- ICH GCP
- Registro degli studi clinici negli Stati Uniti
- Sperimentazione clinica NCT06846645
Risposta dell'ospite all'infezione mediante analisi diretta dell'espressione genica/trascrizione del tipo di cellula singola leucocita, LS-TA diretta. Uno studio prospettico valuterà le prestazioni di LS-TA diretto nei pazienti febbrili di triage in principali categorie di infezioni: tubercolosi virale, batterica o attiva.
Profilo di espressione di tipo cellulare singolo periferico del sangue singolo di geni di biomarcatori stimolati dall'interferone e altri geni di biomarcatore per il triage di pazienti febbrili
La malattia febbrile è una condizione comune ed è fondamentale avere un triage precoce di pazienti secondo varie eziologie per consentire un trattamento adeguato. Attualmente, la maggior parte dei test di screening/diagnostica prendono di mira il rilevamento di agenti patogeni, mentre solo pochi test mirano a comprendere la risposta dell'ospite e si basano principalmente su una misurazione di proteine sieriche (ad es. CRP o procalcitonina).
Recentemente, il trascrittoma del sangue è stato esplorato per differenziare le infezioni batteriche e virali. Tuttavia, l'espressione genica nel sangue rappresenta un punteggio composito dell'espressione genica di tutti i tipi di cellule componenti presenti nel campione. Qui, proponiamo di sviluppare un test rapido in grado di determinare le espressioni geniche di un tipo di singola cellula specifica nel sangue periferico (ad es. Monociti o granulociti) come biomarcatore della risposta dell'ospite per differenziare tre categorie di infezioni da taglio a cella (TA). Può determinare direttamente l'espressione genica di un singolo tipo di cellula singolo tra le altre popolazioni di leucociti direttamente in un campione di sangue periferico. Tali risultati indicano la natura della risposta dell'ospite in base a 3 o più assi (risposta di segnalazione dell'interferone di tipo I o di tipo II o segnalazione di citochine pro-infiammatorie) e può essere utilizzata per indicare il tipo di infezione sottostante (tubercolosi virale, batterica o attiva).
Panoramica dello studio
Stato
Condizioni
Intervento / Trattamento
Descrizione dettagliata
Direct LS-TA è un biomarcatore basato sul rapporto (RBB) per l'analisi dell'espressione genica del sangue che può essere eseguito in apparecchiature comunemente disponibili (ad es. QPCR o macchine PCR digitali). Utilizzando il rapporto tra il gene numeratore definito e il gene denominatore definito, questo RBB può quantificare l'espressione genica del tipo di singola cellula costituzionale specificato (ad es. Monociti e granulociti) all'interno di un campione di sangue cellulare di sangue intero. Direct LS-TA è stato un metodo aperto da PI [Tang 2017, https://patens.google.com/patent/us9589099b2/]. Ed è stato sviluppato per la quantificazione della risposta precoce delle cellule B dopo la vaccinazione [DOI: 10.3390/genes12070971]. Recentemente, il metodo viene utilizzato per sviluppare biomarcatori di risposta dell'ospite dopo infezione per differenziare il tipo di agenti patogeni (come la tubercolosi virale, batterica o attiva). I geni numeratori e denominatori sono stati identificati utilizzando set di dati di espressione genica pubblica per monociti e granulociti. Le prestazioni diagnostiche sono state buone utilizzando questi dati pubblici. Pertanto, questi RBB saranno applicati nello studio prospettico per valutare e confrontare le loro prestazioni diagnostiche (triage) dei pazienti febbrili in diverse eziologie patogene.
Rispetto ad altri metodi per ottenere dati di espressione genica di tipo singola cellula, LS-TA diretto presenta molti vantaggi che l'approccio convenzionale (gold standard) è quello di quantificare l'espressione genica in un campione di tipo cellulare singolo purificato dal sangue periferico ma è una procedura intensiva molto laburista. Il recente sequenziamento dell'RNA a cellula singola può anche fornire dati di espressione genica per ogni singola cellula in un campione, ma è lento e molto costoso. L'LS-TA diretto fornisce la tecnica unica per quantificare l'espressione genica di tipo cellulare singolo nei campioni di sangue senza la necessità di isolare il tipo di cellula mirato. È stato utilizzato per differenziare il tipo di risposta dell'ospite nei pazienti con febbre in 3 assi principali (risposta di segnalazione dell'interferone di tipo I o di tipo II o segnalazione di citochine pro-infiammatorie) che corrispondono alla natura delle eziologie di infezione sottostante (infezione virale, tubercolosi attiva e infezione batterica).
