Mikrobiomi ja multiomiikka ennenaikaisessa synnytyksessä: bakteeri- ja syntymätutkimus (BaBs)
Mikrobiomi ja multiomiikka ennenaikaisessa synnytyksessä: Bakteeri- ja syntymätutkimus (BaBs)
Hominidit ja hominiinit toimivat merkittävinä isäntinä mikrobeille, ja olemme kehittyneet yhdessä viimeisten 4,5 miljoonan vuoden aikana erittäin runsaina yhteisöinä. Ihmisiin liittyvien mikro-organismien ("mikrobiomi") määrä ylittää ihmissolujen määrän vähintään 10-kertaisesti vastasyntyneestä alkaen. Kollektiivinen genomi ("metagenomi") ylittää ihmisgenomimme geenisisällöltään yli 150-kertaisesti. Mikrobiootan ja ennenaikaisen synnytyksen osalta on yleisesti oletettu, että suurin osa kohdunsisäisistä infektioista on peräisin alemmista sukupuolielimistä, jolloin mikrobiota nousee muuten steriiliin kohdunsisäiseen ympäristöön tartuttaakseen istukan (ennenaikainen syntymä), sikiön kalvot (koroamnioniitti), napakalvon. napanuora (funisiitti) ja sikiö (sepsis). Olemme kuitenkin äskettäin osoittaneet, että emättimen ja suoliston mikrobiomiyhteisöt ovat selkeästi rakenteellisia raskauden aikana, ja istukka ei itse asiassa ole steriili, vaan siinä on vähän runsasta mikrobiomia, joka todennäköisesti hankitaan suun mikrobiomin hematogeenisen siirtymisen kautta.
Aiempien tutkimuksiemme ja alustavien tietojen perusteella keskeinen hypoteesimme on, että erottuva ja suurelta osin komensaalinen asukasmikrobiomi raskauden aikana aiheuttaa riskin ennenaikaiselle synnytykselle. Hyödyntämällä uusinta teknologiaamme ja analyysityökalujamme ennenaikaisten synnytysten pitkittäisessä tapauskohortissa pystymme muuttamaan "löytöihin perustuvan" metagenomiikka- ja multiomiikkatieteen helposti käännettäväksi mekanistiseksi tutkimukseksi aiemmin vertaansa vailla olevalla menetelmällä. taso.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Ehdot
Yksityiskohtainen kuvaus
Erityinen tavoite 1. Pitkittäinen äidin (emättimen, suun, ihon, suoliston), sikiön (suun, ihon, suoliston) ja istukan (tyvilevy ja parenkyymi) 16S-pohjainen metagenominen profilointi päätellyllä metagenomiikalla paljastaa selkeitä mikrobiyhteisöjä ennenaikaisen synnytyksen yhteydessä . Menetelmät: Rekisteröimme 526 riskialtista gravidaea, jotta saadaan noin 135 ennenaikaista synnytystä ja 401 riskiaikakontrollia. Ensimmäisestä/toisen raskauskolmanneksen alkupuolelta alkaen otamme näytteitä useista kehon kohdista (emätin, suu, uloste, istukka) useissa kohdissa (sikiövaiheessa synnytykseen asti), erisämme mikrobien DNA:n ja suoritamme 16S-pohjaisen niche-spesifisten mikrobiyhteisöjen määrityksen. havaittu ennenaikaisen synnytyksen yhteydessä. Tapauskohorttipitkittäissuunnittelumme avulla voimme soveltaa hyvin kehitettyjä ohjattuja oppimismenetelmiämme paljastaaksemme, mitkä taksonit lisäävät ennenaikaisen synnytyksen riskiä ja missä kehon kohdissa ja raskausiässä ne ennustavat ennenaikaista syntymää.
Erityinen tavoite 2. Koko genomin haulikon (WGS) metagenomiikka valituista kohteista ja kehon kohdista mahdollistaa lajien tunnistamisen, mikrobigeeniluetteloiden luomisen ja metaboliset rekonstruktiot ennenaikaisen synnytyksen mikrobiomin rakenteen, toiminnan ja monimuotoisuuden määrittämiseksi. Menetelmät: Aineenvaihdunnan toiminnallisuuden tutkimiseksi ja patogeeneihin liittyvien mekanismien kuvaamiseksi analysoimme geenien kokonaissisällön muutoksia käyttämällä haulikon metagenomiikkaa näytteiden osajoukossa. Rakennamme toiminnallisia laskennallisia putkistojamme karakterisoidaksemme täysin kohdennettujen koehenkilöiden metagenomiset allekirjoitukset.
Erityinen tavoite 3. Integroidut isäntägenomiikka-, metatranskriptomiikka- ja metabonomiikkatiedot paljastavat molekyylimekanismeja ja verkostoja, jotka ovat taustalla ennenaikaisen synnytyksen rajallisessa osajoukossa näytteitä. Menetelmät: Tutkimme ja integroimme samanaikaisesti hankittuja kliinisiä metatietoja, mikrobien ja isäntägeenin ilmentymistietoja (RNA-Seq-metatranskriptomiikka) ja metabonomiikan profilointia kehittyneillä laskennallisilla ja biostatistisilla lähestymistavoilla. Aiheiden valinnassa ohjaamme tavoitteista 1 ja 2 saatuja tietoja.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Odotettu)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskelupaikat
-
-
Texas
-
Houston, Texas, Yhdysvallat, 77030
- Baylor College of Medicine
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Ennenaikaisen synnytyksen riskiryhmät, jotka määritellään seuraavasti: Aiemmat spontaanit ennenaikaiset synnytykset raskausiässä 16w0d-36w6d, jotka on vahvistettu potilastietojen tarkastelulla. Jos potilastietojen hakeminen epäonnistuu, kelpoisuus riippuu edelliseen syntymään ja alle 2 kg:n syntymäpainoon liittyvistä tapahtumista. Dokumentoitu lyhentynyt kohdunkaula <2,5 cm transvaginaalisella ultraäänellä, jonka kokenut sonografi on tehnyt <24 raskausviikon iässä; Dokumentoitu ja viljelyllä todistettu komplisoitunut alempien tai ylempien virtsateiden infektio, joka määritellään sairaalahoitoa vaativaksi virtsatieinfektioksi (esim. pyelonefriitti); Dokumentoitu parodontaalisairaus, hoidettu tai hoitamaton; Dokumentoitu toistuva alempien sukupuolielinten infektio; Tupakointi tai muu kemiallinen riippuvuus, joka lisää ennenaikaisen synnytyksen riskiä; Muu kliininen huolenaihe korkeasta ennenaikaisen synnytyksen riskistä (ja PI Dr. Aagaard BCM:stä tai Dr. Saade UTMB:stä hyväksyi)
- Ilmoittautuminen alle 20 raskausviikolla parhaan synnytysarvion mukaan
- Pystyy puhumaan englantia tai työskentelemään tulkin kanssa
- Kognitiivisesti riittävän tietoinen voidakseen osallistua tutkimukseen
- Gravidae, joilla on elinkelpoinen raskaus > 10 raskausviikkoa
- Halukkuus suostua kaikkiin protokollan vaadittuihin näkökohtiin - Mukana on muita ei-pakollisia näkökohtia, joihin rekrytoimme 20 % koehenkilöistä osallistumaan. Nämä ovat vapaaehtoisia osallistumisnäkökohtia
- 16-vuotias tai vanhempi
Poissulkemiskriteerit:
- Monisikiöraskaus milloin tahansa raskauden aikana
- Tunnettu HIV- tai hepatiitti C -infektio
- Tunnettu immunosuppressiivinen sairaus
- Minkä tahansa seuraavista lääkkeistä viimeisten 6 kuukauden aikana; sytokiinit; Metotreksaatti tai immunosuppressiiviset sytotoksiset aineet
- Aiempi syöpä, lukuun ottamatta ihon okasolu- tai tyvisolusyöpää tai kilpirauhassyöpää, jotka on hoidettu ja täysin hoidettu.
- Mahtava ruoansulatuskanavan leikkaus (mukaan lukien mahalaukun ohitusleikkaus), paitsi kolekystektomia ja umpilisäkkeen poisto viimeisen viiden vuoden aikana. Mikä tahansa suuri suolen resektio milloin tahansa. Jos tutkimukseen osallistumisen aikana ilmenee olosuhteita, jotka edellyttävät tällaisia leikkauksia, koehenkilöitä ei suljeta pois ilmoittautumisen jälkeen. Jos potilaalla ilmenee tällaisen leikkauksen tarve ilmoittautumisen jälkeen, häntä ei suljeta pois.
- Dokumentoidut krooniset GI-sairaudet (esim. Crohnin tauti)
- Krooniset sairaudet, joihin liittyy GI-oireita (esim. kystinen fibroosi)
- Autismikirjon häiriö tai merkittävä kehityksen viivästyminen, psykoosi, vakava masennushäiriö tai kaksisuuntainen mielialahäiriö, jos on epäilyksiä suostumuksesta
- Toksisen shokin oireyhtymän hoitoon tai epäilyyn.
- Kuolettava sikiön anomalia. Suljetaan pois ilmoittautumisen jälkeen, jos sitä ei ole aiemmin tunnistettu
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Äidin ja sikiön mikrobiomin karakterisointi
Aikaikkuna: Raskaus 4-6 viikkoa synnytyksen jälkeen
|
Kuvaile pituussuunnassa äidin, istukan ja vauvan mikrobiomia kohortissa, jossa on ennenaikaisen synnytyksen riski.
Kaikki naiset eivät lopulta synnytä ennenaikaisesti; voimme nähdä, onko ennenaikaiseen synnytykseen liittyviä mikrobiomimuutoksia.
|
Raskaus 4-6 viikkoa synnytyksen jälkeen
|
|
Äidin mikrobiomin (suoli, suun, emättimen, istukan) yhteys ennenaikaiseen synnytykseen
Aikaikkuna: Raskaus 4-6 viikkoa synnytyksen jälkeen
|
Kuvaile pituussuunnassa äidin, istukan ja vauvan mikrobiomia kohortissa, jossa on ennenaikaisen synnytyksen riski.
Kaikki naiset eivät lopulta synnytä ennenaikaisesti; voimme nähdä, onko ennenaikaiseen synnytykseen liittyviä mikrobiomimuutoksia.
|
Raskaus 4-6 viikkoa synnytyksen jälkeen
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Keskosten määrä
Aikaikkuna: Synnytys toimituspäivään asti, <37 viikkoa
|
Mittaa ennenaikaisten synnytysten määrä <37 ja <34 raskausviikon aikana, määritettynä parhaan synnytysarvion mukaan viimeisten kuukautisten osalta, joka vastaa <24 viikon ultraäänitutkimusta, TAI <24 viikon ultraäänitutkimusta, jonka viimeiset kuukautiset eivät ole tiedossa, TAI ammattitaitoinen tutkimus ja <24 viikon sonogrammi
|
Synnytys toimituspäivään asti, <37 viikkoa
|
|
Syntymäaika
Aikaikkuna: Käsittely toimituspäivään asti
|
Mittaa synnytystiheys, määritettynä parhaan synnytysarvion perusteella viimeisten kuukautisten osalta, joka vastaa <24 viikon ultraäänitutkimusta, TAI <24 viikon ultraäänitutkimusta, jonka viimeisiä kuukautisia ei tunneta, TAI ammattitaitoisen tutkimuksen ja <24 viikon sonogrammin mukaan
|
Käsittely toimituspäivään asti
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Päätutkija: Kjersti Aagaard, MD/PhD, Associate Professor / Vice Chair for Research
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Odotettu)
Opintojen valmistuminen (Odotettu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Arvio)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Arvio)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- H-34056
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .