Mikrobiom i multi'omika w porodach przedwczesnych: badanie bakterii i porodów (BaBs)
Mikrobiom i multi'omika w porodach przedwczesnych: badanie bakterii i porodów (BaBs)
Hominidy i hominidy służą jako niezwykli gospodarze dla drobnoustrojów, a my współewoluowaliśmy przez ostatnie 4,5 miliona lat jako bardzo obfite społeczności. Począwszy od okresu noworodkowego mikroorganizmy związane z człowiekiem („mikrobiom”) są obecne w liczbie co najmniej 10-krotnie przekraczającej liczbę ludzkich komórek. Zbiorowy genom („metagenom”) przewyższa nasz ludzki genom pod względem zawartości genów ponad 150-krotnie. W odniesieniu do mikrobiomu i porodu przedwczesnego ogólnie przyjmuje się, że większość zakażeń wewnątrzmacicznych ma swoje źródło w dolnych drogach rodnych, przy czym mikrobiom przedostaje się do skądinąd sterylnego środowiska wewnątrzmacicznego, infekując łożysko (poród przedwczesny), błony płodowe (zapalenie błon płodowych), pępowinę pępowiny (zapalenie grzyba) i płodu (posocznica). Jednak my i inni wykazaliśmy ostatnio, że zbiorowiska mikrobiomu pochwy i jelit są wyraźnie zbudowane w czasie ciąży, a łożysko w rzeczywistości nie jest sterylne, ale raczej zawiera mikrobiom o niskiej liczebności, który prawdopodobnie jest nabywany przez hematogenne przenoszenie mikrobiomu jamy ustnej.
Opierając się na naszych wcześniejszych badaniach i wstępnych danych, naszą główną hipotezą jest to, że odrębny i w dużej mierze komensalny mikrobiom rezydentny w czasie ciąży stwarza ryzyko przedwczesnego porodu. Wykorzystując naszą najnowocześniejszą technologię i narzędzia analityczne w podłużnej kohorcie przypadków przedwczesnych porodów, będziemy w stanie przekształcić „opartą na odkryciach” metagenomikę i multiomikę w łatwe do przetłumaczenia badania mechanistyczne na niespotykanym wcześniej poziomie poziom.
Przegląd badań
Status
Warunki
Szczegółowy opis
Cel szczegółowy 1. Podłużne profilowanie metagenomiczne matki (pochwa, jama ustna, skóra, jelita), płodu (jama ustna, skóra, jelita) i łożyska (płytka podstawna i miąższ) oparte na 16S z wywnioskowaną metagenomiką ujawni odrębne społeczności drobnoustrojów w związku z porodem przedwczesnym . Metody: Zarejestrujemy 526 zagrożonych ciężarnych, aby uzyskać około 135 porodów przedwczesnych z 401 zagrożonymi terminowymi kontrolami. Począwszy od pierwszego/początku drugiego trymestru, będziemy pobierać próbki z wielu miejsc ciała (pochwa, jama ustna, stolec, łożysko) w wielu punktach czasowych (przed porodem do porodu), izolować DNA drobnoustrojów i przeprowadzać oparte na 16S oznaczanie społeczności drobnoustrojów specyficznych dla niszy znaleziono w związku z porodem przedwczesnym. Dzięki naszemu projektowi podłużnemu kohorty przypadków będziemy w stanie zastosować nasze dobrze rozwinięte metody nadzorowanego uczenia się, aby ujawnić, które taksony przyczyniają się do ryzyka porodu przedwczesnego oraz w jakich miejscach ciała i wieku ciążowym przewidują poród przedwczesny.
