Mikrobiom a multi'omici v předčasném porodu: Studie bakterií a porodu (BaBs)
Mikrobiom a multi'omici v předčasném porodu: Studie bakterií a porodu (BaBs)
Hominidi a hominini slouží jako pozoruhodní hostitelé mikrobů a my jsme se za posledních 4,5 milionu let společně vyvinuli jako vysoce pletorická společenství. Mikroorganismy spojené s člověkem ("mikrobiom") jsou přítomny v množstvích převyšujících množství lidských buněk nejméně 10krát, počínaje novorozeneckým obdobím. Kolektivní genom („metagenom“) přesahuje náš lidský genom z hlediska obsahu genů více než 150krát. Pokud jde o mikroflóru a předčasný porod, obecně se předpokládalo, že většina nitroděložních infekcí má původ v dolním genitálním traktu, přičemž mikroflóra stoupá do jinak sterilního nitroděložního prostředí a infikuje placentu (předčasný porod), fetální membrány (chorioamnionitida), pupeční pupečník (funisitida) a plod (sepse). My a další jsme však nedávno prokázali, že komunity vaginálních a střevních mikrobiomů jsou v těhotenství zřetelně strukturované a placenta ve skutečnosti není sterilní, ale spíše ukrývá mikrobiom s nízkým výskytem, který je pravděpodobně získán hematogenním přenosem orálního mikrobiomu.
Na základě našich předchozích studií a předběžných údajů je naší ústřední hypotézou, že odlišný a převážně komenzální rezidentní mikrobiom v těhotenství představuje riziko předčasného porodu. Využitím našich nejmodernějších technologií a analytických nástrojů v longitudinální případové kohortě subjektů předčasně narozených dětí budeme schopni transformovat „objevově založenou“ metagenomiku a multiomickou vědu do snadno přeložitelných mechanistických studií na dříve nesrovnatelné úrovni. úroveň.
Přehled studie
Postavení
Podmínky
Detailní popis
Specifický cíl 1. Podélné mateřské (vaginální, orální, kožní, střevní), fetální (orální, kožní, střevní) a placentární (bazální ploténka a parenchym) 16S založené na metagenomickém profilování s odvozenou metagenomikou odhalí odlišná mikrobiální společenství ve spojení s předčasným porodem . Metody: Zařadíme 526 rizikových těhotných, abychom získali přibližně 135 předčasných porodů se 401 rizikovými kontrolami. Počínaje prvním/začátkem druhého trimestru odebereme vzorky z více míst na těle (vagina, orální, stolice, placenta) v různých časových bodech (předporodní až po porod), izolujeme mikrobiální DNA a provedeme stanovení mikrobiálních komunit specifických pro niky na základě 16S nachází v souvislosti s předčasným porodem. S naším longitudinálním designem případových kohort budeme schopni aplikovat naše dobře vyvinuté přístupy k učení pod dohledem, abychom odhalili, které taxony přispívají k riziku předčasného porodu a na jakých místech těla a v jakém gestačním věku předpovídají předčasný porod.
Specifický cíl 2. Metagenomika celogenomové brokovnice (WGS) od vybraných subjektů a tělesných míst umožní identifikaci druhů, generování katalogů mikrobiálních genů a metabolické rekonstrukce k určení struktury, funkce a diverzity mikrobiomu předčasného porodu. Metody: Abychom prozkoumali metabolickou funkčnost a popsali mechanismy související s patogeny, budeme analyzovat změny v celkovém obsahu genů pomocí metagenomiky brokovnice na podskupině vzorků. Budeme stavět na našich funkčních výpočetních kanálech, abychom plně charakterizovali metagenomické podpisy cílových subjektů.
Specifický cíl 3. Integrovaná data hostitelské genomiky, metatranskriptomiky a metabonomiky odhalí molekulární mechanismy a sítě, které jsou základem předčasného porodu v omezené podskupině vzorků. Metody: Budeme zkoumat a integrovat naše souběžně získaná klinická metadata, data exprese mikrobiálních a hostitelských genů (RNA-Seq metatranskriptomika) a metabonomické profilování s pokročilými výpočetními a biostatistickými přístupy. Při výběru předmětů se budeme řídit našimi údaji z cílů 1 a 2.
Typ studie
Zápis (Očekávaný)
Kontakty a umístění
Studijní místa
-
-
Texas
-
Houston, Texas, Spojené státy, 77030
- Baylor College of Medicine
-
-
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
Přijímá zdravé dobrovolníky
Metoda odběru vzorků
Studijní populace
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Gravidae s rizikem předčasného porodu, definované jako: Anamnéza předchozího spontánního předčasného porodu v gestačním věku 16-36-36 dnů potvrzená kontrolou zdravotních záznamů. Pokud jsou snahy o získání lékařských záznamů neúspěšné, bude způsobilost záviset na událostech souvisejících s předchozím porodem a porodní váze pod 2 kg; Zdokumentované zkrácení děložního čípku <2,5 cm transvaginálním ultrazvukem provedeným zkušeným sonografem v gestačním věku <24 týdnů; Dokumentovaná a kultivačně prokázaná komplikovaná infekce dolních nebo horních močových cest definovaná jako infekce močových cest vyžadující hospitalizaci (např. pyelonefritida); Zdokumentované onemocnění parodontu, léčené nebo neléčené; Dokumentovaná recidivující infekce dolních genitálií; kouření nebo jiná chemická závislost, která by vedla ke zvýšenému riziku předčasného porodu; Další klinická obava z vysokého rizika předčasného porodu (a potvrzená PI Dr. Aagaardem z BCM nebo Dr. Saadeem z UTMB)
- Zápis v době méně než nebo rovné 20. týdnu těhotenství podle nejlepšího porodnického odhadu
- Schopnost mluvit anglicky nebo pracovat s tlumočníkem
- Kognitivně uvědomělý natolik, aby se mohl zúčastnit studie
- Gravidae s životaschopnou březostí >10 týdnů gestačního věku
- Ochota souhlasit se všemi požadovanými aspekty protokolu – Budou existovat další nepovinné aspekty, kterých se bude účastnit 20 % subjektů. Tyto aspekty budou dobrovolné
- 16 let nebo starší
Kritéria vyloučení:
- Multifetální gestace kdykoli během těhotenství
- Známá infekce HIV nebo hepatitidy C
- Známé imunosupresivní onemocnění
- Užívání některého z následujících léků během posledních 6 měsíců; cytokiny; Methotrexát nebo imunosupresivní cytotoxická činidla
- Rakovina v anamnéze s výjimkou spinocelulárního nebo bazaliomu kůže nebo rakoviny štítné žlázy, které byly zvládnuty a plně léčeny.
- Velká operace GI traktu (včetně bypassu žaludku), s výjimkou cholecystektomie a apendektomie v posledních pěti letech. Jakákoli větší resekce střeva kdykoli. Pokud během účasti ve studii nastanou podmínky, které takové operace vyžadují, nebudou subjekty po zápisu vyloučeny. Pokud pacient po zařazení do studie vyvine potřebu takové operace, nebude vyloučen.
- Dokumentované chronické GI poruchy, (např. Crohnova choroba)
- Chronické stavy s GI příznaky (např. cystická fibróza)
- Porucha autistického spektra nebo významné opoždění vývoje, psychóza, velká depresivní porucha nebo bipolární porucha v anamnéze, pokud existuje obava ze schopnosti souhlasit
- Léčba nebo podezření, že jste někdy měli syndrom toxického šoku.
- Fatální anomálie plodu. Vyloučí se po registraci, pokud nebyl dříve identifikován
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Charakterizace mateřsko-fetálního mikrobiomu
Časové okno: Početí do 4-6 týdnů po porodu
|
Podélně charakterizujte mateřský, placentární a kojenecký mikrobiom v kohortě ohrožené předčasným porodem.
Ne všechny ženy nakonec porodí předčasně; budeme moci zjistit, zda existují změny mikrobiomu spojené s předčasným porodem.
|
Početí do 4-6 týdnů po porodu
|
|
Asociace mateřského mikrobiomu (střevní, orální, vaginální, placenta) s předčasným porodem
Časové okno: Početí do 4-6 týdnů po porodu
|
Podélně charakterizujte mateřský, placentární a kojenecký mikrobiom v kohortě ohrožené předčasným porodem.
Ne všechny ženy nakonec porodí předčasně; budeme moci zjistit, zda existují změny mikrobiomu spojené s předčasným porodem.
|
Početí do 4-6 týdnů po porodu
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Míra předčasných porodů
Časové okno: Koncepce k datu porodu <37 týdnů
|
Změřte míru předčasného porodu <37 a <34 týdnů gestace, jak je definováno nejlepším porodnickým odhadem poslední menstruace v souladu se sonogramem <24 týdnů, NEBO <24 týdnů sonogramem s neznámou poslední menstruací, NEBO odborným vyšetřením a sonogramem <24 týdnů
|
Koncepce k datu porodu <37 týdnů
|
|
Míra porodnosti v termínu
Časové okno: Koncepce k datu dodání
|
Změřte míru porodu v termínu, jak je definováno nejlepším porodnickým odhadem poslední menstruace v souladu se sonogramem <24 týdnů, NEBO sonogramem <24 týdnů s neznámou poslední menstruací, NEBO odborným vyšetřením a sonogramem <24 týdnů
|
Koncepce k datu dodání
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Sponzor
Spolupracovníci
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: Kjersti Aagaard, MD/PhD, Associate Professor / Vice Chair for Research
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
Primární dokončení (Očekávaný)
Dokončení studie (Očekávaný)
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (Odhad)
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Odhad)
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- H-34056
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .
Klinické studie na Předčasný porod
-
Ain Shams UniversityDokončenoRole of Oral Care in Mechanically Ventilated Preterm InfantsEgypt