A QIB Colon modell

Felnőtt önkénteseket toboroznak, akik székletmintákat adományoznak laboratóriumi kísérletekhez. Amint a minta megérkezik a QIB-hez, 50-100 g-ot adnak a vastagbélmodellhez, és az alkalmazott rendszertől függően vagy 24 órán keresztül, vagy legfeljebb 40 napig tenyésztik. Ez idő alatt a vizsgált tényezők hozzáadódnak a modellhez.

A hozzáadott minták utánozták a béltraktus ileális-vakbél billentyűjébe érkező táplálékkiütést. Ebben a szakaszban az emésztett, de fel nem szívódó élelmiszer-összetevők, valamint a vékonybél nyálkahártyájából kivált sejtek és nyálkahártya bejut a vastagbélbe. A baktériumokból és a táptalajokból az inkubáció bármely pontján mintát lehet venni.

Két modellt használnak

1. egyszerű szakaszos tenyészet, amelyben a baktériumokat, a tápközeget és a tesztvegyületeket egyetlen rekeszbe adják, és 24 órán keresztül elemzik
2. egy háromrekeszes modell a tápközeg, a tesztvegyületek és a baktériumok folyamatos áramlásával az első kamra bemeneti nyílásától a harmadik kamra kijáratáig, utánozva a mozgást a vastagbél három fő rekeszén keresztül. Ez a modell lehetővé teszi egy stabil baktériumpopuláció kialakítását a tesztvegyületek hozzáadása előtt, és akár 40 napig is életképes maradhat. Ezeknél a hosszabb inkubálásoknál több időpont meglehetősen összetett kísérleteket tesz lehetővé, amelyek a baktériumok, élelmiszerek és gyógyszerészeti termékek közötti kölcsönhatásokat vizsgálják, ahol különböző tényezőket adnak hozzá különböző időpontokban.

Az inkubáció során gyűjtött mintákat a minta centrifugálásával elemzik, így baktériumokat tartalmazó pelletet és metabolitok széles skáláját tartalmazó felülúszót hoznak létre. A baktériumokat úgy elemzik, hogy kivonják DNS-üket genomiális elemzéshez, vagy RNS-alapú megközelítéseket alkalmaznak. Alkalmanként hagyományos mikrobiológiai technikákat lehet alkalmazni. A felülúszót kémiai összetételének elemzése előtt szűréssel sterilizáljuk olyan technikákkal, mint tömegspektrometria, gélelektroforézis vagy kromatográfia. Alternatív megoldásként a felülúszót hozzáadhatjuk sejtvonalakhoz, hogy modellezzük a bakteriális ökoszisztéma és a vastagbelet bélelő sejtek közötti kölcsönhatást.