Vedi preprint doi: 10.1101/2025.01.27.634977. e brevetti nelle celle B: https://patens.google.com/patent/wo2022089426a1/ Monociti: https://patents.google.com/patent/wo2023109365a1/ Granulociti: https://patents.google.com/patent/gb202400180d0/
Tipo di studio
Iscrizione (Stimato)
Contatti e Sedi
Contatto studio
- Nome: Tang
- Numero di telefono: 852 35053330
- Email: nelsontang@cuhk.edu.hk
Luoghi di studio
-
-
-
Hong Kong, Hong Kong
- Dept of Chemical Pathology, Chinese University of Hong Kong
-
Contatto:
- Tang
- Numero di telefono: 852 35053330
- Email: nelsontang@cuhk.edu.hk
-
-
Criteri di partecipazione
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
- Adulto
- Adulto più anziano
Accetta volontari sani
Metodo di campionamento
Popolazione di studio
Descrizione
Criteri di inclusione:
- Pazienti adulti con febbre di insorgenza acuta che è definita da una temperatura corporea rialzata.
- Il paziente dovrebbe capire le parole cinesi per dare il consenso informato.
Criteri di esclusione:
- Pazienti con una storia di qualsiasi immunodeficienza o condizione immunocompromessa. I pazienti hanno ricevuto steriodo o altra immunoterapia.
Piano di studio
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
Coorti e interventi
Gruppo / Coorte |
Intervento / Trattamento |
|---|---|
|
Gruppo di infezione batterica
Un campione prospettico di pazienti adulti che in seguito hanno confermato di avere febbre a causa dell'infezione batterica da risultati di coltura positiva.
|
I pazienti riceveranno un trattamento clinico senza un intervento speciale in questo studio osservazionale.
Non vi è alcuna differenza nel termine del trattamento dei pazienti.
Implica solo un ulteriore campionamento di sangue presto dopo l'ammissione.
|
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Gruppo di infezione virale
Un campione prospettico di pazienti adulti che in seguito hanno confermato di avere febbre a causa dell'infezione virale da risultati diagnostici di agenti patogeni positivi.
|
I pazienti riceveranno un trattamento clinico senza un intervento speciale in questo studio osservazionale.
Non vi è alcuna differenza nel termine del trattamento dei pazienti.
Implica solo un ulteriore campionamento di sangue presto dopo l'ammissione.
|
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Gruppo di tubercolosi attiva
Un campione prospettico di pazienti adulti che in seguito hanno confermato di avere febbre a causa della tubercolosi attiva mediante diagnosi clinica e/o risultati positivi dei patogeni.
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I pazienti riceveranno un trattamento clinico senza un intervento speciale in questo studio osservazionale.
Non vi è alcuna differenza nel termine del trattamento dei pazienti.
Implica solo un ulteriore campionamento di sangue presto dopo l'ammissione.
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Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
|
Risposta dell'ospite virale Diretto LS-TA nei monociti (risposta dell'interferone di tipo I)
Lasso di tempo: Primo campione raccolto entro la prima settimana dopo l'ammissione
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L'LS-TA diretto è una sorta di RBB che può essere prontamente quantificato da QPCR o DPCR di una coppia di geni, il gene numeratore RBB e il gene denominatore RBB. Il biomarcatore è il rapporto tra i 2 geni. Tipo di singola cellula: monocita. Gene numeratore RBB: IFI27 o IFI44L. Gene denominatore RBB: PSAP, CTSS o CPVL. I vari RBB (ad es. I rapporti IFI27/PSAP e IFI44L/PSAP) verranno confrontati in termini di sensibilità/specificità delle prestazioni diagnostiche nei campioni di gruppi di infezione. AUC dell'analisi ROC verrà eseguita se del caso. |
Primo campione raccolto entro la prima settimana dopo l'ammissione
|
|
Risposta dell'ospite virale Diretto LS-TA nei granulociti (risposta dell'interferone di tipo I)
Lasso di tempo: Primo campione raccolto entro la prima settimana dopo l'ammissione
|
L'LS-TA diretto è una sorta di RBB che può essere prontamente quantificato da QPCR o DPCR di una coppia di geni, il gene numeratore RBB e il gene denominatore RBB. Il biomarcatore è il rapporto tra i 2 geni. Tipo di singola cellula: granulocita. Gene numeratore RBB: RSAD2 o IFIT1. Gene denominatore RBB: SAT1 o SRGN. I vari RBB verranno confrontati in termini di sensibilità/specificità delle prestazioni diagnostiche nei gruppi di infezione. AUC dell'analisi ROC verrà eseguita se del caso. |
Primo campione raccolto entro la prima settimana dopo l'ammissione
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|
Risposta dell'ospite di infezione batterica Diretta LS-TA nei monociti (risposta pro-infiammatoria)
Lasso di tempo: Primo campione raccolto entro la prima settimana dopo l'ammissione
|
L'LS-TA diretto è una sorta di RBB che può essere prontamente quantificato da QPCR o PCR digitale (DPCR) di una coppia di geni, il gene del numeratore RBB e il gene denominatore RBB.
Il biomarcatore è il rapporto tra i 2 geni.
Tipo di singola cellula: monocita.
Gene numeratore RBB: VNN1 o NLRC4.
Gene denominatore RBB: PSAP, CTSS o CPVL.
I vari RBB verranno confrontati in termini di sensibilità/specificità delle prestazioni diagnostiche nei gruppi di infezione.
AUC dell'analisi ROC verrà eseguita se del caso.
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Primo campione raccolto entro la prima settimana dopo l'ammissione
|
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Risposta dell'ospite di infezione batterica Diretta LS-TA nei granulociti (risposta pro-infiammatoria)
Lasso di tempo: Primo campione raccolto entro la prima settimana dopo l'ammissione
|
L'LS-TA diretto è una sorta di RBB che può essere prontamente quantificato da QPCR o DPCR di una coppia di geni, il gene numeratore RBB e il gene denominatore RBB. Il biomarcatore è il rapporto tra i 2 geni. Tipo di singola cellula: granulocita. Gene numeratore RBB: ALPL, Anxa3 o Arg1. Gene denominatore RBB: SAT1 o SRGN. I vari RBB verranno confrontati in termini di sensibilità/specificità delle prestazioni diagnostiche nei gruppi di infezione. AUC dell'analisi ROC verrà eseguita se del caso. |
Primo campione raccolto entro la prima settimana dopo l'ammissione
|
|
Risposta dell'host TB attiva LS-TA diretta nei monociti (risposta dell'interferone di tipo II)
Lasso di tempo: Primo campione raccolto entro la prima settimana dopo l'ammissione
|
L'LS-TA diretto è una sorta di RBB che può essere prontamente quantificato da QPCR o DPCR di una coppia di geni, il gene numeratore RBB e il gene denominatore RBB. Il biomarcatore è il rapporto tra i 2 geni. Tipo di singola cellula: monocita. Gene numeratore RBB: Wars1, ATF3 o CALHM6. Gene denominatore RBB: PSAP, CTSS o CPVL. I vari RBB verranno confrontati in termini di sensibilità/specificità delle prestazioni diagnostiche nei gruppi di infezione. AUC dell'analisi ROC verrà eseguita se del caso. |
Primo campione raccolto entro la prima settimana dopo l'ammissione
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Risposta dell'host TB attiva LS-TA diretta nei granulociti (risposta dell'interferone di tipo II)
Lasso di tempo: Primo campione raccolto entro la prima settimana dopo l'ammissione
|
L'LS-TA diretto è una sorta di RBB che può essere prontamente quantificato da QPCR o DPCR di una coppia di geni, il gene numeratore RBB e il gene denominatore RBB. Il biomarcatore è il rapporto tra i 2 geni. Tipo di singola cellula: granulocita. Gene numeratore RBB: ankrd22, BATF2, CD274, FCGR1A o ETV7. Gene denominatore RBB: SAT1 o SRGN. I vari RBB verranno confrontati in termini di sensibilità/specificità delle prestazioni diagnostiche nei gruppi di infezione. AUC dell'analisi ROC verrà eseguita se del caso. |
Primo campione raccolto entro la prima settimana dopo l'ammissione
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Misure di risultato secondarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
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Distribuzione diretta di risultati LS-TA e mediana di questi RBB LS-TA diretti nei gruppi di infezione
Lasso di tempo: Primo campione raccolto entro la prima settimana dopo l'ammissione
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La distribuzione statistica del biomarcatore e il confronto statistico con l'intervallo di controllo o il confronto con la mediana del gruppo di controllo.
I risultati saranno riportati come valori p dei test statistici.
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Primo campione raccolto entro la prima settimana dopo l'ammissione
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Valutazione del metodo per confrontare le prestazioni della PCR quantitativa e della PCR digitale
Lasso di tempo: Primo campione raccolto entro la prima settimana dopo l'ammissione
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Valutare le prestazioni del dosaggio e la precisione dei metodi di quantificazione TA: PCR quantitativa e PCR digitale. I risultati quantitativi della PCR saranno riportati come valori CT delta-Delta. I risultati della PCR digitale saranno riportati come rapporti di 2 conteggi. E quindi convertito in multiplo di media/mediana nel controllo di controllo (MOM) per il confronto con i valori Delta-Delta CT. |
Primo campione raccolto entro la prima settimana dopo l'ammissione
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Collaboratori e investigatori
Sponsor
Pubblicazioni e link utili
Pubblicazioni generali
- Huang D, Liu AYN, Leung KS, Tang NLS. Direct Measurement of B Lymphocyte Gene Expression Biomarkers in Peripheral Blood Transcriptomics Enables Early Prediction of Vaccine Seroconversion. Genes (Basel). 2021 Jun 25;12(7):971. doi: 10.3390/genes12070971.
- Huang B, Huang J, Chiang NH, Chen Z, Lui G, Ling L, Kwan MYW, Wong JSC, Mak PQ, Ling JWH, Lam ICS, Ng RWY, Wang X, Gao R, Hui DS, Ma SL, Chan PKS, Tang NLS. Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients. Front Immunol. 2024 Jan 10;14:1315602. doi: 10.3389/fimmu.2023.1315602. eCollection 2023.
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Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC
Ultimo verificato
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Termini relativi a questo studio
Parole chiave
Termini MeSH pertinenti aggiuntivi
Altri numeri di identificazione dello studio
- Direct LS-TA prospective study
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