Cel szczegółowy 2. Metagenomika strzelby całego genomu (WGS) z wybranych osobników i miejsc ciała umożliwi identyfikację gatunków, generowanie katalogów genów drobnoustrojów i rekonstrukcje metaboliczne w celu określenia struktury, funkcji i różnorodności mikrobiomu porodu przedwczesnego. Metody: Aby zbadać funkcjonalność metaboliczną i opisać mechanizmy związane z patogenami, przeanalizujemy zmiany w całkowitej zawartości genów za pomocą metagenomiki strzelby na podzbiorze próbek. Będziemy opierać się na naszych funkcjonalnych potokach obliczeniowych, aby w pełni scharakteryzować sygnatury metagenomiczne docelowych podmiotów.
Cel szczegółowy 3. Zintegrowane dane dotyczące genomiki gospodarza, metatranskryptomiki i metabonomiki ujawnią mechanizmy i sieci molekularne leżące u podstaw przedwczesnego porodu w ograniczonej grupie próbek. Metody: Przeanalizujemy i zintegrujemy nasze jednocześnie uzyskane metadane kliniczne, dane dotyczące ekspresji genów drobnoustrojów i gospodarzy (metatranskryptomika RNA-Seq) oraz profilowanie metabonomiczne z zaawansowanymi metodami obliczeniowymi i biostatystycznymi. W wyborze tematów będziemy kierować się naszymi danymi z Celów 1 i 2.
Typ studiów
Zapisy (Oczekiwany)
Kontakty i lokalizacje
Lokalizacje studiów
-
-
Texas
-
Houston, Texas, Stany Zjednoczone, 77030
- Baylor College of Medicine
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
Akceptuje zdrowych ochotników
Metoda próbkowania
Badana populacja
Opis
Kryteria przyjęcia:
- Gravidae zagrożone porodem przedwczesnym, zdefiniowane jako: Historia wcześniejszych spontanicznych porodów przedwczesnych w wieku ciążowym 16t0d-36t6d potwierdzona przeglądem dokumentacji medycznej. Jeśli próby odzyskania dokumentacji medycznej zakończą się niepowodzeniem, kwalifikowalność będzie zależała od wydarzeń związanych z poprzednim urodzeniem i masą urodzeniową poniżej 2 kg; Udokumentowane skrócenie szyjki macicy <2,5 cm w badaniu ultrasonograficznym przezpochwowym wykonanym przez doświadczonego ultrasonografa w wieku ciążowym <24 tygodni; Udokumentowane i potwierdzone posiewem powikłane zakażenie dolnych lub górnych dróg moczowych, zdefiniowane jako zakażenie dróg moczowych wymagające hospitalizacji (np. odmiedniczkowe zapalenie nerek); Udokumentowana choroba przyzębia, leczona lub nieleczona; Udokumentowana nawracająca infekcja dolnych narządów płciowych; Palenie lub inne uzależnienia chemiczne, które niosą ze sobą zwiększone ryzyko przedwczesnego porodu; Inne obawy kliniczne dotyczące wysokiego ryzyka porodu przedwczesnego (i zatwierdzone przez PI dr Aagaarda z BCM lub dr Saade'a z UTMB)
- Rejestracja w ciąży mniejszej lub równej 20 tygodniom według najlepszego oszacowania położniczego
- Znajomość języka angielskiego lub praca z tłumaczem
- Wystarczająco świadomy poznawczo, aby móc uczestniczyć w badaniu
- Gravidae z żywotną ciążą >10 tygodni wieku ciążowego
- Gotowość do wyrażenia zgody na wszystkie wymagane aspekty protokołu - Pojawią się dodatkowe niewymagane aspekty, w których zrekrutujemy 20% badanych. Będą to aspekty dobrowolnej zgody
- 16 lat lub więcej
Kryteria wyłączenia:
- Ciąża wielopłodowa w dowolnym momencie ciąży
- Znane zakażenie wirusem HIV lub zapaleniem wątroby typu C
- Znana choroba immunosupresyjna
- Zażywanie któregokolwiek z poniższych leków w ciągu ostatnich 6 miesięcy; Cytokiny; Metotreksat lub immunosupresyjne środki cytotoksyczne
- Historia raka, z wyjątkiem raka płaskonabłonkowego lub raka podstawnokomórkowego skóry lub raka tarczycy, które zostały opanowane i w pełni wyleczone.
- Duże operacje przewodu pokarmowego (w tym bajpas żołądka), z wyjątkiem cholecystektomii i appendektomii w ciągu ostatnich pięciu lat. Każda większa resekcja jelita w dowolnym momencie. Jeśli podczas udziału w badaniu wystąpią warunki wymagające takich operacji, uczestnicy nie zostaną wykluczeni po włączeniu. Jeśli pacjent po przyjęciu do szpitala zgłosi potrzebę takiej operacji, nie zostanie wykluczony.
- Udokumentowane przewlekłe zaburzenia żołądkowo-jelitowe (np. choroba Leśniowskiego-Crohna)
- Przewlekłe stany z objawami żołądkowo-jelitowymi (np. mukowiscydoza)
- Zaburzenie ze spektrum autyzmu lub znaczne opóźnienie rozwojowe, psychoza, duże zaburzenie depresyjne lub choroba afektywna dwubiegunowa w wywiadzie, jeśli istnieją obawy co do zdolności do wyrażenia zgody
- Leczenie lub podejrzenie wystąpienia zespołu wstrząsu toksycznego.
- Śmiertelna anomalia płodu. Zostanie wykluczony po rejestracji, jeśli nie został wcześniej zidentyfikowany
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Charakterystyka mikrobiomu matczyno-płodowego
Ramy czasowe: Poczęcie do 4-6 tygodni po porodzie
|
Scharakteryzuj wzdłużnie mikrobiom matki, łożyska i niemowlęcia w kohorcie zagrożonej porodem przedwczesnym.
Nie wszystkie kobiety ostatecznie urodzą przedwcześnie; będziemy mogli zobaczyć, czy są zmiany mikrobiomu związane z porodem przedwczesnym.
|
Poczęcie do 4-6 tygodni po porodzie
|
|
Związek mikrobiomu matki (jelita, jamy ustnej, pochwy, łożyska) z przedwczesnym porodem
Ramy czasowe: Poczęcie do 4-6 tygodni po porodzie
|
Scharakteryzuj wzdłużnie mikrobiom matki, łożyska i niemowlęcia w kohorcie zagrożonej porodem przedwczesnym.
Nie wszystkie kobiety ostatecznie urodzą przedwcześnie; będziemy mogli zobaczyć, czy są zmiany mikrobiomu związane z porodem przedwczesnym.
|
Poczęcie do 4-6 tygodni po porodzie
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Wskaźnik porodów przedwczesnych
Ramy czasowe: Od poczęcia do daty porodu, <37 tygodni
|
Zmierzyć odsetek porodów przedwczesnych <37 i <34 tygodnia ciąży, zgodnie z najlepszą oceną położniczą ostatniej miesiączki zgodnie z sonogramem <24 tygodnia, LUB USG <24 tygodnia z nieznaną ostatnią miesiączką, LUB specjalistycznym badaniem i ultrasonografem <24 tygodnia
|
Od poczęcia do daty porodu, <37 tygodni
|
|
Wskaźnik urodzeń w terminie
Ramy czasowe: Od poczęcia do daty porodu
|
Zmierzyć częstość porodów donoszonych, zgodnie z najlepszą położniczą oceną ostatniej miesiączki zgodnie z sonogramem <24 tygodnia LUB USG <24 tygodnia z nieznaną ostatnią miesiączką LUB specjalistycznym badaniem i USG <24 tygodnia
|
Od poczęcia do daty porodu
|
Współpracownicy i badacze
Sponsor
Współpracownicy
Śledczy
- Główny śledczy: Kjersti Aagaard, MD/PhD, Associate Professor / Vice Chair for Research
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe (Oczekiwany)
Ukończenie studiów (Oczekiwany)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Oszacować)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Oszacować)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- H-34056
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .