Mikrobiom och multiomik vid för tidig födsel: Bakterie- och födelsestudien (BaBs)
Microbiome And Multi'Omics In Preterm Birth: The Bacteria and Birth Study (BaBs)
Hominider och homininer fungerar som anmärkningsvärda värdar för mikrober, och vi har utvecklats tillsammans under de senaste 4,5 miljoner åren som mycket överflödiga samhällen. Människoassocierade mikroorganismer ("mikrobiomet") är närvarande i antal som överstiger kvantiteterna mänskliga celler med minst 10 gånger med början i neonatalperioden. Det kollektiva genomet ("metagenomet") överstiger vårt mänskliga genom vad gäller geninnehåll med mer än 150 gånger. När det gäller mikrobiota och för tidig födsel har man allmänt antagit att majoriteten av intrauterina infektioner har sitt ursprung i de nedre könsorganen, med mikrobiota som stiger upp i den annars sterila intrauterina miljön för att infektera moderkakan (för tidig födsel), fosterhinnor (chorioamnionit), navelsträng. sladd (funisit) och fostret (sepsis). Men vi och andra har nyligen visat att mikrobiomet i vaginalt och tarmen är distinkt strukturerat under graviditeten, och moderkakan är i själva verket inte steril, utan hyser snarare en mikrobiom med låg förekomst som sannolikt förvärvas genom hematogen överföring av den orala mikrobiomen.
Baserat på våra tidigare studier och preliminära data, är vår centrala hypotes att en distinkt och i stort sett kommensal bosatt mikrobiom under graviditeten utgör risk för för tidig födsel. Genom att använda vår toppmoderna teknologi och analysverktyg i en longitudinell fall-kohort av prematura födslar, kommer vi att kunna omvandla "upptäcktsbaserad" metagenomik och multiomicsvetenskap till lättöversättbara mekanistiska studier på en tidigare oöverträffad nivå.
Studieöversikt
Status
Betingelser
Detaljerad beskrivning
Specifikt mål 1. Longitudinell maternal (vaginal, oral, hud, tarm), foster (oral, hud, tarm) och placental (basalplatta och parenkym) 16S-baserad metagenomisk profilering med antagen metagenomik kommer att avslöja distinkta mikrobiella samhällen i samband med för tidig födsel . Metoder: Vi kommer att registrera 526 gravida i riskzonen för att ge ungefär 135 prematura födslar med 401 riskkontroller. Från och med den första/tidiga andra trimestern kommer vi att ta prov på flera kroppsställen (vagina, oral, avföring, placenta) vid flera tidpunkter (prenatal genom leverans), isolera mikrobiellt DNA och utföra 16S-baserad bestämning av nischspecifika mikrobiella samhällen hittas i samband med för tidig födsel. Med vår longitudinella design för case-cohort kommer vi att kunna tillämpa våra välutvecklade övervakade lärandemetoder för att avslöja vilka taxa som bidrar till risken för för tidig födsel, och vid vilka kroppsplatser och graviditetsålder de förutsäger för tidig födsel.
Specifikt mål 2. Helgenom-hagelgevär (WGS)-metagenomik från utvalda försökspersoner och kroppsställen kommer att möjliggöra artidentifiering, generering av mikrobiella genkataloger och metaboliska rekonstruktioner för att bestämma strukturen, funktionen och mångfalden av mikrobiomet för prematur födsel. Metoder: För att undersöka metabolisk funktionalitet och beskriva patogenrelaterade mekanismer kommer vi att analysera förändringar i det totala geninnehållet med hjälp av hagelgevärsmetagenomik på en undergrupp av prover. Vi kommer att bygga vidare på våra funktionella beräkningspipelines för att helt karakterisera målinriktade ämnens metagenomiska signaturer.
Specifikt mål 3. Integrerad värdgenomik, metatranskriptomik och metabonomidata kommer att avslöja molekylära mekanismer och nätverk som ligger bakom för tidig födsel i en begränsad delmängd av prover. Metoder: Vi kommer att förhöra och integrera våra samtidigt förvärvade kliniska metadata, mikrobiella och värdgenexpressionsdata (RNA-Seq metatranscriptomics) och metabonomikprofilering med avancerade beräknings- och biostatistiska metoder. Vi kommer att vägledas i vårt val av ämnen av våra data från Mål 1 och 2.
Studietyp
Inskrivning (Förväntat)
Kontakter och platser
Studieorter
-
-
Texas
-
Houston, Texas, Förenta staterna, 77030
- Baylor College of Medicine
-
-
Deltagandekriterier
Urvalskriterier
Åldrar som är berättigade till studier
Tar emot friska volontärer
Testmetod
Studera befolkning
Beskrivning
Inklusionskriterier:
- Gravidae i riskzonen för för tidig födsel, definierad som: Historik av tidigare spontan för tidig födsel vid 16w0d-36w6d graviditetsålder bekräftad genom genomgång av medicinska journaler. Om försöken att hämta medicinska journaler misslyckas, kommer behörighet att bero på händelserna kring den tidigare födseln och födelsevikt under 2 kg; Dokumenterad förkortad livmoderhals <2,5 cm genom transvaginalt ultraljud utfört av erfaren sonograf vid <24 veckors graviditetsålder; Dokumenterad och kulturbeprövad komplicerad nedre eller övre urinvägsinfektion definierad som en urinvägsinfektion som kräver sjukhusvård (t.ex. pyelonefrit); Dokumenterad periodontal sjukdom, behandlad eller obehandlad; Dokumenterad återkommande nedre genital infektion; Rökning eller annat kemiskt beroende som skulle förmedla en ökad risk för för tidig födsel; Annan klinisk oro för hög risk för för tidig födsel (och godkänd av PI Dr. Aagaard vid BCM eller Dr. Saade vid UTMB)
- Inskrivning vid mindre än eller lika med 20 veckors graviditet enligt bästa obstetriska uppskattning
- Kunna tala engelska eller arbeta med tolk
- Kognitivt medveten nog för att kunna delta i studien
- Gravidae med livskraftig graviditet >10 veckors graviditetsålder
- Villighet att samtycka till alla nödvändiga aspekter av protokollet - Det kommer att finnas ytterligare icke-obligatoriska aspekter som vi kommer att rekrytera 20 % av försökspersonerna att delta i. Dessa kommer att vara frivilliga opt-in aspekter
- 16 år eller äldre
Exklusions kriterier:
- Multifetal dräktighet när som helst under graviditeten
- Känd HIV- eller Hepatit C-infektion
- Känd immunsuppressiv sjukdom
- Användning av något av följande läkemedel under de senaste 6 månaderna; Cytokiner; Metotrexat eller immunsuppressiva cytotoxiska medel
- Historik av cancer förutom skivepitel- eller basalcellscancer i huden eller sköldkörtelcancer som har behandlats och behandlats fullt ut.
- Större operationer i mag-tarmkanalen (inklusive gastric bypass), med undantag för kolecystektomi och blindtarmsoperation under de senaste fem åren. Alla större tarmresektioner när som helst. Om tillstånd uppstår som kräver sådana operationer under deltagande i studien, kommer försökspersoner inte att uteslutas efter registreringen. Om patienten utvecklar behov av sådan operation efter inskrivningen kommer de inte att uteslutas.
- Dokumenterade kroniska GI-störningar (t.ex. Crohns sjukdom)
- Kroniska tillstånd med GI-symtom, (t.ex. cystisk fibros)
- Autismspektrumstörning eller betydande utvecklingsförsening, psykos, egentlig depression eller en historia av bipolär sjukdom om det finns oro för förmågan att samtycka
- Behandling för eller misstanke om att någonsin ha haft toxiskt chocksyndrom.
- Dödlig fosteranomali. Kommer att utesluta efter registrering om det inte tidigare identifierats
Studieplan
Hur är studien utformad?
Designdetaljer
Vad mäter studien?
Primära resultatmått
Resultatmått |
Åtgärdsbeskrivning |
Tidsram |
|---|---|---|
|
Karakterisering av maternal-fetal mikrobiom
Tidsram: Befruktning till 4-6 veckor efter förlossningen
|
Karakterisera i längdriktningen moderns, placenta och spädbarnsmikrobiomet i en kohort med risk för för tidig födsel.
Inte alla kvinnor kommer i slutändan att föda för tidigt; vi kommer att kunna se om det finns mikrobiomförändringar i samband med för tidig födsel.
|
Befruktning till 4-6 veckor efter förlossningen
|
|
Förening av moderns mikrobiom (tarm, oral, vaginal, placenta) med för tidig födsel
Tidsram: Befruktning till 4-6 veckor efter förlossningen
|
Karakterisera i längdriktningen moderns, placenta och spädbarnsmikrobiomet i en kohort med risk för för tidig födsel.
Inte alla kvinnor kommer i slutändan att föda för tidigt; vi kommer att kunna se om det finns mikrobiomförändringar i samband med för tidig födsel.
|
Befruktning till 4-6 veckor efter förlossningen
|
Sekundära resultatmått
Resultatmått |
Åtgärdsbeskrivning |
Tidsram |
|---|---|---|
|
Antal för tidigt födda
Tidsram: Befruktning till datum för leveransdatum, <37 veckor
|
Mät frekvensen av prematur födsel <37 och <34 veckors graviditet, som definieras av bästa obstetriska uppskattning av senaste menstruation i överensstämmelse med <24 veckors sonogram, ELLER <24 veckors sonogram med okänd senaste menstruationsperiod, ELLER kvalificerad undersökning och <24 veckors sonogram
|
Befruktning till datum för leveransdatum, <37 veckor
|
|
Födelsefrekvens
Tidsram: Konception till datum för leveransdatum
|
Mät födelsefrekvensen, som definieras av bästa obstetriska uppskattning av senaste menstruationsperioden i överensstämmelse med <24 veckors sonogram, ELLER <24 veckors sonogram med okänd senaste menstruationsperiod, ELLER kvalificerad undersökning och <24 veckors sonogram
|
Konception till datum för leveransdatum
|
Samarbetspartners och utredare
Sponsor
Samarbetspartners
Utredare
- Huvudutredare: Kjersti Aagaard, MD/PhD, Associate Professor / Vice Chair for Research
Studieavstämningsdatum
Studera stora datum
Studiestart (Faktisk)
Primärt slutförande (Förväntat)
Avslutad studie (Förväntat)
Studieregistreringsdatum
Först inskickad
Först inskickad som uppfyllde QC-kriterierna
Första postat (Uppskatta)
Uppdateringar av studier
Senaste uppdatering publicerad (Uppskatta)
Senaste inskickade uppdateringen som uppfyllde QC-kriterierna
Senast verifierad
Mer information
Termer relaterade till denna studie
Ytterligare relevanta MeSH-villkor
Andra studie-ID-nummer
- H-34056
Denna information hämtades direkt från webbplatsen clinicaltrials.gov utan några ändringar. Om du har några önskemål om att ändra, ta bort eller uppdatera dina studieuppgifter, vänligen kontakta register@clinicaltrials.gov. Så snart en ändring har implementerats på clinicaltrials.gov, kommer denna att uppdateras automatiskt även på vår webbplats .