Mikrobiom og multiomics i preterm fødsel: bakterie- og fødselsstudien (BaBs)
Mikrobiom og multiomikk ved preterm fødsel: bakterie- og fødselsstudien (BaBs)
Hominider og homininer tjener som bemerkelsesverdige verter for mikrober, og vi har utviklet oss sammen i løpet av de siste 4,5 millioner årene som svært rike samfunn. Menneskeassosierte mikroorganismer ("mikrobiomet") er tilstede i antall som overstiger mengden av menneskelige celler med minst 10 ganger fra den nyfødte perioden. Det kollektive genomet («metagenomet») overgår vårt menneskelige genom når det gjelder geninnhold med mer enn 150 ganger. Med hensyn til mikrobiota og prematur fødsel har det generelt antatt at flertallet av intrauterine infeksjoner har sin opprinnelse i nedre kjønnsorganer, med mikrobiota som stiger opp i det ellers sterile intrauterine miljøet for å infisere placenta (prematur fødsel), fostermembraner (chorioamnionitis), navlestreng. ledningen (funisitt), og fosteret (sepsis). Imidlertid har vi og andre nylig vist at vaginal- og tarmmikrobiomet er tydelig strukturert i svangerskapet, og morkaken er faktisk ikke steril, men inneholder heller et mikrobiom med lav overflod som sannsynligvis erverves gjennom hematogen overføring av det orale mikrobiomet.
Basert på våre tidligere studier og foreløpige data, er vår sentrale hypotese at et distinkt og stort sett kommensalt hjemmehørende mikrobiom i svangerskapet utgjør en risiko for prematur fødsel. Ved å bruke vår state-of-the-science teknologi og analyseverktøy i en longitudinell case-kohort av premature fødselspersoner, vil vi være i stand til å transformere "oppdagelsesbasert" metagenomikk og multi'omics-vitenskap til lett oversettelige mekanistiske studier på et tidligere uten sidestykke nivå.
Studieoversikt
Status
Forhold
Detaljert beskrivelse
Spesifikt mål 1. Longitudinell maternal (vaginal, oral, hud, tarm), føtal (oral, hud, tarm) og placental (basalplate og parenkym) 16S-basert metagenomisk profilering med antatt metagenomikk vil avsløre distinkte mikrobielle samfunn i forbindelse med prematur fødsel . Metoder: Vi vil registrere 526 gravide i risikogruppen for å gi omtrent 135 premature fødsler med 401 risikokontroller. Fra og med første/tidlig andre trimester vil vi prøve flere kroppssteder (vagina, oral, avføring, placenta) på flere tidspunkter (prenatal gjennom levering), isolere mikrobiell DNA og utføre 16S-basert bestemmelse av nisjespesifikke mikrobielle samfunn funnet i forbindelse med prematur fødsel. Med vår case-cohort longitudinelle design vil vi kunne bruke våre velutviklede veiledede læringstilnærminger for å avsløre hvilke taxaer som bidrar til risiko for prematur fødsel, og på hvilke kroppssteder og svangerskapsalder de er prediktive for prematur fødsel.
Spesifikt mål 2. Helgenom hagle (WGS) metagenomikk fra utvalgte individer og kroppssteder vil muliggjøre artsidentifikasjon, generering av mikrobielle genkataloger og metabolske rekonstruksjoner for å bestemme strukturen, funksjonen og mangfoldet til mikrobiomet for tidlig fødsel. Metoder: For å undersøke metabolsk funksjonalitet og beskrive patogenrelaterte mekanismer, vil vi analysere endringer i totalt geninnhold ved å bruke hagle-metagenomikk på en undergruppe av prøver. Vi vil bygge på våre funksjonelle beregningsbaserte pipelines for å fullt ut karakterisere målrettede fags metagenomiske signaturer.
Spesifikt mål 3. Integrert vertsgenomikk, metatranskriptomikk og metabonomikkdata vil avsløre molekylære mekanismer og nettverk som ligger til grunn for tidlig fødsel i en begrenset undergruppe av prøver. Metoder: Vi vil undersøke og integrere våre samtidig ervervede kliniske metadata, mikrobielle og vertsgenekspresjonsdata (RNA-Seq metatranscriptomics), og metabonomikkprofilering med avanserte beregnings- og biostatistiske tilnærminger. Vi vil bli veiledet i vårt valg av emner av våre data fra mål 1 og 2.
