Functionele dyspepsie microbioomstudie

Microbioom analyse

Fecale monsters en 8 mucosale biopsieën (afdalende twaalfvingerige darm) zullen van elke proefpersoon worden verkregen. Monsters worden verwerkt en DNA-geïsoleerd volgens standaard laboratoriumtechnieken.16S rDNA-sequentieanalyse van microbiële gemeenschappen in patiëntmonsters zal worden geanalyseerd met behulp van onze HiSeq 1500 rapid run-technologieën. We zullen 2 X 150 bp gepaarde eindsequencing uitvoeren, wat een uitzonderlijke dekking zal geven (leest > 30.000). We zullen de V4-regio van 16s RNA (E. coli 515-806) sequensen, de methode die momenteel is geoptimaliseerd voor Illumina HiSeq 1500. We zullen ook gelijktijdig de V3-regio van 16s RNA sequensen om een ​​dual-control analyse van monsters te bieden. Waar nodig zal bevestigende PCR worden gebruikt. De gegevens worden gerapporteerd als totale tellingen voor elke geïdentificeerde bacteriesoort.

Inflammatoire celdichtheid

Routinematige histologieglaasjes die eerder met hematoxyline en eosine zijn gekleurd, zullen worden gebruikt voor het bepalen van de eosinofielendichtheid.

IHC-technieken zullen worden gebruikt voor het bepalen van de dichtheid van mestcellen. Seriële paraffinecoupes van 3 μm worden aan de lucht gedroogd en met warmte op objectglaasjes gefixeerd. De secties worden gedeparaffineerd met xyleen en jodium en gerehydrateerd in een gegradeerde reeks alcohol. Met behulp van tryptase monoklonaal anti-menselijk mestcel-tryptase-antilichaam van de muis (kloon AA1, Dako, Carpinteria, CA), zullen secties worden gekleurd op een geautomatiseerde Dako Autostainer 3400 met behulp van Dako's LSAB+ kit met streptavidine geconjugeerd aan mierikswortelperoxidase.

Om de dichtheid voor elk celtype te bepalen, wordt het hele monster gescand om het subjectieve gebied met de grootste betrokkenheid te bepalen. De dichtheid wordt bepaald door cellen te tellen binnen 5 opeenvolgende krachtige velden (400x vergroting). Piek- en gemiddelde celdichtheden uitgedrukt als cellen/hpf zullen worden bepaald. Dit zal vóór het einde van de studie worden afgerond.

Immunohistochemie (IHC)

IHC-kleuring zal worden uitgevoerd en kan respectievelijk DCLK1, BDNF, TRPV1 en/of CRH-R1 omvatten, afhankelijk van de resultaten van een lopende pilotstudie. De kleuringsintensiteit wordt blind beoordeeld door een patholoog om scores toe te kennen voor de gemiddelde IHC-signaalintensiteit (d.w.z. 0= geen, 1= mild, 2= matig en 3= sterk) evenals het percentage weefselcellen of vezels dat positieve immunoreactiviteit vertoont. Er zal een sem-kwantitatief scoresysteem worden toegepast waarbij de uiteindelijke immunoreactieve score gelijk zal zijn aan het product van het percentage positieve cellen maal de gemiddelde kleuringsintensiteit. Het percentage positieve cellen of vezels wordt als volgt beoordeeld: 0= negatief-10%, 1= 11-33%, 2= 33-66% en 3= > 67%. Immunoreactiviteit wordt als positief beschouwd wanneer de gecombineerde score varieert tussen 2-6 en negatief met een score van 0-1. Andere IHC-kleuringen kunnen worden uitgevoerd als ze relevant worden, zoals aangegeven in de literatuur. Dit zal worden uitgevoerd vóór het einde van de studie.

T-scores voor de BASC zullen worden verzameld als onderdeel van dit onderzoek op het gegevensverzamelingsformulier.

Deze informatie wordt gebruikt om psychosociale informatie van de patiënt te beoordelen. Deze informatie wordt vóór het einde van de studie verzameld en vastgelegd.