El modelo de colon QIB

Se reclutarán voluntarios adultos para donar muestras de heces para experimentos de laboratorio. Una vez que la muestra haya llegado a QIB, se agregarán 50-100 g al modelo de colon y, según el sistema utilizado, se cultivarán durante 24 horas o hasta 40 días. Durante este tiempo, los factores bajo investigación se agregarán al modelo.

Las muestras agregadas imitan el quimo alimentario que llega a la válvula ileocecal en el tracto intestinal. En esta etapa, los componentes de los alimentos digeridos, pero no absorbidos, más las células y la mucosa que se desprende del revestimiento del intestino delgado ingresan al intestino grueso. Las muestras de bacterias y medios se pueden tomar en cualquier momento durante la incubación.

Se utilizan dos modelos

1. un cultivo por lotes simple en el que las bacterias, los medios y los compuestos de prueba se agregan a un solo compartimento y se analizan durante 24 horas
2. un modelo de tres compartimentos con flujo continuo de medios, compuestos de prueba y bacterias desde el puerto de entrada de la primera cámara hasta la salida de la tercera cámara que imita el movimiento a través de los tres compartimentos principales del colon. Este modelo permite establecer una población bacteriana estable antes de agregar los compuestos de prueba y puede permanecer viable hasta por 40 días. En el caso de estas incubaciones más largas, múltiples puntos de tiempo pueden permitir experimentos bastante complejos que buscan interacciones entre bacterias, alimentos y productos farmacéuticos donde se agregan diferentes factores en diferentes puntos de tiempo.

Las muestras recolectadas durante la incubación se analizarán centrifugando la muestra para crear un sedimento que contenga bacterias y un sobrenadante que contenga una amplia variedad de metabolitos. Las bacterias se analizarán extrayendo su ADN para el análisis genómico o utilizando enfoques basados ​​en ARN. En ocasiones, se pueden utilizar técnicas microbiológicas convencionales. El sobrenadante se esterilizará por filtración antes del análisis de su composición química mediante técnicas como espectrometría de masas, electroforesis en gel o cromatografía. Alternativamente, el sobrenadante se puede agregar a las líneas celulares para modelar la interacción entre el ecosistema bacteriano y las células que recubren el colon.