Studietype
Registrering (Forventet)
Kontakter og plasseringer
Studiesteder
-
-
Texas
-
Houston, Texas, Forente stater, 77030
- Baylor College of Medicine
-
-
Deltakelseskriterier
Kvalifikasjonskriterier
Alder som er kvalifisert for studier
Tar imot friske frivillige
Prøvetakingsmetode
Studiepopulasjon
Beskrivelse
Inklusjonskriterier:
- Gravidae med risiko for prematur fødsel, definert som: Historie med tidligere spontan prematur fødsel ved 16w0d-36w6d svangerskapsalder bekreftet ved gjennomgang av medisinske journaler. Hvis forsøk på å hente medisinske journaler mislykkes, vil kvalifisering avhenge av hendelsene rundt forrige fødsel og fødselsvekt under 2 kg; Dokumentert forkortet cervix <2,5 cm ved transvaginal ultralyd utført av erfaren sonograf ved <24 ukers svangerskapsalder; Dokumentert og kulturbevist komplisert nedre eller øvre urinveisinfeksjon definert som en urinveisinfeksjon som krever sykehusinnleggelse (f.eks. pyelonefritt); Dokumentert periodontal sykdom, behandlet eller ubehandlet; Dokumentert tilbakevendende nedre genital infeksjon; Røyking eller annen kjemisk avhengighet som vil gi økt risiko for prematur fødsel; Annen klinisk bekymring for høy risiko for prematur fødsel (og godkjent av PI Dr. Aagaard ved BCM eller Dr. Saade ved UTMB)
- Påmelding ved mindre enn eller lik 20 ukers svangerskap etter beste obstetriske estimat
- Kunne snakke engelsk eller jobbe med tolk
- Kognitivt bevisst nok til å kunne delta i studien
- Gravidae med levedyktig graviditet >10 ukers svangerskapsalder
- Vilje til å samtykke til alle nødvendige aspekter av protokollen - Det vil være ytterligere ikke-påkrevde aspekter som vi vil rekruttere 20 % av fagene til å delta i. Dette vil være frivillige opt-in aspekter
- 16 år eller eldre
Ekskluderingskriterier:
- Multifetal svangerskap når som helst i løpet av svangerskapet
- Kjent HIV- eller Hepatitt C-infeksjon
- Kjent immunsuppressiv sykdom
- Bruk av noen av følgende legemidler i løpet av de siste 6 månedene; Cytokiner; Metotreksat eller immunsuppressive cytotoksiske midler
- Anamnese med kreft med unntak av plateepitel- eller basalcellekarsinomer i huden eller kreft i skjoldbruskkjertelen som har blitt behandlet og fullstendig behandlet.
- Større kirurgi i mage-tarmkanalen (inkludert gastrisk bypass), med unntak av kolecystektomi og appendektomi de siste fem årene. Enhver større tarmreseksjon når som helst. Dersom det oppstår forhold som krever slike operasjoner under deltakelse i studien, vil forsøkspersoner ikke bli ekskludert etter påmelding. Hvis pasienten utvikler behov for slik operasjon etter innskrivning, vil de ikke bli ekskludert.
- Dokumenterte kroniske GI-sykdommer (f.eks. Crohns sykdom)
- Kroniske tilstander med GI-symptomer, (f. cystisk fibrose)
- Autismespekterforstyrrelse eller betydelig utviklingsforsinkelse, psykose, alvorlig depressiv lidelse eller en historie med bipolar lidelse hvis det er bekymring for evnen til å samtykke
- Behandling for eller mistanke om noen gang å ha hatt toksisk sjokksyndrom.
- Fatal fosteranomali. Vil ekskludere etter påmelding hvis ikke tidligere identifisert
Studieplan
Hvordan er studiet utformet?
Designdetaljer
Hva måler studien?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Karakterisering av mor-føtalt mikrobiom
Tidsramme: Befruktning til 4-6 uker etter fødsel
|
Langsgående karakteriserer mors-, placenta- og spedbarnsmikrobiomet i en kohort med risiko for prematur fødsel.
Ikke alle kvinnene vil til slutt føde premature; vi vil vi kunne se om det er mikrobiometdringer knyttet til prematur fødsel.
|
Befruktning til 4-6 uker etter fødsel
|
|
Forening av mors mikrobiom (tarm, oral, vaginal, placenta) med prematur fødsel
Tidsramme: Befruktning til 4-6 uker etter fødsel
|
Langsgående karakteriserer mors-, placenta- og spedbarnsmikrobiomet i en kohort med risiko for prematur fødsel.
Ikke alle kvinnene vil til slutt føde premature; vi vil vi kunne se om det er mikrobiometdringer knyttet til prematur fødsel.
|
Befruktning til 4-6 uker etter fødsel
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Frekvens for tidlig fødsel
Tidsramme: Befruktning til dato for leveringsdato, <37 uker
|
Mål frekvensen av prematur fødsel <37 og <34 uker svangerskap, som definert av beste obstetriske estimat av siste menstruasjon i samsvar med <24 ukers sonogram, ELLER <24 ukers sonogram med ukjent siste menstruasjon, ELLER faglært undersøkelse og <24 ukers sonogram
|
Befruktning til dato for leveringsdato, <37 uker
|
|
Fødselsrate for termin
Tidsramme: Befruktning til dato for leveringsdato
|
Mål rate av terminfødsel, som definert av beste obstetriske estimat av siste menstruasjon i samsvar med <24 ukers sonogram, ELLER <24 ukers sonogram med ukjent siste menstruasjonsperiode, ELLER faglært undersøkelse og <24 ukers sonogram
|
Befruktning til dato for leveringsdato
|
Samarbeidspartnere og etterforskere
Sponsor
Samarbeidspartnere
Etterforskere
- Hovedetterforsker: Kjersti Aagaard, MD/PhD, Associate Professor / Vice Chair for Research
Studierekorddatoer
Studer hoveddatoer
Studiestart (Faktiske)
Primær fullføring (Forventet)
Studiet fullført (Forventet)
Datoer for studieregistrering
Først innsendt
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
Først lagt ut (Anslag)
Oppdateringer av studieposter
Sist oppdatering lagt ut (Anslag)
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
Sist bekreftet
Mer informasjon
Begreper knyttet til denne studien
Ytterligere relevante MeSH-vilkår
Andre studie-ID-numre
- H-34056
Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .