Séquençage de nouvelle génération métagénomique pour le diagnostic de l'infection liée aux fractures (METADIAG 2)
Contribution du séquençage métagénomique par technologie Nanopore à la prise en charge des infections ostéoarticulaires post-traumatiques
La valeur du séquençage de nouvelle génération (NGS) utilisant la technologie Nanopore a été démontrée dans le cas des plaies des patients diabétiques ou dans les infections des prothèses articulaires. L'objectif de cette étude est de démontrer sa pertinence en tant que nouvelle approche diagnostique pour les infections liées aux fractures (FRI).
Des échantillons osseux de patients atteints de FRI seront soumis à un séquençage de nouvelle génération métagénomique par fusil de chasse utilisant la technologie Oxford Nanopore (ONT) afin d'établir sa valeur diagnostique dans ce contexte par rapport à la méthode de référence.
Aperçu de l'étude
Statut
Intervention / Traitement
Description détaillée
Les échantillons de tissus provenant de patients atteints d'infection du site opératoire (FRI) utilisés pour la culture de routine et restants après cette étape seront récupérés pour le séquençage métagénomique.
Les étapes d'extraction d'ADN et de déplétion de l'ADN hôte seront toutes deux réalisées. Le protocole de séquençage par ligation nanopore ainsi que le codage à barres natif seront utilisés pour réaliser la préparation de la bibliothèque d'ADN. Le séquençage sera effectué à l'aide de l'appareil ONT GridION. Les lectures générées seront informatisées pour être attribuées à chaque niveau taxonomique. Les résultats seront comparés à ceux du diagnostic de routine pour déterminer la concordance du NGS avec la culture.
Type d'étude
Inscription (Réel)
Contacts et emplacements
Lieux d'étude
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Bouches-du-Rhône
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Marseille, Bouches-du-Rhône, France, 13005
- IHU, service des maladies infectieuses chroniques
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VAR
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Toulon, VAR, France, 83000
- Military Teaching Hospital Sainte Anne
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Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
- Adulte
- Adulte plus âgé
Accepte les volontaires sains
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La description
Critères d'inclusion :
- Âge ≥ 18 ans
- Diagnostic d'infection liée à une fracture (groupe de consensus FRI)
- Patient programmé pour subir une biopsie osseuse et/ou des tissus mous dans le cadre des soins de routine
Critères d'exclusion :
- Opposition du patient
- Patient sous mesure de protection légale.
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
Cohortes et interventions
Groupe / Cohorte |
Intervention / Traitement |
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Infection liée à une fracture
Patients suspectés de présenter une infection ostéoarticulaire post-traumatique aiguë ou chronique selon les critères du groupe de consensus FRI (Fracture-Related Infection) et programmés pour subir une biopsie osseuse et/ou des tissus mous dans le cadre des soins de routine
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Les échantillons doivent être soumis à un séquençage à haut débit à l'aide des technologies illumine MiSeq et Oxford Nanopore.
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Concordance entre la documentation microbiologique obtenue par séquençage et celle de la technique de référence (culture)
Délai: 1 mois
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Le séquençage métagénomique sera utilisé pour déterminer le microbiome des infections liées aux fractures. Les données seront comparées à celles des techniques d'identification microbiologique de référence (culture). |
1 mois
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Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Temps nécessaire pour obtenir les résultats microbiologiques finaux par séquençage par rapport à la technique de référence (culture)
Délai: 1 mois
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Durée (en jours) pour un diagnostic microbiologique définitif utilisant à la fois les protocoles basés sur la culture et sur le séquençage de nouvelle génération (NGS).
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1 mois
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Nombre de cas dans lesquels un ajustement de l'antibiothérapie ciblée serait effectué sur la base des résultats du NGS.
Délai: 1 mois
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Nombre de cas dans lesquels un ajustement de l'antibiothérapie ciblée serait effectué sur la base des résultats du NGS.
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1 mois
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Abondance microbienne définie par le nombre de lectures (lectures de séquences) obtenues par phylotype
Délai: 1 mois
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Décrire le microbiome des infections associées aux fractures en termes de diversité et d'abondance microbiennes afin de discuter à la fois du nombre de lectures brutes et du rôle de l'abondance relative lors de l'examen des résultats de séquençage de nouvelle génération (NGS) dans ce contexte.
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1 mois
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Collaborateurs et enquêteurs
Collaborateurs
Les enquêteurs
- Directeur d'études: LACÔTE-DELARBRE David, MD, Military Teaching Hospital Sainte Anne
Publications et liens utiles
Publications générales
- Tarabichi M, Shohat N, Goswami K, Alvand A, Silibovsky R, Belden K, Parvizi J. Diagnosis of Periprosthetic Joint Infection: The Potential of Next-Generation Sequencing. J Bone Joint Surg Am. 2018 Jan 17;100(2):147-154. doi: 10.2106/JBJS.17.00434.
- Goswami K, Shope AJ, Tokarev V, Wright JR, Unverdorben LV, Ly T, Chen See J, McLimans CJ, Wong HT, Lock L, Clarkson S, Parvizi J, Lamendella R. Comparative meta-omics for identifying pathogens associated with prosthetic joint infection. Sci Rep. 2021 Dec 9;11(1):23749. doi: 10.1038/s41598-021-02505-7.
- Sanderson ND, Street TL, Foster D, Swann J, Atkins BL, Brent AJ, McNally MA, Oakley S, Taylor A, Peto TEA, Crook DW, Eyre DW. Real-time analysis of nanopore-based metagenomic sequencing from infected orthopaedic devices. BMC Genomics. 2018 Sep 27;19(1):714. doi: 10.1186/s12864-018-5094-y.
- Ivy MI, Thoendel MJ, Jeraldo PR, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Abdel MP, Chia N, Yao JZ, Tande AJ, Mandrekar JN, Patel R. Direct Detection and Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens in Synovial Fluid by Metagenomic Shotgun Sequencing. J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9):e00402-18. doi: 10.1128/JCM.00402-18. Print 2018 Sep.
- Walter N, Orbenes N, Rupp M, Alt V. The State of Research in Fracture-Related Infection-A Bibliometric Analysis. Medicina (Kaunas). 2022 Aug 29;58(9):1170. doi: 10.3390/medicina58091170.
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
Achèvement primaire (Réel)
Achèvement de l'étude (Réel)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Réel)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- 2023-CHITS-017
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
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Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
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