Microbioma e Multi'Omics nella nascita pretermine: lo studio sui batteri e sulla nascita (BaBs)
Microbioma e Multi'Omics nella nascita pretermine: lo studio sui batteri e sulla nascita (BaBs)
Gli ominidi e gli ominidi fungono da ospiti straordinari per i microbi e negli ultimi 4,5 milioni di anni ci siamo coevoluti come comunità altamente pletoriche. I microrganismi associati all'uomo (il "microbioma") sono presenti in numero superiore alle quantità di cellule umane di almeno 10 volte a partire dal periodo neonatale. Il genoma collettivo (il "metagenoma") supera il nostro genoma umano in termini di contenuto genetico di oltre 150 volte. Per quanto riguarda il microbiota e la nascita pretermine, si è generalmente ipotizzato che la maggior parte delle infezioni intrauterine abbia origine nel tratto genitale inferiore, con il microbiota che risale nell'ambiente intrauterino altrimenti sterile per infettare la placenta (nascita pretermine), le membrane fetali (corioamnionite), l'ombelicale cordone (funisitis) e il feto (sepsi). Tuttavia, noi e altri abbiamo recentemente dimostrato che le comunità del microbioma vaginale e intestinale sono strutturate distintamente durante la gravidanza e la placenta in realtà non è sterile, ma ospita piuttosto un microbioma a bassa abbondanza che è probabilmente acquisito attraverso la trasmissione ematogena del microbioma orale.
Sulla base dei nostri studi precedenti e dei dati preliminari, la nostra ipotesi centrale è che un microbioma residente distinto e ampiamente commensale in gravidanza renda il rischio di parto pretermine. Utilizzando la nostra tecnologia all'avanguardia e gli strumenti di analisi in una coorte di casi longitudinali di soggetti con parto pretermine, saremo in grado di trasformare la metagenomica e la scienza multiomica "basate sulla scoperta" in studi meccanicistici facilmente traducibili a un livello mai raggiunto prima livello.
Panoramica dello studio
Stato
Condizioni
Descrizione dettagliata
Obiettivo specifico 1. La profilazione metagenomica longitudinale materna (vaginale, orale, cutanea, intestinale), fetale (orale, cutanea, intestinale) e placentare (piastra basale e parenchima) basata sul 16S con metagenomica dedotta rivelerà comunità microbiche distinte in associazione con la nascita pretermine . Metodi: Arruolaremo 526 gravidi a rischio per ottenere un numero approssimativo di 135 nascite pretermine con 401 controlli a termine a rischio. A partire dal primo/inizio del secondo trimestre, campioneremo più siti corporei (vagina, bocca, feci, placenta) in più punti temporali (antenatale fino al parto), isoleremo il DNA microbico ed eseguiremo la determinazione basata sul 16S delle comunità microbiche specifiche di nicchia trovato in associazione con la nascita pretermine. Con il nostro disegno longitudinale di coorte di casi, saremo in grado di applicare i nostri approcci di apprendimento supervisionato ben sviluppati per rivelare quali taxa contribuiscono al rischio di parto pretermine e in quali siti corporei ed età gestazionali sono predittivi di parto pretermine.
Obiettivo specifico 2. La metagenomica dell'intero genoma (WGS) da soggetti e siti corporei selezionati consentirà l'identificazione delle specie, la generazione di cataloghi di geni microbici e ricostruzioni metaboliche per determinare la struttura, la funzione e la diversità del microbioma della nascita pretermine. Metodi: per sondare la funzionalità metabolica e descrivere i meccanismi correlati ai patogeni, analizzeremo i cambiamenti nel contenuto genico totale utilizzando la metagenomica del fucile su un sottoinsieme di campioni. Costruiremo le nostre pipeline computazionali funzionali per caratterizzare completamente le firme metagenomiche dei soggetti mirati.
Obiettivo specifico 3. I dati integrati di genomica, metatrascrittomica e metabonomica dell'ospite riveleranno i meccanismi molecolari e le reti alla base della nascita pretermine in un sottoinsieme limitato di campioni. Metodi: Interrogheremo e integreremo i nostri metadati clinici acquisiti in concomitanza, i dati di espressione genica microbica e dell'ospite (metatrascrittomica RNA-Seq) e la profilazione metabonomica con approcci computazionali e biostatistici avanzati. Saremo guidati nella nostra scelta dei soggetti dai nostri dati degli Obiettivi 1 e 2.
Tipo di studio
Iscrizione (Anticipato)
Contatti e Sedi
Luoghi di studio
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Texas
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Houston, Texas, Stati Uniti, 77030
- Baylor College of Medicine
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Criteri di partecipazione
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
Accetta volontari sani
Metodo di campionamento
Popolazione di studio
Descrizione
Criterio di inclusione:
- Gravidae a rischio di parto pretermine, definito come: Storia di precedente parto pretermine spontaneo all'età gestazionale 16w0d-36w6d confermata dalla revisione delle cartelle cliniche. Se gli sforzi per recuperare le cartelle cliniche non hanno successo, l'ammissibilità dipenderà dagli eventi relativi alla nascita precedente e al peso alla nascita inferiore a 2 kg; Cervice accorciato documentato <2,5 cm mediante ecografia transvaginale eseguita da ecografista esperto a <24 settimane di età gestazionale; Infezione complicata del tratto urinario inferiore o superiore documentata e dimostrata mediante coltura, definita come infezione del tratto urinario che richiede il ricovero in ospedale (ad es. Pielonefrite); Malattia parodontale documentata, trattata o non trattata; Infezione genitale inferiore ricorrente documentata; Fumo o altra dipendenza chimica che comporterebbe un aumento del rischio di parto pretermine; Altre preoccupazioni cliniche per l'alto rischio di parto pretermine (e chiarite dal PI Dr. Aagaard al BCM o dal Dr. Saade all'UTMB)
- Iscrizione a gestazione inferiore o uguale a 20 settimane secondo la migliore stima ostetrica
- In grado di parlare inglese o lavorare con un interprete
- Abbastanza cognitivamente consapevole da poter partecipare allo studio
- Gravidae con gravidanza vitale > 10 settimane di età gestazionale
- Disponibilità ad acconsentire a tutti gli aspetti richiesti del protocollo - Ci saranno ulteriori aspetti non richiesti a cui recluteremo il 20% dei soggetti per partecipare. Questi saranno aspetti di opt-in volontari
- 16 anni o più
Criteri di esclusione:
- Gestazione multifetale in qualsiasi momento durante la gravidanza
- Infezione nota da HIV o epatite C
- Malattia immunosoppressiva nota
- Uso di uno qualsiasi dei seguenti farmaci negli ultimi 6 mesi; Citochine; Metotrexato o agenti citotossici immunosoppressivi
- Storia di cancro ad eccezione dei carcinomi a cellule squamose o basocellulari della pelle o del cancro alla tiroide che sono stati gestiti e completamente trattati.
- Chirurgia maggiore del tratto gastrointestinale (compreso il bypass gastrico), con l'eccezione di colecistectomia e appendicectomia negli ultimi cinque anni. Qualsiasi resezione intestinale importante in qualsiasi momento. Se si verificano condizioni che richiedono tali interventi chirurgici durante la partecipazione allo studio, i soggetti non saranno esclusi dopo l'arruolamento. Se il paziente sviluppa la necessità di tale intervento chirurgico dopo l'arruolamento, non sarà escluso.
- Disturbi gastrointestinali cronici documentati (ad es. morbo di Crohn)
- Condizioni croniche con sintomi gastrointestinali (ad es. fibrosi cistica)
- Disturbo dello spettro autistico o significativo ritardo dello sviluppo, psicosi, disturbo depressivo maggiore o una storia di disturbo bipolare se vi è preoccupazione per la capacità di acconsentire
- Trattamento o sospetto di aver mai avuto la sindrome da shock tossico.
- Anomalia fatale del feto. Verrà escluso dopo l'immatricolazione se non precedentemente identificato
Piano di studio
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
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Caratterizzazione del microbioma materno-fetale
Lasso di tempo: Concezione a 4-6 settimane dopo il parto
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Caratterizzare longitudinalmente il microbioma materno, placentare e infantile in una coorte a rischio di parto pretermine.
Non tutte le donne alla fine partoriranno pretermine; saremo in grado di vedere se ci sono cambiamenti nel microbioma associati alla nascita pretermine.
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Concezione a 4-6 settimane dopo il parto
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Associazione del microbioma materno (intestino, orale, vaginale, placenta) con parto pretermine
Lasso di tempo: Concezione a 4-6 settimane dopo il parto
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Caratterizzare longitudinalmente il microbioma materno, placentare e infantile in una coorte a rischio di parto pretermine.
Non tutte le donne alla fine partoriranno pretermine; saremo in grado di vedere se ci sono cambiamenti nel microbioma associati alla nascita pretermine.
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Concezione a 4-6 settimane dopo il parto
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Misure di risultato secondarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
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Tasso di nascita pretermine
Lasso di tempo: Concepimento fino alla data del parto, <37 settimane
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Misurare il tasso di parto pretermine <37 e <34 settimane di gestazione, come definito dalla migliore stima ostetrica dell'ultimo periodo mestruale coerente con l'ecografia <24 settimane, OPPURE <24 settimane l'ecografia con ultimo periodo mestruale sconosciuto, OPPURE esame qualificato e <24 settimane l'ecografia
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Concepimento fino alla data del parto, <37 settimane
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Tasso di nascita a termine
Lasso di tempo: Concepimento fino alla data di consegna
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Misurare il tasso di parto a termine, come definito dalla migliore stima ostetrica dell'ultimo periodo mestruale coerente con ecografia <24 settimane, OPPURE ecografia <24 settimane con ultimo periodo mestruale sconosciuto, OPPURE esame qualificato e ecografia <24 settimane
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Concepimento fino alla data di consegna
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Collaboratori e investigatori
Sponsor
Collaboratori
Investigatori
- Investigatore principale: Kjersti Aagaard, MD/PhD, Associate Professor / Vice Chair for Research
Studiare le date dei record
Studia le date principali
Inizio studio (Effettivo)
Completamento primario (Anticipato)
Completamento dello studio (Anticipato)
Date di iscrizione allo studio
Primo inviato
Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità
Primo Inserito (Stima)
Aggiornamenti dei record di studio
Ultimo aggiornamento pubblicato (Stima)
Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC
Ultimo verificato
Maggiori informazioni
Termini relativi a questo studio
Termini MeSH pertinenti aggiuntivi
Altri numeri di identificazione dello studio
- H-34056
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