Helicobacter w Gambii (część 2)

To wstępne badanie opisowe ma na celu dostarczenie pierwszych danych, które pozwolą ocenić różnice i podobieństwa w genotypie między izolatami H. pylori uzyskanymi od dzieci i dorosłych mieszkających w Gambii w Afryce Zachodniej oraz ocenić prawdopodobną wielkość tych różnic. Protokół ten opisuje zastosowanie minimalnie inwazyjnych technik izolacji H. pylori (opracowanych w pierwszej części tego projektu i opisanych w odrębnym protokole, protokół DMID 06-0053) w badaniu populacyjnym. Badanymi będą mieszkańcy Gambii w Afryce Zachodniej. Przebadanych zostanie 90 dzieci w wieku poniżej 2 lat wymagających terapeutycznej intubacji nosowo-żołądkowej oraz 30 zdrowych matek tych dzieci. Przedmioty będą badane w Medical Research Council (MRC) w Great Britain Research Laboratories and Clinical Facility w Fajara, Gambia, Afryka Zachodnia. Badacze sugerują, że na przejście od kolonizacji w dzieciństwie do stanu chorobowego u dorosłych wpływa wiele czynników, w tym ewolucja genotypów samych kolonizujących szczepów H. pylori, częściowo napędzana przez reakcję gospodarza na infekcję. Badacze wysuwają hipotezę, że szczepy H. pylori pochodzące od dzieci z Gambii będą różnić się genetycznie od szczepów przewlekle skolonizowanych dorosłych z tej samej społeczności. Genetyczna i fenotypowa charakterystyka izolatów pediatrycznych i dorosłych przeprowadzona przez badaczy pozwoli sprawdzić fundamentalne różnice między szczepami krążącymi w tych 2 grupach wiekowych, co może pomóc w ocenie znaczenia selekcji szczepów i/lub ewolucji genomu w społeczeństwach wysokiego ryzyka. Konkretnym celem tego badania jest ocena pokrewieństwa szczepów dziecięcych i tych pochodzących od bliskich dorosłych krewnych. Procedury badawcze będą obejmowały pobieranie soku żołądkowego przez sondę nosowo-żołądkową do karmienia niemowląt u dzieci poddawanych intensywnemu dożywianiu szpitalnemu oraz hodowlę H. pylori z tych aspiratów, a także od rodziców, którzy przyjmą zaproszenie do oddania próbki soku żołądkowego do hodowli przez sondę nosowo-żołądkową wprowadzoną tymczasowo w tym celu. Większość genotypowania będzie obejmować pobieranie odcisków palców DNA w reakcji łańcuchowej polimerazy, ograniczone (zogniskowane) sekwencjonowanie DNA, zwłaszcza w przypadku izolatów z blisko spokrewnionymi, ale nieidentycznymi odciskami palców, oraz testy wrażliwości na metronidazol. Charakterystyka genetyczna i fenotypowa izolatów pediatrycznych i dorosłych pozwoli sprawdzić fundamentalne różnice między szczepami krążącymi w tych dwóch grupach wiekowych, a tym samym pomoże ocenić znaczenie selekcji szczepów i/lub ewolucji genomu w społeczeństwach wysokiego ryzyka. Przedmioty będą studiowane tylko raz podczas tego 2-letniego projektu. Jeśli H. pylori zostanie wyizolowany z aspiratów żołądkowych, matka tego dziecka zostanie zapytana, czy zgodziłaby się na jednorazowe założenie sondy nosowo-żołądkowej w celu pobrania aspiratu soku żołądkowego do posiewu H. pylori. Uzyskane izolaty zostaną poddane analizie DNA i genotypowaniu. Konkretne punkty, które należy uwzględnić w tych badaniach porównawczych, będą obejmować bezpośrednie porównanie szczepów wyizolowanych od dzieci i dorosłych z tej samej rodziny lub wioski. Będzie to pierwsze badanie przeprowadzone w społeczeństwie o wysokiej wczesnej częstości naturalnie nabytej kolonizacji H. pylori i pozwoli na bezpośrednie porównanie izolatów od dzieci i dorosłych z tych samych rodzin lub środowiska wiejskiego, co dostarczy informacji o wewnątrzrodzinne i wewnątrzwspólnotowe przenoszenie zakażenia. Główną miarą wyniku jest stopień pokrewieństwa między izolatami bakteryjnymi. Zostanie to ocenione przez wizualne porównanie wyników losowej amplifikacji polimorficznego DNA (RAPD), przez porównanie genotypu dla interesujących alleli i definitywnie przez sekwencjonowanie genów podstawowych w celu skonstruowania drzew filogenetycznych pokrewieństwa przy użyciu programu STAR i typowania sekwencji wielu locus ( Baza danych MLST). Nie ma miar wyników dla ludzi.