Microbiome Et Multi'Omics Dans L'Accouchement Préterme: L'étude Des Bactéries Et De La Naissance (BaBs)
Microbiome et multi'omique dans l'accouchement prématuré : l'étude sur les bactéries et la naissance (BaBs)
Les hominidés et les hominidés sont des hôtes remarquables pour les microbes, et nous avons co-évolué au cours des 4,5 derniers millions d'années en tant que communautés hautement pléthoriques. Les micro-organismes associés à l'homme (le « microbiome ») sont présents en nombre dépassant les quantités de cellules humaines d'au moins 10 fois à partir de la période néonatale. Le génome collectif (le « métagénome ») dépasse notre génome humain en termes de contenu génétique de plus de 150 fois. En ce qui concerne le microbiote et l'accouchement prématuré, on suppose généralement que la majorité des infections intra-utérines proviennent du tractus génital inférieur, le microbiote remontant dans l'environnement intra-utérin autrement stérile pour infecter le placenta (accouchement prématuré), les membranes fœtales (chorioamniotite), le cordon ombilical cordon (funisite) et le fœtus (septicémie). Cependant, nous et d'autres avons récemment démontré que les communautés de microbiome vaginal et intestinal sont distinctement structurées pendant la grossesse, et que le placenta n'est en fait pas stérile, mais abrite plutôt un microbiome à faible abondance qui est probablement acquis par transmission hématogène du microbiome oral.
Sur la base de nos études antérieures et de nos données préliminaires, notre hypothèse centrale est qu'un microbiome résident distinct et largement commensal pendant la grossesse présente un risque d'accouchement prématuré. En utilisant notre technologie de pointe et nos outils d'analyse dans une cohorte de cas longitudinale de sujets de naissance prématurée, nous serons en mesure de transformer la science métagénomique et multi'omique « basée sur la découverte » en études mécanistes facilement traduisibles à un niveau jusqu'alors inégalé. niveau.
Aperçu de l'étude
Statut
Les conditions
Description détaillée
Objectif spécifique 1. Le profilage métagénomique longitudinal maternel (vaginal, oral, cutané, intestinal), fœtal (oral, cutané, intestinal) et placentaire (plaque basale et parenchyme) basé sur le 16S avec métagénomique déduite révélera des communautés microbiennes distinctes en association avec la naissance prématurée . Méthodes : Nous recruterons 526 gravidés à risque pour obtenir environ 135 naissances prématurées avec 401 témoins à terme à risque. À partir du premier / début du deuxième trimestre, nous échantillonnerons plusieurs sites corporels (vagin, oral, selles, placenta) à plusieurs moments (prénatal jusqu'à l'accouchement), isolerons l'ADN microbien et effectuerons une détermination basée sur 16S des communautés microbiennes spécifiques à une niche trouvé en association avec une naissance prématurée. Grâce à notre conception longitudinale de cas-cohorte, nous pourrons appliquer nos approches d'apprentissage supervisé bien développées pour révéler quels taxons contribuent au risque d'accouchement prématuré, et à quels sites corporels et âges gestationnels ils sont prédictifs d'accouchement prématuré.
Objectif spécifique 2. La métagénomique du fusil de chasse du génome entier (WGS) de sujets et de sites corporels sélectionnés permettra l'identification des espèces, la génération de catalogues de gènes microbiens et les reconstructions métaboliques pour déterminer la structure, la fonction et la diversité du microbiome de la naissance prématurée. Méthodes : Pour sonder la fonctionnalité métabolique et décrire les mécanismes liés aux agents pathogènes, nous analyserons les changements dans le contenu total des gènes à l'aide de la métagénomique shotgun sur un sous-ensemble d'échantillons. Nous nous appuierons sur nos pipelines informatiques fonctionnels pour caractériser pleinement les signatures métagénomiques des sujets ciblés.
Objectif spécifique 3. Les données intégrées de génomique, métatranscriptomique et métabonomique de l'hôte révéleront les mécanismes moléculaires et les réseaux sous-jacents à la naissance prématurée dans un sous-ensemble limité d'échantillons. Méthodes : Nous interrogerons et intégrerons nos métadonnées cliniques acquises simultanément, les données d'expression des gènes microbiens et hôtes (métatranscriptomique RNA-Seq) et le profilage métabonomique avec des approches informatiques et biostatistiques avancées. Nous serons guidés dans notre choix de sujets par nos données des objectifs 1 et 2.
Type d'étude
Inscription (Anticipé)
Contacts et emplacements
Lieux d'étude
-
-
Texas
-
Houston, Texas, États-Unis, 77030
- Baylor College of Medicine
-
-
Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
Accepte les volontaires sains
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La description
Critère d'intégration:
- Gravidés à risque d'accouchement prématuré, définis comme : Antécédents d'accouchement prématuré spontané entre 16 semaine et 36 semaine6, confirmés par l'examen des dossiers médicaux. Si les efforts pour récupérer les dossiers médicaux échouent, l'éligibilité dépendra des événements entourant la naissance précédente et du poids à la naissance inférieur à 2 kg; Col de l'utérus raccourci documenté < 2,5 cm par échographie transvaginale réalisée par un échographiste expérimenté à < 24 semaines d'âge gestationnel ; Infection urinaire inférieure ou supérieure compliquée, documentée et prouvée par culture, définie comme une infection urinaire nécessitant une hospitalisation (p. ex., pyélonéphrite) ; Maladie parodontale documentée, traitée ou non traitée ; Infection génitale inférieure récurrente documentée ; Tabagisme ou autre dépendance chimique qui entraînerait un risque accru d'accouchement prématuré ; Autre préoccupation clinique pour un risque élevé d'accouchement prématuré (et autorisé par le PI Dr Aagaard au BCM ou le Dr Saade à l'UTMB)
- Inscription à moins de ou égale à 20 semaines de gestation selon la meilleure estimation obstétricale
- Capable de parler anglais ou de travailler avec un interprète
- Assez cognitivement conscient pour pouvoir participer à l'étude
- Gravidae avec grossesse viable> 10 semaines d'âge gestationnel
- Volonté de consentir à tous les aspects requis du protocole - Il y aura des aspects supplémentaires non requis auxquels nous recruterons 20 % des sujets pour participer. Il s'agira d'aspects opt-in volontaires
- 16 ans ou plus
Critère d'exclusion:
- Gestation multifœtale à tout moment de la grossesse
- Infection connue au VIH ou à l'hépatite C
- Maladie immunosuppressive connue
- Utilisation de l'un des médicaments suivants au cours des 6 derniers mois ; Cytokines ; Méthotrexate ou agents cytotoxiques immunosuppresseurs
- Antécédents de cancer, à l'exception des carcinomes épidermoïdes ou basocellulaires de la peau ou du cancer de la thyroïde qui ont été pris en charge et entièrement traités.
- Chirurgie majeure du tractus gastro-intestinal (y compris pontage gastrique), à l'exception de la cholécystectomie et de l'appendicectomie au cours des cinq dernières années. Toute résection majeure de l'intestin à tout moment. Si des conditions nécessitant de telles chirurgies surviennent lors de la participation à l'étude, les sujets ne seront pas exclus après l'inscription. Si le patient développe le besoin d'une telle chirurgie après l'inscription, il ne sera pas exclu.
- Troubles gastro-intestinaux chroniques documentés (par exemple, la maladie de Crohn)
- Affections chroniques avec symptômes gastro-intestinaux (par ex. fibrose kystique)
- Trouble du spectre autistique ou retard de développement important, psychose, trouble dépressif majeur ou antécédents de trouble bipolaire s'il y a des inquiétudes quant à la capacité de consentir
- Traitement ou suspicion d'avoir déjà eu un syndrome de choc toxique.
- Anomalie fœtale mortelle. Exclura après l'inscription s'il n'a pas été identifié précédemment
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
|---|---|---|
|
Caractérisation du microbiome Materno-Fœtal
Délai: Conception à 4-6 semaines après l'accouchement
|
Caractériser longitudinalement le microbiome maternel, placentaire et infantile dans une cohorte à risque d'accouchement prématuré.
Toutes les femmes n'accoucheront pas avant terme; nous pourrons voir s'il y a des changements dans le microbiome associés à la naissance prématurée.
|
Conception à 4-6 semaines après l'accouchement
|
|
Association du microbiome maternel (intestin, oral, vaginal, placenta) à l'accouchement prématuré
Délai: Conception à 4-6 semaines après l'accouchement
|
Caractériser longitudinalement le microbiome maternel, placentaire et infantile dans une cohorte à risque d'accouchement prématuré.
Toutes les femmes n'accoucheront pas avant terme; nous pourrons voir s'il y a des changements dans le microbiome associés à la naissance prématurée.
|
Conception à 4-6 semaines après l'accouchement
|
Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
|---|---|---|
|
Taux de naissance prématurée
Délai: Conception à date de livraison, <37 semaines
|
Mesurer le taux d'accouchement prématuré <37 et <34 semaines de gestation, tel que défini par la meilleure estimation obstétricale de la dernière période menstruelle compatible avec une échographie <24 semaines, OU une échographie <24 semaines avec une dernière période menstruelle inconnue, OU un examen qualifié et une échographie <24 semaines
|
Conception à date de livraison, <37 semaines
|
|
Taux de naissance à terme
Délai: Conception à date de livraison
|
Mesurer le taux d'accouchement à terme, tel que défini par la meilleure estimation obstétricale de la dernière période menstruelle compatible avec une échographie <24 semaines, OU une échographie <24 semaines avec une dernière période menstruelle inconnue, OU un examen qualifié et une échographie <24 semaines
|
Conception à date de livraison
|
Collaborateurs et enquêteurs
Parrainer
Collaborateurs
Les enquêteurs
- Chercheur principal: Kjersti Aagaard, MD/PhD, Associate Professor / Vice Chair for Research
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
Achèvement primaire (Anticipé)
Achèvement de l'étude (Anticipé)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Estimation)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Estimation)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- H-34056
Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .