Микробиом и мультиомика при преждевременных родах: исследование бактерий и родов (BaBs)
Микробиом и мультиомика при преждевременных родах: исследование бактерий и родов (BaBs)
Гоминиды и гоминиды служат замечательными хозяевами для микробов, и за последние 4,5 миллиона лет мы эволюционировали вместе как очень многочисленные сообщества. Ассоциированные с человеком микроорганизмы («микробиом») присутствуют в количествах, превышающих количество клеток человека, по крайней мере, в 10 раз, начиная с неонатального периода. Коллективный геном («метагеном») превышает наш человеческий геном по содержанию генов более чем в 150 раз. Что касается микробиоты и преждевременных родов, обычно предполагается, что большинство внутриутробных инфекций возникает в нижних отделах половых путей, при этом микробиота поднимается в стерильную внутриутробную среду, чтобы заразить плаценту (преждевременные роды), плодные оболочки (хориоамнионит), пупочную пуповины (фунисит) и плода (сепсис). Тем не менее, мы и другие недавно продемонстрировали, что сообщества микробиома влагалища и кишечника отчетливо структурированы во время беременности, а плацента на самом деле не стерильна, а скорее содержит микробиом с низким содержанием, который, вероятно, приобретается в результате гематогенной передачи микробиома полости рта.
Основываясь на наших предыдущих исследованиях и предварительных данных, наша основная гипотеза состоит в том, что особый и в значительной степени комменсальный резидентный микробиом во время беременности создает риск преждевременных родов. Используя наши передовые технологии и инструменты анализа в лонгитюдной когорте пациентов с преждевременными родами, мы сможем преобразовать «основанную на открытиях» метагеномику и науку о мультиомике в легко переводимые механистические исследования с беспрецедентной ранее скоростью. уровень.
Обзор исследования
Статус
Условия
Подробное описание
Конкретная цель 1. Продольное метагеномное профилирование на основе 16S матери (вагинально, орально, кожа, кишечник), плода (орально, кожа, кишечник) и плаценты (базальная пластинка и паренхима) с предполагаемой метагеномикой выявит различные микробные сообщества, связанные с преждевременными родами. . Методы: мы зарегистрируем 526 беременных из группы риска, чтобы получить примерно 135 преждевременных родов с 401 контрольной группой из группы риска. Начиная с первого/начала второго триместра, мы возьмем образцы с нескольких участков тела (влагалище, ротовая полость, стул, плацента) в несколько моментов времени (антенатальный период до родов), выделим микробную ДНК и проведем определение микробных сообществ, специфичных для ниши, на основе 16S. обнаруживается в связи с преждевременными родами. С нашим лонгитюдным дизайном когорты случаев мы сможем применить наши хорошо разработанные подходы к обучению под наблюдением, чтобы выявить, какие таксоны способствуют риску преждевременных родов, и при каких участках тела и гестационном возрасте они предсказывают преждевременные роды.
Конкретная цель 2. Полногеномная метагеномика дробовика (WGS) от выбранных субъектов и участков тела позволит идентифицировать виды, создать каталоги микробных генов и метаболические реконструкции для определения структуры, функции и разнообразия микробиома преждевременных родов. Методы: Чтобы исследовать метаболическую функциональность и описать механизмы, связанные с патогенами, мы проанализируем изменения в общем содержании генов, используя метагеномику дробовика на подмножестве образцов. Мы будем опираться на наши функциональные вычислительные конвейеры, чтобы полностью охарактеризовать метагеномные сигнатуры целевых субъектов.
Конкретная цель 3. Интегрированные данные геномики хозяина, метатранскриптомики и метабономики позволят выявить молекулярные механизмы и сети, лежащие в основе преждевременных родов, в ограниченном подмножестве образцов. Методы: мы будем исследовать и интегрировать наши одновременно полученные клинические метаданные, данные об экспрессии микробных генов и генов-хозяев (метатранскриптомика RNA-Seq) и профилирование метабономики с передовыми вычислительными и биостатистическими подходами. При выборе предметов мы будем руководствоваться данными, полученными в целях 1 и 2.
