QIB model tlustého střeva

Budou přijati dospělí dobrovolníci, kteří budou darovat vzorky stolice pro laboratorní experimenty. Jakmile vzorek dosáhne QIB, přidá se 50-100 g do modelu tlustého střeva a v závislosti na použitém systému se buď kultivuje 24 hodin nebo až 40 dní. Během této doby budou do modelu přidány zkoumané faktory.

Přidané vzorky napodobují potravní chymus přicházející do ileální-cékální chlopně ve střevním traktu. V této fázi se do tlustého střeva dostávají natrávené, ale nevstřebané složky potravy plus buňky a sliz z výstelky tenkého střeva. Vzorky bakterií a médií lze odebrat kdykoli během inkubace.

Používají se dva modely

1. jednoduchá vsádková kultura, ve které jsou bakterie, média a testované sloučeniny přidány do jednoho kompartmentu a analyzovány po dobu 24 hodin
2. tříkomorový model s kontinuálním tokem média, testovaných sloučenin a bakterií ze vstupního portu první komory k výstupu třetí komory napodobující pohyb přes tři hlavní kompartmenty tlustého střeva. Tento model umožňuje ustavit stabilní bakteriální populaci před přidáním testovaných sloučenin a může zůstat životaschopná po dobu až 40 dnů. V případě těchto delších inkubací může více časových bodů umožnit poměrně složité experimenty sledující interakce mezi bakteriemi, potravinami a farmaceutickými produkty, kde se v různých časových bodech přidávají různé faktory.

Vzorky odebrané během inkubace budou analyzovány odstředěním vzorku, aby se vytvořila peleta obsahující bakterie a supernatant obsahující širokou škálu metabolitů. Bakterie budou analyzovány extrakcí jejich DNA pro genomickou analýzu nebo použitím přístupů založených na RNA. Příležitostně mohou být použity konvenční mikrobiologické techniky. Supernatant bude sterilizován filtrací před analýzou jeho chemického složení technikami, jako je hmotnostní spektrometrie, gelová elektroforéza nebo chromatografie. Alternativně může být supernatant přidán k buněčným liniím pro modelování interakce mezi bakteriálním ekosystémem a buňkami vystýlajícími tlusté střevo.