- ICH GCP
- 미국 임상 시험 레지스트리
- 임상시험 NCT07256405
골절 관련 감염 진단을 위한 메타지놈 차세대 염기서열 분석 (METADIAG 2)
나노포어 기술을 활용한 메타지노믹 시퀀싱이 외상 후 골 및 관절 감염 관리에 기여하는 역할
나노포어 기술을 이용한 차세대 염기서열 분석(NGS)의 가치는 당뇨병 환자의 상처나 인공 관절 감염 사례에서 입증되었습니다. 이 연구의 목적은 골절 관련 감염(FRI)에 대한 새로운 진단 접근법으로서의 관련성을 입증하는 것입니다.
FRI 환자의 골 샘플은 기준 방법과 비교하여 이 맥락에서의 진단 가치를 확인하기 위해 옥스포드 나노포어 기술(ONT)을 사용한 샷건 메타지놈 차세대 염기서열 분석에 제출될 것입니다.
연구 개요
상세 설명
일상적인 배양에 사용된 FRI 환자의 조직 샘플과 이 단계 이후 남은 샘플은 메타지노믹 시퀀싱을 위해 회수될 것입니다.
DNA 추출과 숙주-DNA 제거 단계가 모두 수행될 것입니다. 나노포어 라이게이션 시퀀싱 프로토콜과 네이티브 바코딩을 함께 사용하여 DNA 라이브러리 제작을 진행할 것입니다. 시퀀싱은 ONT GridION 장치를 사용하여 실행될 것입니다. 생성된 리드는 각 분류학적 수준에 할당되도록 컴퓨터화될 것입니다. 결과는 일상적인 진단 결과와 비교되어 배양과의 NGS 일치도를 결정하는 데 사용될 것입니다.
연구 유형
등록 (실제)
연락처 및 위치
연구 장소
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Bouches-du-Rhône
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Marseille, Bouches-du-Rhône, 프랑스, 13005
- IHU, service des maladies infectieuses chroniques
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VAR
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Toulon, VAR, 프랑스, 83000
- Military Teaching Hospital Sainte Anne
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참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
- 성인
- 고령자
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
샘플링 방법
연구 인구
설명
포함 기준:
- 나이 ≥ 18세
- 골절 관련 감염 진단 (FRI 합의 그룹)
- 일상적인 치료의 일환으로 골 및/또는 연조직 생검을 예정한 환자
제외 기준:
- 환자 반대
- 법적 보호 조치 하에 있는 환자.
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
코호트 및 개입
그룹/코호트 |
개입 / 치료 |
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골절 관련 감염
FRI(Fracture-Related Infection) 합의 그룹의 기준에 따라 급성 또는 만성 외상 후 골관절 감염이 의심되며 일상적인 치료의 일환으로 골 및/또는 연조직 생검을 예정한 환자
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샘플은 illumine MiSeq 및 Oxford Nanopore Technologies를 모두 사용하여 높은 처리량 시퀀싱에 제출되어야 합니다.
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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시퀀싱을 통해 얻은 미생물학적 기록과 기준 기법(배양)의 미생물학적 기록 간의 일치도
기간: 1개월
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메타지놈 시퀀싱은 골절 관련 감염의 마이크로바이옴을 결정하는 데 사용될 것입니다. 데이터는 참조 미생물학적 식별 기술(배양)의 데이터와 비교될 것입니다. |
1개월
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
|---|---|---|
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기준 기법(배양)과 비교한 염기서열분석을 통한 최종 미생물학적 결과 획득까지의 시간
기간: 1개월
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배양 및 NGS 기반 프로토콜을 모두 사용한 확정적 미생물학적 진단 기간(일).
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1개월
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NGS 결과에 기반하여 표적 항생제 요법을 조정하게 되는 사례의 수.
기간: 1개월
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NGS 결과를 기반으로 목표 항생제 치료를 조정하게 되는 사례 수.
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1개월
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계통형별로 획득된 리드 수(서열 리드)로 정의된 미생물 풍부도
기간: 1개월
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골절 관련 감염의 미생물군집을 미생물 다양성과 풍부도의 관점에서 설명하여, 이 맥락에서 NGS 결과를 고려할 때 원시 리드 수와 상대적 풍부도의 역할을 논의하기 위함입니다.
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1개월
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공동 작업자 및 조사자
협력자
수사관
- 연구 책임자: LACÔTE-DELARBRE David, MD, Military Teaching Hospital Sainte Anne
간행물 및 유용한 링크
일반 간행물
- Tarabichi M, Shohat N, Goswami K, Alvand A, Silibovsky R, Belden K, Parvizi J. Diagnosis of Periprosthetic Joint Infection: The Potential of Next-Generation Sequencing. J Bone Joint Surg Am. 2018 Jan 17;100(2):147-154. doi: 10.2106/JBJS.17.00434.
- Goswami K, Shope AJ, Tokarev V, Wright JR, Unverdorben LV, Ly T, Chen See J, McLimans CJ, Wong HT, Lock L, Clarkson S, Parvizi J, Lamendella R. Comparative meta-omics for identifying pathogens associated with prosthetic joint infection. Sci Rep. 2021 Dec 9;11(1):23749. doi: 10.1038/s41598-021-02505-7.
- Sanderson ND, Street TL, Foster D, Swann J, Atkins BL, Brent AJ, McNally MA, Oakley S, Taylor A, Peto TEA, Crook DW, Eyre DW. Real-time analysis of nanopore-based metagenomic sequencing from infected orthopaedic devices. BMC Genomics. 2018 Sep 27;19(1):714. doi: 10.1186/s12864-018-5094-y.
- Ivy MI, Thoendel MJ, Jeraldo PR, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Abdel MP, Chia N, Yao JZ, Tande AJ, Mandrekar JN, Patel R. Direct Detection and Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens in Synovial Fluid by Metagenomic Shotgun Sequencing. J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9):e00402-18. doi: 10.1128/JCM.00402-18. Print 2018 Sep.
- Walter N, Orbenes N, Rupp M, Alt V. The State of Research in Fracture-Related Infection-A Bibliometric Analysis. Medicina (Kaunas). 2022 Aug 29;58(9):1170. doi: 10.3390/medicina58091170.
연구 기록 날짜
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
기본 완료 (추정된)
연구 완료 (추정된)
연구 등록 날짜
최초 제출
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처음 게시됨 (추정된)
연구 기록 업데이트
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마지막으로 확인됨
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메타게노믹 시퀀싱에 대한 임상 시험
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Moorfields Eye Hospital NHS Foundation TrustGreat Ormond Street Hospital for Children NHS Foundation Trust모병
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University of California, San FranciscoUniversity of California, Los Angeles; University of California, Davis; University of Utah; University of Nebraska모병
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Second Affiliated Hospital, School of Medicine,...모집하지 않고 적극적으로
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Fundacion REVIVA, Red de VIH del Valle del CaucaViiV Healthcare; Centro de Investigación en. Enfermedades Infecciosas, Mexico완전한