早产微生物组学和多组学:细菌和出生研究 (BaBs)
早产微生物组学和多组学:细菌和出生研究 (BaBs)
原始人和古人类是微生物的重要宿主,在过去的 450 万年里,我们共同进化成为高度多菌的社区。 从新生儿期开始,与人类相关的微生物(“微生物组”)的数量超过人类细胞数量至少 10 倍。 集体基因组(“宏基因组”)在基因含量方面超过我们的人类基因组 150 倍以上。 关于微生物群和早产,人们普遍认为大多数宫内感染起源于下生殖道,微生物群上升到原本无菌的宫内环境中,感染胎盘(早产)、胎膜(绒毛膜羊膜炎)、脐带脐带(funisitis)和胎儿(败血症)。 然而,我们和其他人最近证明,阴道和肠道微生物群落在怀孕期间具有明显的结构,胎盘实际上并不是无菌的,而是含有低丰度的微生物群,这可能是通过口腔微生物群的血行传播获得的。
根据我们之前的研究和初步数据,我们的中心假设是怀孕期间独特且主要共生的常驻微生物组会带来早产风险。 通过在早产受试者的纵向病例队列中利用我们最先进的科学技术和分析工具,我们将能够以前所未有的速度将“基于发现”的宏基因组学和多组学科学转化为易于翻译的机制研究等级。
研究概览
地位
条件
详细说明
具体目标 1. 纵向母体(阴道、口腔、皮肤、肠道)、胎儿(口腔、皮肤、肠道)和胎盘(基底板和实质)基于 16S 的宏基因组分析和推断的宏基因组学将揭示与早产相关的不同微生物群落. 方法:我们将招募 526 名有风险的孕妇,以产生大约 135 名早产儿和 401 名有风险的足月对照。 从早孕期/早孕期开始,我们将在多个时间点(产前到分娩)对多个身体部位(阴道、口腔、粪便、胎盘)进行采样,分离微生物 DNA,并对生态位特异性微生物群落进行基于 16S 的测定发现与早产有关。 通过我们的病例队列纵向设计,我们将能够应用我们完善的监督学习方法来揭示哪些分类群会导致早产风险,以及它们在哪些身体部位和胎龄可以预测早产。
具体目标 2. 来自选定受试者和身体部位的全基因组鸟枪法 (WGS) 宏基因组学将使物种鉴定、微生物基因目录的生成和代谢重建能够确定早产微生物组的结构、功能和多样性。 方法:为了探索代谢功能并描述病原体相关机制,我们将使用鸟枪法宏基因组学对样本子集分析总基因含量的变化。 我们将建立在我们的功能计算管道的基础上,以充分表征目标受试者的宏基因组特征。
具体目标 3. 综合宿主基因组学、元转录组学和代谢组学数据将揭示有限样本子集中早产的分子机制和网络。 方法:我们将使用先进的计算和生物统计学方法询问并整合我们同时获得的临床元数据、微生物和宿主基因表达数据(RNA-Seq 元转录组学)和代谢组学分析。 我们将根据目标 1 和目标 2 中的数据来指导我们选择主题。
研究类型
注册 (预期的)
联系人和位置
学习地点
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Texas
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Houston、Texas、美国、77030
- Baylor College of Medicine
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参与标准
资格标准
适合学习的年龄
接受健康志愿者
取样方法
研究人群
描述
纳入标准:
- 有早产风险的孕妇,定义为:通过医疗记录审查确认的 16w0d-36w6d 胎龄的既往自发性早产史。 如果检索医疗记录的努力不成功,资格将取决于围绕先前出生和出生体重低于 2 公斤的事件;由经验丰富的超声技师在 <24 周胎龄时经阴道超声记录缩短的子宫颈 <2.5 cm;有记录和培养证明的复杂性下尿路或上尿路感染定义为需要住院治疗的尿路感染(例如肾盂肾炎);有记录的牙周病,治疗或未治疗;有记录的复发性下生殖器感染;吸烟或其他会增加早产风险的化学依赖;早产高风险的其他临床问题(由 BCM 的 PI Aagaard 博士或 UTMB 的 Saade 博士批准)
- 根据最佳产科估计,在小于或等于 20 周妊娠时入组
- 能够说英语或与口译员一起工作
- 认知意识足以参与研究
- 妊娠大于 10 周的孕妇
- 同意协议所有必需方面的意愿——我们将招募 20% 的受试者参与额外的非必需方面。 这些将是自愿选择加入的方面
- 16岁或以上
排除标准:
- 怀孕期间任何时间的多胎妊娠
- 已知的 HIV 或丙型肝炎感染
- 已知的免疫抑制疾病
- 在过去 6 个月内使用过以下任何药物;细胞因子;甲氨蝶呤或免疫抑制细胞毒剂
- 癌症病史,但已得到控制和充分治疗的皮肤鳞状细胞癌或基底细胞癌或甲状腺癌除外。
- 胃肠道大手术(包括胃旁路术),过去五年内胆囊切除术和阑尾切除术除外。 随时进行任何大肠切除术。 如果在参与研究期间出现需要此类手术的情况,受试者将不会在入组后被排除在外。 如果患者在入组后需要进行此类手术,他们将不会被排除在外。
- 有记录的慢性胃肠道疾病(例如,克罗恩病)
- 具有胃肠道症状的慢性疾病(例如 囊性纤维化)
- 自闭症谱系障碍或显着发育迟缓、精神病、重度抑郁症或双相情感障碍病史(如果担心同意的能力)
- 治疗或怀疑曾患有中毒性休克综合征。
- 致命的胎儿异常。 如果之前未确定,将在注册后排除
学习计划
研究是如何设计的?
设计细节
研究衡量的是什么?
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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母胎微生物组的特征
大体时间:受孕至产后 4-6 周
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纵向描述有早产风险的队列中的母体、胎盘和婴儿微生物组。
并非所有女性最终都会早产;我们将能够看到是否存在与早产相关的微生物组变化。
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受孕至产后 4-6 周
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母体微生物组(肠道、口腔、阴道、胎盘)与早产的关联
大体时间:受孕至产后 4-6 周
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纵向描述有早产风险的队列中的母体、胎盘和婴儿微生物组。
并非所有女性最终都会早产;我们将能够看到是否存在与早产相关的微生物组变化。
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受孕至产后 4-6 周
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次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
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早产率
大体时间:受孕至分娩日期,<37 周
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测量妊娠 <37 周和 <34 周的早产率,定义为末次月经的最佳产科估计与 <24 周超声波图一致,或 <24 周超声波图且末次月经未知,或熟练检查和 <24 周超声波图
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受孕至分娩日期,<37 周
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足月出生率
大体时间:受孕日期 分娩日期
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测量足月出生率,定义为末次月经的最佳产科估计符合 <24 周超声波图,或 <24 周超声波图且末次月经未知,或熟练检查和 <24 周超声波图
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受孕日期 分娩日期
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合作者和调查者
调查人员
- 首席研究员:Kjersti Aagaard, MD/PhD、Associate Professor / Vice Chair for Research
研究记录日期
研究主要日期
学习开始 (实际的)
初级完成 (预期的)
研究完成 (预期的)
研究注册日期
首次提交
首先提交符合 QC 标准的
首次发布 (估计)
研究记录更新
最后更新发布 (估计)
上次提交的符合 QC 标准的更新
最后验证
更多信息
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