Тип исследования
Регистрация (Ожидаемый)
Контакты и местонахождение
Места учебы
-
-
Texas
-
Houston, Texas, Соединенные Штаты, 77030
- Baylor College of Medicine
-
-
Критерии участия
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
Принимает здоровых добровольцев
Метод выборки
Исследуемая популяция
Описание
Критерии включения:
- Беременные с риском преждевременных родов, определяемый как: Предыдущие спонтанные преждевременные роды в гестационном возрасте 16 нед-36 нед, подтвержденные просмотром медицинских записей. Если попытки получить медицинские записи не увенчались успехом, право на участие будет зависеть от событий, связанных с предыдущими родами и массой тела при рождении менее 2 кг; Задокументировано укорочение шейки матки <2,5 см при трансвагинальном УЗИ, проведенном опытным сонографом на сроке беременности <24 недель; Документально подтвержденная и подтвержденная посевами осложненная инфекция нижних или верхних мочевых путей, определяемая как инфекция мочевыводящих путей, требующая госпитализации (например, пиелонефрит); Задокументированное заболевание пародонта, пролеченное или нелеченное; Документально подтвержденная рецидивирующая нижнегенитальная инфекция; Курение или другая химическая зависимость, которая может привести к повышенному риску преждевременных родов; Другая клиническая проблема, связанная с высоким риском преждевременных родов (подтверждено PI доктором Аагаардом в BCM или доктором Сааде в UTMB)
- Зачисление на сроке менее или равном 20 неделям беременности по наилучшей акушерской оценке
- Владение английским языком или работа с переводчиком
- Когнитивно осведомлены достаточно, чтобы иметь возможность участвовать в исследовании
- Беременные с жизнеспособной беременностью >10 недель гестационного возраста
- Готовность согласиться со всеми обязательными аспектами протокола. Будут дополнительные необязательные аспекты, для участия в которых мы наберем 20% субъектов. Это будут аспекты добровольного согласия
- 16 лет и старше
Критерий исключения:
- Многоплодная беременность на любом сроке беременности
- Известная инфекция ВИЧ или гепатита С
- Известное иммуносупрессивное заболевание
- Использование любого из следующих препаратов в течение последних 6 месяцев; цитокины; Метотрексат или иммуносупрессивные цитотоксические агенты
- Рак в анамнезе, за исключением плоскоклеточного или базально-клеточного рака кожи или рака щитовидной железы, которые удалось контролировать и полностью вылечить.
- Крупные операции на желудочно-кишечном тракте (включая шунтирование желудка), за исключением холецистэктомии и аппендэктомии за последние пять лет. Любая крупная резекция кишечника в любое время. Если возникнут условия, требующие таких операций во время участия в исследовании, субъекты не будут исключены после зачисления. Если у пациента появится потребность в такой операции после регистрации, он не будет исключен.
- Документированные хронические желудочно-кишечные расстройства (например, болезнь Крона)
- Хронические состояния с желудочно-кишечными симптомами (например, муковисцидоз)
- Расстройство аутистического спектра или значительная задержка развития, психоз, большое депрессивное расстройство или биполярное расстройство в анамнезе, если есть опасения по поводу способности дать согласие
- Лечение или подозрение на синдром токсического шока.
- Фатальная аномалия плода. Будет исключен после регистрации, если ранее не был идентифицирован
Учебный план
Как устроено исследование?
Детали дизайна
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Характеристика микробиома матери и плода
Временное ограничение: Зачатие до 4-6 недель после родов
|
Продольно охарактеризовать материнский, плацентарный и младенческий микробиом в когорте с риском преждевременных родов.
Не все женщины в конечном итоге рожают раньше срока; мы сможем увидеть, есть ли изменения микробиома, связанные с преждевременными родами.
|
Зачатие до 4-6 недель после родов
|
|
Связь материнского микробиома (кишечного, орального, вагинального, плацентарного) с преждевременными родами
Временное ограничение: Зачатие до 4-6 недель после родов
|
Продольно охарактеризовать материнский, плацентарный и младенческий микробиом в когорте с риском преждевременных родов.
Не все женщины в конечном итоге рожают раньше срока; мы сможем увидеть, есть ли изменения микробиома, связанные с преждевременными родами.
|
Зачатие до 4-6 недель после родов
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Частота преждевременных родов
Временное ограничение: Зачатие до даты родов, <37 недель
|
Измерьте частоту преждевременных родов <37 и <34 недель беременности, как определено наилучшей акушерской оценкой последнего менструального цикла, согласующегося с сонограммой <24 недель, ИЛИ сонограммой <24 недель с неизвестным последним менструальным периодом, ИЛИ квалифицированным обследованием и сонограммой <24 недель
|
Зачатие до даты родов, <37 недель
|
|
Уровень срочных родов
Временное ограничение: Концепция до даты поставки
|
Измерьте частоту доношенных родов, как определено наилучшей акушерской оценкой последнего менструального цикла, соответствующей сонограмме <24 недель, ИЛИ сонограмме <24 недель с неизвестным последним менструальным периодом, ИЛИ квалифицированному осмотру и сонограмме <24 недель
|
Концепция до даты поставки
|
Соавторы и исследователи
Спонсор
Следователи
- Главный следователь: Kjersti Aagaard, MD/PhD, Associate Professor / Vice Chair for Research
Даты записи исследования
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
Первичное завершение (Ожидаемый)
Завершение исследования (Ожидаемый)
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
Первый опубликованный (Оценивать)
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Оценивать)
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
Последняя проверка
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Дополнительные соответствующие термины MeSH
Другие идентификационные номера исследования
- H-34056
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .