O modelo de cólon QIB

Voluntários adultos serão recrutados para doar amostras de fezes para experimentos laboratoriais. Assim que a amostra chegar ao QIB, 50-100g serão adicionados ao modelo de cólon e, dependendo do sistema utilizado, cultivados por 24h ou por até 40 dias. Durante esse tempo, os fatores sob investigação serão adicionados ao modelo.

As amostras adicionadas imitam o quimo alimentar chegando à válvula íleo-cecal no trato intestinal. Nesta fase, componentes alimentares digeridos, mas não absorvidos, além de células e secreção mucosa do revestimento do intestino delgado, entram no intestino grosso. Amostras de bactérias e mídia podem ser coletadas em qualquer ponto durante a incubação.

Dois modelos são usados

1. uma cultura em lote simples na qual bactérias, meios e compostos de teste são adicionados a um único compartimento e analisados ​​em 24 horas
2. um modelo de três compartimentos com fluxo contínuo de mídia, compostos de teste e bactérias da porta de entrada da primeira câmara para a saída da terceira câmara, imitando o movimento através dos três compartimentos principais do cólon. Este modelo permite que uma população bacteriana estável seja estabelecida antes da adição dos compostos de teste e pode permanecer viável por até 40 dias. No caso dessas incubações mais longas, vários pontos de tempo podem permitir experimentos bastante complexos, observando as interações entre bactérias, alimentos e produtos farmacêuticos, onde diferentes fatores são adicionados em diferentes pontos de tempo.

As amostras coletadas durante a incubação serão analisadas por centrifugação da amostra para criar um pellet contendo bactérias e um sobrenadante contendo uma ampla gama de metabólitos. As bactérias serão analisadas extraindo seu DNA para análise genômica ou usando abordagens baseadas em RNA. Ocasionalmente, técnicas microbiológicas convencionais podem ser usadas. O sobrenadante será esterilizado por filtração antes da análise de sua composição química por técnicas como espectrometria de massa, eletroforese em gel ou cromatografia. Alternativamente, o sobrenadante pode ser adicionado a linhas celulares para modelar a interação entre o ecossistema bacteriano e as células que revestem o cólon.