NIPD на cffDNA при триплетных повторных заболеваниях

Контекст:

Возможность секвенировать вкДНК плода привела к новым захватывающим разработкам в области неинвазивной генетической диагностики моногенных заболеваний (DPNI_MGR). Предлагаются различные тесты для заболеваний с преимущественно de novo доминантными, доминантными отцовскими и некоторыми рецессивными отцовскими мутациями. Тем не менее, технические трудности, связанные с определением материнского аллельного баланса, остаются, в частности, во время фазирования родительских гаплотипов в соответствии со стратегией трио, которая требует наличия родительских геномных ДНК и по крайней мере одного здорового или больного ребенка. Более того, секвенаторы 2-го поколения не позволяют проводить гаплотипирование аллелей, несущих динамические мутации.

Цели:

В этом проекте предлагается валидация полууниверсального теста DPNI_MGR, применимого к большинству генов и мутаций, участвующих в запросах DPN, от фазирования родительских гаплотипов с помощью методов секвенирования длинных фрагментов ДНК 3-го поколения в сочетании с целевым секвенированием свободно циркулирующей ДНК из материнской плазмы. . Этот тест будет подтвержден с использованием болезней тройной экспансии, которые являются вторым показанием к ДПН на национальном уровне.

Методология:

Ретроспективное исследование 16 пар с риском передачи заболевания с триплетной экспансией (миотоническая дистрофия Штейнерта, болезнь Хантингтона, FRAXA, SCA1, 2, 3)

Фаза 1 :

• Определение 8 пар родительских гаплотипов по методике «Nanopore Cas9 Targeted-Sequencing» (nCATS) и валидация аналитических параметров и качества данной методики (степень охвата областей интереса, частота ошибок, идентификация патологического аллеля, несущего расширение...),
• Сравнение родительских гаплотипов, полученных методом «Nanopore», с гаплотипами, полученными методом «Linked Reads 10xGenomics» в тех же 8 парах (данные секвенирования и фазирования с помощью этого второго подхода доступны из предыдущего исследования),
• Оценка соответствия результатов генотипа плода, полученных при стандартном обследовании (ДПН путем амниоцентеза или хориоцентеза) и данных, полученных при этих новых подходах фазирования в PNID.

Фаза 2:

- Проверка наилучшего рабочего процесса (эффективность / стоимость) фазы 1 по 8 дополнительным парам для клинического переноса подхода.

Ожидаемые результаты и перспективы:

Это исследование должно позволить определить наиболее эффективный тест для DPNI заболеваний триплетной экспансии в соответствии со знаниями в данной области и подтвердить условия переноса в клиническую практику подхода (оборудование, реагенты, анализ затрат, критерии аналитической валидации). ....).

Утвержденный рабочий процесс должен быть как можно более универсальным, чтобы во вторую очередь обеспечить доступ на национальном уровне к широкому спектру NIDP редких заболеваний путем будущих корректировок содержания генов в свободно циркулирующих панелях секвенирования ДНК.