Biomarkery u pacjentów z mięśniakomięsakiem prążkowanokomórkowym
Integracyjne podejście epigenomiczne do wykrywania genów w mięsaku prążkowanokomórkowym (RMS)
UZASADNIENIE: Badanie próbek tkanek od pacjentów z rakiem w laboratorium może pomóc lekarzom dowiedzieć się więcej o zmianach zachodzących w DNA i zidentyfikować biomarkery związane z rakiem.
CEL: To badanie naukowe dotyczy biomarkerów u pacjentów z mięśniakomięsakiem prążkowanokomórkowym.
Przegląd badań
Status
Status
Warunki
Warunki
Interwencja / Leczenie
Interwencja / Leczenie
Szczegółowy opis
CELE:
- Określ zmiany w całym genomie w metylacji DNA w ARMS i ERMS.
- Określ zmiany liczby kopii DNA w całym genomie w ARMS i ERMS.
- Określ patogenne geny i szlaki poprzez integracyjną analizę genomową.
ZARYS: Analiza metylacji DNA całego genomu na ARMS, ERMS i normalnych ludzkich mioblastach szkieletowych zostanie przeprowadzona przy użyciu testu HELP (wzbogacanie małych fragmentów HpaII przez PCR za pośrednictwem ligacji). Przeanalizowany zostanie status metylacji 1,3 miliona CpG w promotorach, ciałach genów i obszarach międzygenowych. Przeprowadzona zostanie równoległa analiza ekspresji genów i skorelowana ze zmianami w metylacji, aby odkryć geny regulowane przez zmiany epigenetyczne i zmienione przez straty lub zyski genomowe.
Geny zmienione zarówno przez zmiany genetyczne, jak i epigenetyczne w różnych zestawach pacjentów zostaną wybrane przez algorytm MIGHT (wielowymiarowa integracja danych genomowych z ludzkich tkanek), aby odkryć nowe geny, które są potencjalnie zaangażowane w patogenezę ARMS i ERMS. Algorytmy analizy ontologii genów, szlaków i motywów DNA oraz inne podejścia obliczeniowe zostaną wykorzystane do określenia biologicznych konsekwencji zmian. Priorytetowy zestaw zmian epigenetycznych i genetycznych zostanie zweryfikowany za pomocą wodorosiarczynu MassArray, FISH i qRT-PCR w większej liczbie próbek ARMS i ERMS.
Typ studiów
Typ studiów
Zapisy (Oczekiwany)
Zapisy
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dziecko
- Dorosły
- Starszy dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Płeć kwalifikująca się do nauki
Metoda próbkowania
Badana populacja
Opis
CHARAKTERYSTYKA CHOROBY:
- 10 zamrożonych próbek ARMS i 10 ERMS zostanie pobranych z banku COG za pośrednictwem Cooperative Human Tissue Network (CHTN)
- Ludzkie mioblasty szkieletowe (ZenBio, Research Triangle Park, Karolina Północna) będą służyć jako kontrole
CHARAKTERYSTYKA PACJENTA:
- Nieokreślony
WCZEŚNIEJSZA TERAPIA RÓWNOCZESNA:
- Nieokreślony
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
|---|
|
Zmiany w całym genomie w metylacji DNA w ARMS i ERMS
|
|
Zmiany liczby kopii DNA w całym genomie w ARMS i ERMS
|
|
Patogenne geny i szlaki poprzez integracyjną analizę genomową
|
Współpracownicy i badacze
Sponsor
Sponsor
Współpracownicy
Współpracownicy
Śledczy
Śledczy
- Główny śledczy: Caroline Y. Hu, MD, Tomorrows Children's Institute at Hackensack University Medical Center
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów
Rozpoczęcie studiów
Zakończenie podstawowe (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Oszacować)
Pierwszy wysłany
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Oszacować)
Ostatnia wysłana aktualizacja
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
Inne numery identyfikacyjne badania
- ARST12B2 (Inny identyfikator: Children's Oncology Group)
- COG-ARST12B2 (Inny identyfikator: Children's Oncology Group)
- NCI-2011-03634 (Identyfikator rejestru: CTRP (Clinical Trial Reporting Program))
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .