Respuesta del huésped a la infección mediante análisis directo de la abundancia de expresión de genes/transcripción de tipo celular de leucocitos, LS-TA directo. Un estudio prospectivo evaluará el desempeño de LS-TA directo en pacientes febriles en las principales categorías de infecciones: tuberculosis viral, bacteriana o activa.
Perfil de expresión de tipo uniforme de células de sangre periférica de genes de biomarcadores estimulados por interferón y otros biomarcadores para pacientes febriles
La enfermedad febril es una condición común y es crucial tener una clasificación temprana de pacientes de acuerdo con diversas etiologías para permitir el tratamiento adecuado. Actualmente, la mayoría de las pruebas de detección/diagnóstico se dirigen a la detección de patógenos, mientras que solo unos pocos ensayos tienen como objetivo comprender la respuesta del huésped, y se basan principalmente en una medición de proteínas séricas (p. CRP o procalcitonina).
Recientemente, se ha explorado el transcriptoma de sangre para diferenciar las infecciones bacterianas y virales. Sin embargo, la expresión génica en la sangre representa una puntuación compuesta de la expresión génica de todos los tipos de células componentes presentes en la muestra. Aquí, proponemos desarrollar una prueba rápida que pueda determinar las expresiones génicas de un tipo de célula única especificada en sangre periférica (por ejemplo, monocitos o granulocitos) como un biomarcador de respuesta del huésped para diferenciar tres categorías principales de infecciones que son la abundancia de la transcripción de la transcripción de células individuales de Leucocyte de leucocito. Puede determinar directamente la expresión génica de un tipo de célula única especificada entre otras poblaciones de leucocitos directamente en una muestra de sangre periférica. Dichos resultados significan la naturaleza de la respuesta del huésped de acuerdo con 3 o más ejes (respuesta de señalización de interferón tipo I o tipo II o señalización de citocinas proinflamatorias) y puede usarse para indicar el tipo de infección subyacente (tuberculosis viral, bacteriana o activa).
Descripción general del estudio
Estado
Condiciones
Intervención / Tratamiento
Descripción detallada
Direct LS-TA es un biomarcador basado en la relación (RBB) para el análisis de expresión génica sanguínea que se puede realizar en equipos comúnmente disponibles (p. Ej. QPCR o máquinas de PCR digitales). Usando la relación de TA del gen numerador definido previo y el gen denominador, este RBB puede cuantificar la expresión génica del tipo de células individuales especificadas (p. Ej. Monocitos y granulocitos) dentro de una muestra de mezcla celular de sangre completa. Direct LS-TA fue un método pionero por el PI [Tang 2017, https://patents.google.com/patent/us9589099b2/]. Y se ha desarrollado para la cuantificación de la respuesta temprana de las células B después de la vacunación [doi: 10.3390/genes12070971]. Recientemente, el método se utiliza para desarrollar biomarcadores de respuesta al huésped después de la infección para diferenciar el tipo de patógenos (como tuberculosis viral, bacteriana o activa). Los genes numeradores y denominadores se han identificado utilizando conjuntos de datos de expresión génica pública para monocitos y granulocitos. El rendimiento diagnóstico fue bueno utilizando estos datos públicos. Por lo tanto, estos RBB se aplicarán en el estudio prospectivo para evaluar y comparar su rendimiento de diagnóstico (triaje) de pacientes febriles en diferentes etiologías de patógenos.
En comparación con otros métodos para obtener datos de expresión génica de tipo célula única, LS-TA directo tiene muchas ventajas, el enfoque convencional (estándar de oro) es cuantificar la expresión génica en una muestra de tipo de células solteras purificadas de sangre periférica, pero es un procedimiento muy laboral intensivo. La secuenciación reciente de ARN de una sola célula también puede proporcionar datos de expresión génica para cada célula individual en una muestra, pero es lento y muy costoso. Direct LS-TA proporciona la técnica única para cuantificar la expresión de genes de tipo célula única en muestras de sangre sin la necesidad de aislar el tipo de célula objetivo. Se ha utilizado para diferenciar el tipo de respuesta al huésped en pacientes con fiebre en 3 ejes principales (respuesta de señalización de interferón tipo I o tipo II o señalización de citocinas proinflamatorias) que corresponden a la naturaleza de las etiologías de infección subyacente (infección viral, tuberculosis activa e infección bacteriana).
Ver preimpresión doi: 10.1101/2025.01.27.634977. y patentes en celdas B: https://patents.google.com/patent/wo2022089426a1/ Monocitos: https://patents.google.com/patent/wo2023109365a1/ Granulocitos: https://patents.google.com/patent/gb202400180d0/
Tipo de estudio
Inscripción (Estimado)
Contactos y Ubicaciones
Estudio Contacto
- Nombre: Tang
- Número de teléfono: 852 35053330
- Correo electrónico: nelsontang@cuhk.edu.hk
Ubicaciones de estudio
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Hong Kong, Hong Kong
- Dept of Chemical Pathology, Chinese University of Hong Kong
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Contacto:
- Tang
- Número de teléfono: 852 35053330
- Correo electrónico: nelsontang@cuhk.edu.hk
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
- Adulto
- Adulto Mayor
Acepta Voluntarios Saludables
Método de muestreo
Población de estudio
Descripción
Criterios de inclusión:
- Pacientes adultos con fiebre de inicio agudo que se define por una temperatura corporal elevada.
- El paciente debe entender la palabra china para dar su consentimiento informado.
Criterios de exclusión:
- Pacientes con antecedentes de inmunodeficiencia o afección inmunocomprometida. Los pacientes recibieron esterodio u otra inmunoterapia.
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
Cohortes e Intervenciones
Grupo / Cohorte |
Intervención / Tratamiento |
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Grupo de infección bacteriana
Una muestra prospectiva de pacientes adultos que luego confirmaron tener fiebre debido a la infección bacteriana por resultados de cultivo positivo.
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Los pacientes recibirán tratamiento clínico sin intervención especial en este estudio de observación.
No hay diferencia en el término del tratamiento de los pacientes.
Solo implica un muestreo de sangre adicional temprano después del ingreso.
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Grupo de infección viral
Una muestra prospectiva de pacientes adultos que luego confirmaron tener fiebre debido a la infección viral por resultados de diagnóstico de patógenos positivos.
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Los pacientes recibirán tratamiento clínico sin intervención especial en este estudio de observación.
No hay diferencia en el término del tratamiento de los pacientes.
Solo implica un muestreo de sangre adicional temprano después del ingreso.
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Grupo de tuberculosis activo
Una muestra prospectiva de pacientes adultos que luego confirmaron tener fiebre debido a la tuberculosis activa por diagnóstico clínico y/o resultados de patógenos positivos.
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Los pacientes recibirán tratamiento clínico sin intervención especial en este estudio de observación.
No hay diferencia en el término del tratamiento de los pacientes.
Solo implica un muestreo de sangre adicional temprano después del ingreso.
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Respuesta del huésped viral Direct LS-TA en monocitos (respuesta al interferón tipo I)
Periodo de tiempo: Primera muestra recolectada dentro de la primera semana después de la admisión
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LS-TA directo es un tipo de RBB que puede cuantificarse fácilmente por QPCR o DPCR de un par de genes, el gen numerador RBB y el gen denominador RBB. El biomarcador es la relación de los 2 genes. Tipo de una sola célula: monocito. Gen numerador RBB: IFI27 o IFI44L. Gen denominador RBB: PSAP, CTSS o CPVL. Los diversos RBB (p. Ej. Las relaciones IFI27/PSAP e IFI44L/PSAP) se compararán en términos de su sensibilidad/especificidad del rendimiento diagnóstico en las muestras de los grupos de infección. El AUC del análisis ROC se realizará cuando sea apropiado. |
Primera muestra recolectada dentro de la primera semana después de la admisión
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Respuesta del huésped viral Direct LS-TA en granulocitos (respuesta al interferón tipo I)
Periodo de tiempo: Primera muestra recolectada dentro de la primera semana después de la admisión
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LS-TA directo es un tipo de RBB que puede cuantificarse fácilmente por QPCR o DPCR de un par de genes, el gen numerador RBB y el gen denominador RBB. El biomarcador es la relación de los 2 genes. Tipo de una sola célula: granulocito. Gen numerador RBB: RSAD2 o IFIT1. Gen denominador RBB: SAT1 o SRGN. Los diversos RBB se compararán en términos de su sensibilidad/especificidad del rendimiento diagnóstico en los grupos de infección. El AUC del análisis ROC se realizará cuando sea apropiado. |
Primera muestra recolectada dentro de la primera semana después de la admisión
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Infección bacteriana Respuesta del huésped LS-TA directo en monocitos (respuesta proinflamatoria)
Periodo de tiempo: Primera muestra recolectada dentro de la primera semana después de la admisión
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Direct LS-TA es un tipo de RBB que puede cuantificarse fácilmente por QPCR o PCR digital (DPCR) de un par de genes, el gen numerador RBB y el gen denominador RBB.
El biomarcador es la relación de los 2 genes.
Tipo de una sola célula: monocito.
Gen numerador RBB: VNN1 o NLRC4.
Gen denominador RBB: PSAP, CTSS o CPVL.
Los diversos RBB se compararán en términos de su sensibilidad/especificidad del rendimiento diagnóstico en los grupos de infección.
El AUC del análisis ROC se realizará cuando sea apropiado.
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Primera muestra recolectada dentro de la primera semana después de la admisión
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Infección bacteriana Respuesta del huésped LS-TA directo en granulocitos (respuesta proinflamatoria)
Periodo de tiempo: Primera muestra recolectada dentro de la primera semana después de la admisión
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LS-TA directo es un tipo de RBB que puede cuantificarse fácilmente por QPCR o DPCR de un par de genes, el gen numerador RBB y el gen denominador RBB. El biomarcador es la relación de los 2 genes. Tipo de una sola célula: granulocito. Gen numerador RBB: ALPL, ANXA3 o Arg1. Gen denominador RBB: SAT1 o SRGN. Los diversos RBB se compararán en términos de su sensibilidad/especificidad del rendimiento diagnóstico en los grupos de infección. El AUC del análisis ROC se realizará cuando sea apropiado. |
Primera muestra recolectada dentro de la primera semana después de la admisión
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Respuesta del huésped de TB activo LS-TA directo en monocitos (respuesta al interferón tipo II)
Periodo de tiempo: Primera muestra recolectada dentro de la primera semana después de la admisión
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LS-TA directo es un tipo de RBB que puede cuantificarse fácilmente por QPCR o DPCR de un par de genes, el gen numerador RBB y el gen denominador RBB. El biomarcador es la relación de los 2 genes. Tipo de una sola célula: monocito. Gen Numerator RBB: Wars1, ATF3 o Calhm6. Gen denominador RBB: PSAP, CTSS o CPVL. Los diversos RBB se compararán en términos de su sensibilidad/especificidad del rendimiento diagnóstico en grupos de infección. El AUC del análisis ROC se realizará cuando sea apropiado. |
Primera muestra recolectada dentro de la primera semana después de la admisión
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Respuesta activa del huésped TB Direct LS-TA en granulocitos (respuesta al interferón tipo II)
Periodo de tiempo: Primera muestra recolectada dentro de la primera semana después de la admisión
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LS-TA directo es un tipo de RBB que puede cuantificarse fácilmente por QPCR o DPCR de un par de genes, el gen numerador RBB y el gen denominador RBB. El biomarcador es la relación de los 2 genes. Tipo de una sola célula: granulocito. Gen numerador RBB: ANKRD22, BATF2, CD274, FCGR1A o ETV7. Gen denominador RBB: SAT1 o SRGN. Los diversos RBB se compararán en términos de su sensibilidad/especificidad del rendimiento diagnóstico en grupos de infección. El AUC del análisis ROC se realizará cuando sea apropiado. |
Primera muestra recolectada dentro de la primera semana después de la admisión
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Dirección directa de resultados de LS-TA y mediana de estos LS-TA RBB directos en grupos de infección
Periodo de tiempo: Primera muestra recolectada dentro de la primera semana después de la admisión
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La distribución estadística del biomarcador y la comparación estadística con el rango de control o la comparación con la mediana del grupo de control.
Los resultados se informarán como valores P de las pruebas estadísticas.
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Primera muestra recolectada dentro de la primera semana después de la admisión
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Evaluación de métodos para comparar el rendimiento de la PCR cuantitativa y la PCR digital
Periodo de tiempo: Primera muestra recolectada dentro de la primera semana después de la admisión
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Evalúe el rendimiento del ensayo y la precisión de ambos métodos de cuantificación de TA: PCR cuantitativa y PCR digital. Los resultados de PCR cuantitativos se informarán como valores de CT delta-delta. Los resultados de PCR digitales se informarán como proporciones de 2 recuentos. Y luego convertido en múltiples de media/mediana en el control de control (MOM) para comparar con los valores de CT delta-delta. |
Primera muestra recolectada dentro de la primera semana después de la admisión
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Colaboradores e Investigadores
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Publicaciones y enlaces útiles
Publicaciones Generales
- Huang D, Liu AYN, Leung KS, Tang NLS. Direct Measurement of B Lymphocyte Gene Expression Biomarkers in Peripheral Blood Transcriptomics Enables Early Prediction of Vaccine Seroconversion. Genes (Basel). 2021 Jun 25;12(7):971. doi: 10.3390/genes12070971.
- Huang B, Huang J, Chiang NH, Chen Z, Lui G, Ling L, Kwan MYW, Wong JSC, Mak PQ, Ling JWH, Lam ICS, Ng RWY, Wang X, Gao R, Hui DS, Ma SL, Chan PKS, Tang NLS. Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients. Front Immunol. 2024 Jan 10;14:1315602. doi: 10.3389/fimmu.2023.1315602. eCollection 2023.
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Finalización primaria (Estimado)
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- Direct LS-TA prospective study
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Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
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