Microbioma y Multi'Omics en el parto prematuro: el estudio de las bacterias y el nacimiento (BaBs)
Microbioma y Multi'Omics en el parto prematuro: el estudio de bacterias y nacimientos (BaBs)
Los homínidos y los homínidos sirven como anfitriones notables de los microbios, y hemos coevolucionado durante los últimos 4,5 millones de años como comunidades altamente pletóricas. Los microorganismos asociados con humanos (el "microbioma") están presentes en números que exceden las cantidades de células humanas en al menos 10 veces a partir del período neonatal. El genoma colectivo (el "metagenoma") supera nuestro genoma humano en términos de contenido genético en más de 150 veces. Con respecto a la microbiota y el parto prematuro, en general se ha asumido que la mayoría de las infecciones intrauterinas se originan en el tracto genital inferior, con microbiota ascendiendo al ambiente intrauterino estéril para infectar la placenta (parto prematuro), las membranas fetales (corioamnionitis), el cordón umbilical cordón (funisitis), y el feto (sepsis). Sin embargo, nosotros y otros hemos demostrado recientemente que las comunidades de microbiomas vaginales e intestinales están claramente estructuradas durante el embarazo y, de hecho, la placenta no es estéril, sino que alberga un microbioma de baja abundancia que probablemente se adquiere a través de la transmisión hematógena del microbioma oral.
Con base en nuestros estudios previos y datos preliminares, nuestra hipótesis central es que un microbioma residente distinto y en gran parte comensal en el embarazo genera riesgo de parto prematuro. Al utilizar nuestra tecnología de vanguardia y herramientas de análisis en una cohorte de casos longitudinales de sujetos con partos prematuros, podremos transformar la metagenómica "basada en el descubrimiento" y la ciencia multiómica en estudios mecanicistas fácilmente traducibles en un nivel sin precedentes. nivel.
Descripción general del estudio
Estado
Condiciones
Descripción detallada
Objetivo específico 1. El perfil metagenómico longitudinal materno (vaginal, oral, piel, intestino), fetal (oral, piel, intestino) y placentario (placa basal y parénquima) basado en 16S con metagenómica inferida revelará distintas comunidades microbianas en asociación con el parto prematuro . Métodos: Inscribiremos a 526 grávidas en riesgo para producir aproximadamente 135 nacimientos prematuros con 401 controles a término en riesgo. Comenzando en el primer trimestre o principios del segundo, tomaremos muestras de múltiples sitios del cuerpo (vagina, boca, heces, placenta) en múltiples puntos de tiempo (desde la etapa prenatal hasta el parto), aislaremos el ADN microbiano y realizaremos una determinación basada en 16S de comunidades microbianas específicas de nicho. encontrado en asociación con el parto prematuro. Con nuestro diseño longitudinal de casos y cohortes, podremos aplicar nuestros enfoques de aprendizaje supervisado bien desarrollados para revelar qué taxones contribuyen al riesgo de parto prematuro y en qué sitios del cuerpo y edades gestacionales son predictivos de parto prematuro.
Objetivo específico 2. La metagenómica de escopeta de genoma completo (WGS) de sujetos y sitios corporales seleccionados permitirá la identificación de especies, la generación de catálogos de genes microbianos y las reconstrucciones metabólicas para determinar la estructura, la función y la diversidad del microbioma del parto prematuro. Métodos: para probar la funcionalidad metabólica y describir los mecanismos relacionados con los patógenos, analizaremos los cambios en el contenido génico total utilizando metagenómica de escopeta en un subconjunto de muestras. Nos basaremos en nuestras canalizaciones computacionales funcionales para caracterizar completamente las firmas metagenómicas de los sujetos objetivo.
Objetivo específico 3. Los datos integrados de genómica, metatranscriptómica y metabonómica del huésped revelarán los mecanismos moleculares y las redes subyacentes al nacimiento prematuro en un subconjunto limitado de muestras. Métodos: Interrogaremos e integraremos nuestros metadatos clínicos adquiridos concomitantemente, los datos de expresión génica microbiana y del huésped (metatranscriptómica de RNA-Seq) y la elaboración de perfiles metabonómicos con enfoques computacionales y bioestadísticos avanzados. Nos guiaremos en nuestra elección de temas por nuestros datos de los Objetivos 1 y 2.
Tipo de estudio
Inscripción (Anticipado)
Contactos y Ubicaciones
Ubicaciones de estudio
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Texas
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Houston, Texas, Estados Unidos, 77030
- Baylor College of Medicine
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
Acepta Voluntarios Saludables
Método de muestreo
Población de estudio
Descripción
Criterios de inclusión:
- Embarazadas en riesgo de parto prematuro, definidas como: Antecedentes de parto prematuro espontáneo previo entre 16 y 36 días de edad gestacional confirmados por revisión de registros médicos. Si los esfuerzos para recuperar los registros médicos no tienen éxito, la elegibilidad dependerá de los eventos relacionados con el nacimiento anterior y el peso al nacer inferior a 2 kg; Cuello uterino acortado <2,5 cm documentado mediante ecografía transvaginal realizada por un ecografista experimentado a <24 semanas de edad gestacional; Infección complicada del tracto urinario superior o inferior documentada y comprobada por cultivo, definida como una infección del tracto urinario que requiere hospitalización (p. ej., pielonefritis); Enfermedad periodontal documentada, tratada o no tratada; Infección genital inferior recurrente documentada; Fumar u otra dependencia química que conllevaría un mayor riesgo de parto prematuro; Otra preocupación clínica por alto riesgo de parto prematuro (y aprobada por PI Dr. Aagaard en BCM o Dr. Saade en UTMB)
- Inscripción con menos o igual a 20 semanas de gestación según la mejor estimación obstétrica
- Capaz de hablar inglés o trabajar con un intérprete
- Cognitivamente lo suficientemente consciente como para poder participar en el estudio.
- Gravidae con embarazo viable > 10 semanas de edad gestacional
- Voluntad de dar su consentimiento a todos los aspectos requeridos del protocolo: habrá aspectos adicionales no requeridos en los que reclutaremos al 20% de los sujetos para que participen. Estos serán aspectos de participación voluntaria.
- 16 años de edad o más
Criterio de exclusión:
- Gestación multifetal en cualquier momento del embarazo
- Infección conocida por VIH o hepatitis C
- Enfermedad inmunosupresora conocida
- Uso de cualquiera de los siguientes medicamentos en los últimos 6 meses; citoquinas; Metotrexato o agentes citotóxicos inmunosupresores
- Antecedentes de cáncer, excepto carcinomas de células escamosas o basocelulares de la piel o cáncer de tiroides que hayan sido controlados y tratados por completo.
- Cirugía mayor del tracto GI (incluido el bypass gástrico), con la excepción de colecistectomía y apendicectomía en los últimos cinco años. Cualquier resección intestinal importante en cualquier momento. Si surgen condiciones que requieren tales cirugías durante la participación en el estudio, los sujetos no serán excluidos después de la inscripción. Si el paciente desarrolla la necesidad de dicha cirugía después de la inscripción, no será excluido.
- Trastornos gastrointestinales crónicos documentados (p. ej., enfermedad de Crohn)
- Afecciones crónicas con síntomas gastrointestinales (p. fibrosis quística)
- Trastorno del espectro autista o retraso significativo en el desarrollo, psicosis, trastorno depresivo mayor o antecedentes de trastorno bipolar si existe preocupación sobre la capacidad de dar su consentimiento
- Tratamiento o sospecha de haber tenido síndrome de shock tóxico alguna vez.
- Anomalía fetal fatal. Excluirá después de la inscripción si no se identificó previamente
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Caracterización del microbioma materno-fetal
Periodo de tiempo: Concepción a 4-6 semanas posparto
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Caracterice longitudinalmente el microbioma materno, placentario e infantil en una cohorte con riesgo de parto prematuro.
No todas las mujeres finalmente tendrán un parto prematuro; podremos ver si hay cambios en el microbioma asociados con el parto prematuro.
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Concepción a 4-6 semanas posparto
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Asociación del microbioma materno (intestino, oral, vaginal, placentario) con parto prematuro
Periodo de tiempo: Concepción a 4-6 semanas posparto
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Caracterice longitudinalmente el microbioma materno, placentario e infantil en una cohorte con riesgo de parto prematuro.
No todas las mujeres finalmente tendrán un parto prematuro; podremos ver si hay cambios en el microbioma asociados con el parto prematuro.
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Concepción a 4-6 semanas posparto
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Tasa de parto prematuro
Periodo de tiempo: Concepción a la fecha de la fecha de parto, <37 semanas
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Mida la tasa de nacimientos prematuros <37 y <34 semanas de gestación, según lo definido por la mejor estimación obstétrica del último período menstrual consistente con ecografía <24 semanas, O ecografía <24 semanas con último período menstrual desconocido, O examen especializado y ecografía <24 semanas
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Concepción a la fecha de la fecha de parto, <37 semanas
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Tasa de Nacimiento a Término
Periodo de tiempo: Concepción hasta la fecha de la fecha de entrega
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Mida la tasa de nacimientos a término, según lo definido por la mejor estimación obstétrica del último período menstrual consistente con una ecografía de <24 semanas, O una ecografía de <24 semanas con un último período menstrual desconocido, O un examen especializado y una ecografía de <24 semanas
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Concepción hasta la fecha de la fecha de entrega
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Colaboradores
Investigadores
- Investigador principal: Kjersti Aagaard, MD/PhD, Associate Professor / Vice Chair for Research
Fechas de registro del estudio
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
Finalización primaria (Anticipado)
Finalización del estudio (Anticipado)
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
Publicado por primera vez (Estimar)
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Estimar)
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
Última verificación
Más información
Términos relacionados con este estudio
Términos MeSH relevantes adicionales
Otros números de identificación del estudio
- H-34056
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