Biomarcatori in pazienti con rabdomiosarcoma

OBIETTIVI:

• Determina le alterazioni dell'intero genoma nella metilazione del DNA in ARMS e ERMS.
• Determina le alterazioni del numero di copie del DNA a livello di genoma in ARMS e ERMS.
• Determinare geni patogeni e percorsi mediante analisi genomica integrativa.

SCHEMA: L'analisi della metilazione del DNA dell'intero genoma su ARMS, ERMS e mioblasti scheletrici umani normali sarà condotta utilizzando il test HELP (HpaII tiny fragment Enrichment by Ligation-mediated PCR). Verrà analizzato lo stato di metilazione di 1,3 milioni di CpG a promotori, corpi genici e aree intergeniche. L'analisi parallela dell'espressione genica sarà eseguita e correlata con i cambiamenti nella metilazione per scoprire geni regolati da alterazioni epigenetiche e alterati da perdite o guadagni genomici.

I geni che sono alterati da alterazioni sia genetiche che epigenetiche in diversi gruppi di pazienti saranno selezionati dall'algoritmo MIGHT (Multi-dimensional Integration of Genomic data from Human Tissues) per scoprire nuovi geni che sono potenzialmente coinvolti nella patogenesi di ARMS e ERMS. Per determinare le conseguenze biologiche dei cambiamenti verranno utilizzati algoritmi di analisi dell'ontologia genica, del percorso e del motivo del DNA e altri approcci computazionali. L'insieme prioritario di alterazioni epigenetiche e genetiche sarà convalidato da bisolfito MassArray, FISH e qRT-PCR in un numero maggiore di campioni ARMS ed ERMS.