследования (Оцененный)

1 декабря 2028 г.

Даты регистрации исследования

Первый отправленный

18 февраля 2025 г.

Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества

20 февраля 2025 г.

Первый опубликованный (Действительный)

25 марта 2025 г.

Обновления учебных записей

Последнее опубликованное обновление (Действительный)

25 марта 2025 г.

Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества

27 февраля 2025 г.

Последняя проверка

1 февраля 2025 г.

Дополнительная информация

Термины, связанные с этим исследованием

Ключевые слова

Дополнительные соответствующие термины MeSH

Другие идентификационные номера исследования

  • Direct LS-TA prospective study

Планирование данных отдельных участников (IPD)

Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?

НЕ РЕШЕНО

Описание плана IPD

Описательная статистика результатов будет предоставлена ​​по разумному запросу.

Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы

Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.

Нет

Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.

Нет

продукт, произведенный в США и экспортированный из США.

Нет

Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .

Подписаться