QIB Colon Model

Voksne frivillige vil blive rekrutteret til at donere afføringsprøver til laboratoriebaserede eksperimenter. Når prøven er nået til QIB, vil 50-100 g blive tilføjet til colonmodellen og, afhængigt af det anvendte system, enten dyrket i 24 timer eller i op til 40 dage. I løbet af denne tid vil faktorer, der undersøges, blive tilføjet til modellen.

Tilsatte prøver efterligner madkyme, der ankommer til ileal-caecal-ventilen i tarmkanalen. På dette stadium kommer fordøjede, men ikke-absorberede fødevarekomponenter plus celler og slimhinde fra tyndtarmens slimhinde ind i tyktarmen. Prøver af bakterier og medier kan tages på et hvilket som helst tidspunkt under inkubationen.

Der anvendes to modeller

1. en simpel batchkultur, hvor bakterier, medier og testforbindelser tilsættes til et enkelt rum og analyseres over 24 timer
2. en model med tre rum med kontinuerlig strøm af medier, testforbindelser og bakterier fra indgangen til det første kammer til udgangen af ​​det tredje kammer, der efterligner bevægelse gennem de tre hovedrum i tyktarmen. Denne model gør det muligt at etablere en stabil bakteriepopulation før tilsætning af testforbindelser og kan forblive levedygtig i op til 40 dage. I tilfælde af disse længere inkubationer kan flere tidspunkter give mulighed for ret komplekse eksperimenter, der ser på interaktioner mellem bakterier, fødevarer og farmaceutiske produkter, hvor forskellige faktorer tilføjes på forskellige tidspunkter.

Prøver indsamlet under inkubationen vil blive analyseret ved at centrifugere prøven for at skabe en pellet indeholdende bakterier og en supernatant indeholdende en lang række metabolitter. Bakterierne vil blive analyseret ved at ekstrahere deres DNA til genomisk analyse eller ved at bruge RNA-baserede metoder. Nogle gange kan der anvendes konventionelle mikrobiologiske teknikker. Supernatanten vil blive filtersteriliseret før analyse af dens kemiske sammensætning ved teknikker såsom massespektrometri, gelelektroforese eller kromatografi. Alternativt kan supernatanten tilsættes til cellelinjer for at modellere interaktionen mellem det bakterielle økosystem og cellerne, der beklæder tyktarmen.