Odpowiedź gospodarza na infekcję poprzez bezpośrednią analizę ekspresji/obfitości genów typu typu leukocytów/obfitości transkryptu, bezpośredni LS-TA. Badanie prospektywne oceni wydajność bezpośredniego LS-TA u pacjentów z gorączką segregacji na główne kategorie infekcji: wirusowe, bakteryjne lub aktywne gruźlicę.
Profil ekspresji typu komórek krwi obwodowej typu komórek stymulowanych i innych genów biomarker
Choroba gorączkowa jest częstym stanem i kluczowe jest wczesne segregowanie pacjentów według różnych etiologii, aby umożliwić odpowiednie leczenie. Obecnie większość badań przesiewowych/diagnostycznych kieruje się do wykrywania patogenów, podczas gdy tylko kilka testów ma na celu zrozumienie odpowiedzi gospodarza, i są one głównie oparte na pomiarze białek surowicy (np. CRP lub prokalcytonina).
Niedawno zbadano transkryptom krwi w celu różnicowania infekcji bakteryjnych i wirusowych. Jednak ekspresja genów we krwi reprezentuje złożony wynik ekspresji genów wszystkich typów komórek składowych obecnych w próbce. Tutaj proponujemy opracowanie szybkiego testu, który może określić ekspresję genu określonego typu pojedynczego komórek we krwi obwodowej (np. Monocyty lub granulocyty) jako biomarker odpowiedzi na żywiciela w celu rozróżnienia trzech głównych kategorii zakażeń, które są asystą bakteryjną, wirusową i tuberkulozą. Ekspresja genu określonego typu pojedynczego komórek wśród różnych innych populacji leukocytów bezpośrednio w obwodowej próbce krwi. Takie wyniki oznaczają charakter odpowiedzi gospodarza zgodnie z 3 lub więcej osiami (odpowiedź sygnalizacyjna typu I lub typu II lub prozapalna sygnalizacja cytokin) i można ją zastosować do wskazania rodzaju zakażenia leżącego u podstaw (wirusowe, bakteryjne lub aktywne gruźlicę).
Przegląd badań
Status
Warunki
Interwencja / Leczenie
Szczegółowy opis
Direct LS-TA to biomarker oparty na stosunku (RBB) do analizy ekspresji genów krwi, którą można wykonać w powszechnie dostępnych urządzeniach (np. QPCR lub cyfrowe maszyny PCR). Stosując stosunek TA wcześniej zdefiniowanego genu licznika i genu mianownika, ta RBB może kwantyfikować ekspresję genów określonego konstytucyjnego typu pojedynczego komórek (np. monocyty i granulocyty) wewnątrz próbki komórek krwi pełnej krwi. Direct LS-TA był metodą pionierem PI [Tang 2017, https://patents.google.com/patent/us9589099b2/]. I został opracowany do kwantyfikacji wczesnej odpowiedzi komórek B po szczepieniu [DOI: 10.3390/Genes12070971]. Ostatnio metoda jest stosowana do opracowania biomarkerów odpowiedzi gospodarza po zakażeniu w celu różnicowania rodzaju patogenów (takich jak wirus, bakteryjna lub aktywna gruźlica). Geny licznika i mianownika zostały zidentyfikowane za pomocą publicznych zestawów danych ekspresji genów dla monocytów i granulocytów. Wydajność diagnostyczna była dobra przy użyciu tych danych publicznych. Dlatego te RBB zostaną zastosowane w badaniu prospektywnym w celu oceny i porównania ich wydajności diagnostycznej (triage) pacjentów z gorączkami na różne etiologie patogenów.
W porównaniu z innymi metodami uzyskania danych ekspresji genów typu pojedynczego, bezpośrednie LS-TA ma wiele zalet konwencjonalnego (złotego standardu) podejściem jest ilościowa ekspresji genów w próbce oczyszczonego typu pojedynczego komórek z krwi obwodowej, ale jest to bardzo pracochłonna procedura. Ostatnie sekwencjonowanie RNA jednokomórkowych może również dostarczać dane ekspresji genów dla każdej pojedynczej komórki w próbce, ale jest powolne i bardzo kosztowne. Bezpośredni LS-TA zapewnia unikalną technikę kwantyfikacji ekspresji genów typu pojedynczego komórek w próbkach krwi bez potrzeby izolacji docelowego typu komórek. Zastosowano go do różnicowania rodzaju odpowiedzi gospodarza u pacjentów z gorączką na 3 główne osie (odpowiedź sygnalizacyjna typu I lub typu II lub sygnalizacja cytokin prozapalna), która odpowiada naturze leżących u podstaw etiologii zakażenia (zakażenie wirusowe, aktywna gruźlica i zakażenie bakteryjne).
Patrz Preprint DOI: 10.1101/2025.01.27.634977. i patenty w komórkach B: https://patents.google.com/patent/wo2022089426a1/ Monocyty: https://patents.google.com/patent/wo2023109365a1/ Granulocyty: https://patents.google.com/patent/gb202400180d0/
Typ studiów
Zapisy (Szacowany)
Kontakty i lokalizacje
Kontakt w sprawie studiów
- Nazwa: Tang
- Numer telefonu: 852 35053330
- E-mail: nelsontang@cuhk.edu.hk
Lokalizacje studiów
-
-
-
Hong Kong, Hongkong
- Dept of Chemical Pathology, Chinese University of Hong Kong
-
Kontakt:
- Tang
- Numer telefonu: 852 35053330
- E-mail: nelsontang@cuhk.edu.hk
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dorosły
- Starszy dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Metoda próbkowania
Badana populacja
Opis
Kryteria włączenia:
- Dorośli pacjenci z gorączką ostrego początku, który jest zdefiniowany przez podniesioną temperaturę ciała.
- Pacjent powinien zrozumieć chińskie słowo, aby wyrazić świadomą zgodę.
Kryteria wykluczenia:
- Pacjenci z historią jakiegokolwiek niedoboru odporności lub stanu obniżonego odporności. Pacjenci otrzymywali Steriod lub inną immunoterapię.
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
Kohorty i interwencje
Grupa / Kohorta |
Interwencja / Leczenie |
|---|---|
|
Bakteryjna grupa infekcji
Prospektywna próbka dorosłych pacjentów, którzy później potwierdzili gorączkę z powodu infekcji bakteryjnej w wynikach pozytywnych hodowli.
|
Pacjenci otrzymają leczenie kliniczne bez specjalnej interwencji w tym badaniu obserwacyjnym.
Nie ma różnicy w leczeniu pacjentów.
Obejmuje to tylko jedno dodatkowe pobieranie próbek krwi wcześnie po przyjęciu.
|
|
Grupa infekcji wirusowej
Prospektywna próbka dorosłych pacjentów, którzy później potwierdzili gorączkę z powodu infekcji wirusowej przez pozytywne wyniki diagnostyczne patogenu.
|
Pacjenci otrzymają leczenie kliniczne bez specjalnej interwencji w tym badaniu obserwacyjnym.
Nie ma różnicy w leczeniu pacjentów.
Obejmuje to tylko jedno dodatkowe pobieranie próbek krwi wcześnie po przyjęciu.
|
|
Aktywna grupa gruźlicy
Prospektywna próbka dorosłych pacjentów, którzy później potwierdzili gorączkę z powodu aktywnej gruźlicy przez diagnozę kliniczną i/lub pozytywne wyniki patogenu.
|
Pacjenci otrzymają leczenie kliniczne bez specjalnej interwencji w tym badaniu obserwacyjnym.
Nie ma różnicy w leczeniu pacjentów.
Obejmuje to tylko jedno dodatkowe pobieranie próbek krwi wcześnie po przyjęciu.
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Wirusowa odpowiedź gospodarza bezpośrednia LS-TA w monocytach (odpowiedź interferonu typu I)
Ramy czasowe: Najpierw zebrał próbkę w ciągu pierwszego tygodnia po przyjęciu
|
Bezpośredni LS-TA jest rodzajem RBB, który można łatwo określić ilościowo za pomocą QPCR lub DPCR pary genów, genu licznika RBB i genu mianownika RBB. Biomarker jest stosunkiem 2 genów. Typ pojedynczy: monocyt. RBB Numerator Gen: IFI27 lub IFI44L. Gen mianownika RBB: PSAP, CTSS lub CPVL. Różne RBB (np. IFI27/PSAP i IFI44L/PSAP) zostaną porównane pod względem ich czułości/swoistości wydajności diagnostycznej w próbkach z grup zakażeń. W stosownych przypadkach zostanie wykonana AUC analizy ROC. |
Najpierw zebrał próbkę w ciągu pierwszego tygodnia po przyjęciu
|
|
Wirusowa odpowiedź gospodarza bezpośrednia LS-TA w granulocytach (odpowiedź interferonu typu I)
Ramy czasowe: Najpierw zebrał próbkę w ciągu pierwszego tygodnia po przyjęciu
|
Bezpośredni LS-TA jest rodzajem RBB, który można łatwo określić ilościowo za pomocą QPCR lub DPCR pary genów, genu licznika RBB i genu mianownika RBB. Biomarker jest stosunkiem 2 genów. Typ pojedynczy: granulocyt. Gen licznika RBB: RSAD2 lub IFIT1. Gen mianownika RBB: SAT1 lub SRGN. Różne RBB zostaną porównane pod względem ich czułości/swoistości wydajności diagnostycznej w grupach infekcyjnych. W stosownych przypadkach zostanie wykonana AUC analizy ROC. |
Najpierw zebrał próbkę w ciągu pierwszego tygodnia po przyjęciu
|
|
Bakteryjna odpowiedź gospodarza infekcji Bezpośrednia LS-TA w monocytach (odpowiedź prozapalna)
Ramy czasowe: Najpierw zebrał próbkę w ciągu pierwszego tygodnia po przyjęciu
|
Bezpośredni LS-TA jest rodzajem RBB, który można łatwo określić ilościowo za pomocą QPCR lub cyfrowego PCR (DPCR) pary genów, genu licznika RBB i genu mianownika RBB.
Biomarker jest stosunkiem 2 genów.
Typ pojedynczy: monocyt.
Gen licznika RBB: VNN1 lub NLRC4.
Gen mianownika RBB: PSAP, CTSS lub CPVL.
Różne RBB zostaną porównane pod względem ich czułości/swoistości wydajności diagnostycznej w grupach infekcyjnych.
W stosownych przypadkach zostanie wykonana AUC analizy ROC.
|
Najpierw zebrał próbkę w ciągu pierwszego tygodnia po przyjęciu
|
|
Bakteryjna odpowiedź gospodarza infekcji Bezpośrednia LS-TA w granulocytach (odpowiedź prozapalna)
Ramy czasowe: Najpierw zebrał próbkę w ciągu pierwszego tygodnia po przyjęciu
|
Bezpośredni LS-TA jest rodzajem RBB, który można łatwo określić ilościowo za pomocą QPCR lub DPCR pary genów, genu licznika RBB i genu mianownika RBB. Biomarker jest stosunkiem 2 genów. Typ pojedynczy: granulocyt. Gen RBB licznika: ALPL, ANSA3 lub Arg1. Gen mianownika RBB: SAT1 lub SRGN. Różne RBB zostaną porównane pod względem ich czułości/swoistości wydajności diagnostycznej w grupach infekcyjnych. W stosownych przypadkach zostanie wykonana AUC analizy ROC. |
Najpierw zebrał próbkę w ciągu pierwszego tygodnia po przyjęciu
|
|
Aktywna odpowiedź gospodarza TB bezpośrednia LS-TA w monocytach (odpowiedź interferonu typu II)
Ramy czasowe: Najpierw zebrał próbkę w ciągu pierwszego tygodnia po przyjęciu
|
Bezpośredni LS-TA jest rodzajem RBB, który można łatwo określić ilościowo za pomocą QPCR lub DPCR pary genów, genu licznika RBB i genu mianownika RBB. Biomarker jest stosunkiem 2 genów. Typ pojedynczy: monocyt. Gen RBB licznikowy: Wars1, ATF3 lub CALHM6. Gen mianownika RBB: PSAP, CTSS lub CPVL. Różne RBB zostaną porównane pod względem ich czułości/swoistości wydajności diagnostycznej w grupach infekcyjnych. W stosownych przypadkach zostanie wykonana AUC analizy ROC. |
Najpierw zebrał próbkę w ciągu pierwszego tygodnia po przyjęciu
|
|
Aktywna odpowiedź gospodarza TB bezpośrednia LS-TA w granulocytach (odpowiedź interferonu typu II)
Ramy czasowe: Najpierw zebrał próbkę w ciągu pierwszego tygodnia po przyjęciu
|
Bezpośredni LS-TA jest rodzajem RBB, który można łatwo określić ilościowo za pomocą QPCR lub DPCR pary genów, genu licznika RBB i genu mianownika RBB. Biomarker jest stosunkiem 2 genów. Typ pojedynczy: granulocyt. Gen RBB licznika: Ankrd22, BATF2, CD274, FCGR1A lub ETV7. Gen mianownika RBB: SAT1 lub SRGN. Różne RBB zostaną porównane pod względem ich czułości/swoistości wydajności diagnostycznej w grupach infekcyjnych. W stosownych przypadkach zostanie wykonana AUC analizy ROC. |
Najpierw zebrał próbkę w ciągu pierwszego tygodnia po przyjęciu
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Bezpośredni rozkład wyników LS-TA i mediana tych bezpośrednich LS-TA RBB w grupach infekcyjnych
Ramy czasowe: Najpierw zebrał próbkę w ciągu pierwszego tygodnia po przyjęciu
|
Rozkład statystyczny biomarkera i porównanie statystyczne z zakresem kontrolnym lub porównanie z medianą grupy kontrolnej.
Wyniki zostaną zgłoszone jako wartości p testów statystycznych.
|
Najpierw zebrał próbkę w ciągu pierwszego tygodnia po przyjęciu
|
|
Ocena metody w celu porównania wydajności ilościowej PCR i cyfrowego PCR
Ramy czasowe: Najpierw zebrał próbkę w ciągu pierwszego tygodnia po przyjęciu
|
Oceń wydajność testu i precyzję zarówno metod kwantyfikacji TA: ilościowego PCR, jak i cyfrowego PCR. Wyniki ilościowe PCR zostaną zgłoszone jako wartości CT Delta-Delta. Wyniki cyfrowych PCR zostaną zgłoszone jako wskaźniki 2 liczby. A następnie przekonwertowany na wiele średniej/mediany w kontroli kontrolnej (MOM) w celu porównania z wartościami CT Delta-Delta. |
Najpierw zebrał próbkę w ciągu pierwszego tygodnia po przyjęciu
|
Współpracownicy i badacze
Sponsor
Publikacje i pomocne linki
Publikacje ogólne
- Huang D, Liu AYN, Leung KS, Tang NLS. Direct Measurement of B Lymphocyte Gene Expression Biomarkers in Peripheral Blood Transcriptomics Enables Early Prediction of Vaccine Seroconversion. Genes (Basel). 2021 Jun 25;12(7):971. doi: 10.3390/genes12070971.
- Huang B, Huang J, Chiang NH, Chen Z, Lui G, Ling L, Kwan MYW, Wong JSC, Mak PQ, Ling JWH, Lam ICS, Ng RWY, Wang X, Gao R, Hui DS, Ma SL, Chan PKS, Tang NLS. Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients. Front Immunol. 2024 Jan 10;14:1315602. doi: 10.3389/fimmu.2023.1315602. eCollection 2023.
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Szacowany)
Zakończenie podstawowe (Szacowany)
Ukończenie studiów (Szacowany)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- Direct LS-TA prospective study
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Opis planu IPD
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
produkt wyprodukowany i wyeksportowany z USA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .