QIB Colon Model

Voksne frivillige vil bli rekruttert til å donere avføringsprøver til laboratoriebaserte eksperimenter. Når prøven har ankommet QIB vil 50-100 g bli tilsatt tykktarmsmodellen og, avhengig av systemet som brukes, enten dyrket i 24 timer eller i opptil 40 dager. I løpet av denne tiden vil faktorer som undersøkes bli lagt til modellen.

Tilsatte prøver etterligner matkyme som kommer til ileal-caecal-klaffen i tarmkanalen. På dette stadiet kommer fordøyde, men ikke-absorberte matkomponenter pluss celler og slimhinner fra tynntarmen inn i tykktarmen. Prøver av bakterier og medier kan tas når som helst under inkubasjonen.

Det er brukt to modeller

1. en enkel batchkultur der bakterier, medier og testforbindelser tilsettes til et enkelt rom og analyseres over 24 timer
2. en treromsmodell med kontinuerlig strøm av medier, testforbindelser og bakterier fra inngangsporten til det første kammeret til utgangen av det tredje kammeret, som etterligner bevegelse gjennom de tre hovedrommene i tykktarmen. Denne modellen gjør det mulig å etablere en stabil bakteriepopulasjon før tilsetning av testforbindelser, og kan forbli levedyktig i opptil 40 dager. Når det gjelder disse lengre inkubasjonene, kan flere tidspunkter tillate ganske komplekse eksperimenter som ser på interaksjoner mellom bakterier, mat og farmasøytiske produkter der forskjellige faktorer legges til på forskjellige tidspunkter.

Prøver samlet under inkubasjonen vil bli analysert ved å sentrifugere prøven for å lage en pellet som inneholder bakterier og en supernatant som inneholder et bredt spekter av metabolitter. Bakteriene vil bli analysert ved å trekke ut deres DNA for genomisk analyse eller ved å bruke RNA-baserte tilnærminger. Noen ganger kan konvensjonelle mikrobiologiske teknikker brukes. Supernatanten vil bli filtersterilisert før analyse av dens kjemiske sammensetning ved hjelp av teknikker som massespektrometri, gelelektroforese eller kromatografi. Alternativt kan supernatanten tilsettes til cellelinjer for å modellere interaksjonen mellom det bakterielle økosystemet og cellene i tykktarmen.