HCV Virions bundne proteiner

Fremveksten av hepatocellulært karsinom (HCC) har ført til et søk etter en grundig forståelse av biologien til en av de viktigste årsakene, hepatitt C-viruset (HCV). HCV-partikler tilegner seg via spirende og innkapsling cellulære proteiner. Det er økende bevis på flere virale arter på at virionbundne proteiner er tilbøyelige til å være involvert enten ved replikasjons-, spirende/utgående eller inngangs-/frigjøringstrinn i virussyklusen.

Identifisering av slike mål kan gi ideelle kandidater for å få innsikt i avhengigheten av HCV av en begrenset undergruppe av vertsproteiner, og gir derfor raffinerte sett med genetisk stabile mål for terapi. Dette prosjektets mål er å sette opp tilstrekkelige forhold for robust og reproduserbar rensing av HCV-virioner i kliniske prøver, etterfulgt av identifisering av deres HCV-bundne vertsproteiner og karakterisering av deres funksjoner. Proteomikk-profilering av HCV-partikler renset fra kliniske prøver vil bli overlagt med proteiner identifisert og karakterisert i cellekulturdyrkede HCV-partikler under min post-doktorgradsopplæring, ved å bruke kriterier for klinisk biomarkøroppdagelse. Mål identifisert i begge prøvesettene vil bli utsatt for in vitro-undersøkelser ved bruk av HCV-replikerende celler. Konvensjonelle biokjemiske og avbildningsmetoder vil bli brukt for å: (i) fastslå deres fysiske assosiasjon med HCV-virioner; (ii) definere modalitetene for deres interaksjon med HCV-proteiner; (iii) dechiffrere topologien og subcellulær lokalisering av deres assosiasjon med HCV-proteiner og virioner; (iv) kvantitativt vurdere deres funksjonelle involvering i partikkelspirer, utgang eller sekresjon og smitteevne. En kandidat som ga tilfredsstillende resultater i disse eksperimentene vil bli avslørt og videre undersøkt på nivå med strukturell biologi, i samarbeidende forskningsprogrammer.