Microbioma e Multi'Omics no parto prematuro: as bactérias e o estudo do nascimento (BaBs)
Microbioma e Multi'Omics no parto prematuro: as bactérias e o estudo do nascimento (BaBs)
Hominídeos e hominídeos servem como hospedeiros notáveis para micróbios, e nós coevoluímos nos últimos 4,5 milhões de anos como comunidades altamente pletóricas. Microrganismos associados ao ser humano (o "microbioma") estão presentes em números que excedem as quantidades de células humanas em pelo menos 10 vezes a partir do período neonatal. O genoma coletivo (o "metagenome") excede nosso genoma humano em termos de conteúdo genético em mais de 150 vezes. Com relação à microbiota e ao parto prematuro, geralmente se assume que a maioria das infecções intrauterinas se origina no trato genital inferior, com a microbiota ascendendo para o ambiente intrauterino estéril para infectar a placenta (parto prematuro), membranas fetais (corioamnionite), cordão umbilical cordão umbilical (funisite) e o feto (sepse). No entanto, nós e outros demonstramos recentemente que as comunidades de microbioma vaginal e intestinal são distintamente estruturadas na gravidez, e a placenta de fato não é estéril, mas abriga um microbioma de baixa abundância que provavelmente é adquirido por transmissão hematogênica do microbioma oral.
Com base em nossos estudos anteriores e dados preliminares, nossa hipótese central é que um microbioma residente distinto e amplamente comensal na gravidez apresenta risco de parto prematuro. Ao utilizar nossa tecnologia de ponta e ferramentas de análise em uma coorte de casos longitudinais de indivíduos nascidos prematuros, seremos capazes de transformar a metagenômica "baseada em descobertas" e a ciência multiômica em estudos mecanicistas prontamente traduzíveis em um nível previamente incomparável nível.
Visão geral do estudo
Status
Condições
Descrição detalhada
Objetivo Específico 1. Longitudinal materno (vaginal, oral, pele, intestino), fetal (oral, pele, intestino) e placentário (placa basal e parênquima) O perfil metagenômico baseado em 16S com metagenômica inferida revelará comunidades microbianas distintas em associação com nascimento prematuro . Métodos: Registraremos 526 grávidas de risco para produzir aproximadamente 135 nascimentos prematuros com 401 controles de risco. A partir do primeiro/início do segundo trimestre, coletaremos amostras de vários locais do corpo (vagina, oral, fezes, placenta) em vários pontos no tempo (pré-natal até o parto), isolaremos o DNA microbiano e realizaremos a determinação baseada em 16S de comunidades microbianas específicas de nicho encontrados em associação com parto prematuro. Com nosso projeto longitudinal de coorte de casos, seremos capazes de aplicar nossas bem desenvolvidas abordagens de aprendizado supervisionado para revelar quais táxons contribuem para o risco de parto prematuro e em quais locais do corpo e idades gestacionais eles são preditivos de parto prematuro.
Objetivo Específico 2. A metagenômica shotgun (WGS) de todo o genoma de indivíduos selecionados e locais do corpo permitirá a identificação de espécies, geração de catálogos de genes microbianos e reconstruções metabólicas para determinar a estrutura, função e diversidade do microbioma do nascimento prematuro. Métodos: Para sondar a funcionalidade metabólica e descrever os mecanismos relacionados ao patógeno, analisaremos as mudanças no conteúdo total do gene usando metagenômica shotgun em um subconjunto de amostras. Vamos desenvolver nossos pipelines computacionais funcionais para caracterizar completamente as assinaturas metagenômicas dos indivíduos-alvo.
Objetivo Específico 3. Os dados integrados de genômica, metatranscriptômica e metabonômica do hospedeiro revelarão mecanismos moleculares e redes subjacentes ao nascimento prematuro em um subconjunto limitado de amostras. Métodos: Vamos interrogar e integrar nossos metadados clínicos adquiridos concomitantemente, dados de expressão gênica microbiana e hospedeira (metatranscriptômica de RNA-Seq) e perfis metabonômicos com abordagens computacionais e bioestatísticas avançadas. Seremos guiados em nossa escolha de assuntos por nossos dados dos Objetivos 1 e 2.
Tipo de estudo
Inscrição (Antecipado)
Contactos e Locais
Locais de estudo
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Texas
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Houston, Texas, Estados Unidos, 77030
- Baylor College of Medicine
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Critérios de participação
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
Aceita Voluntários Saudáveis
Método de amostragem
População do estudo
Descrição
Critério de inclusão:
- Gravidae em risco de parto prematuro, definido como: História de parto prematuro espontâneo anterior na idade gestacional 16s0d-36s6s confirmada por revisão de prontuários médicos. Se os esforços para recuperar registros médicos não forem bem-sucedidos, a elegibilidade dependerá dos eventos relacionados ao nascimento anterior e peso de nascimento inferior a 2 kg; Colo uterino encurtado documentado <2,5 cm por ultrassonografia transvaginal realizada por ultrassonografista experiente em <24 semanas de idade gestacional; Infecção documentada e comprovada por cultura do trato urinário inferior ou superior, definida como uma infecção do trato urinário que requer hospitalização (por exemplo, pielonefrite); Doença periodontal documentada, tratada ou não; Infecção genital inferior recorrente documentada; Tabagismo ou outra dependência química que transmita um risco aumentado de parto prematuro; Outra preocupação clínica para alto risco de parto prematuro (e liberado pelo PI Dr. Aagaard no BCM ou Dr. Saade no UTMB)
- Inscrição em menos ou igual a 20 semanas de gestação pela melhor estimativa obstétrica
- Capaz de falar inglês ou trabalhar com um intérprete
- Cognitivamente consciente o suficiente para ser capaz de participar do estudo
- Gravidae com gravidez viável > 10 semanas de idade gestacional
- Vontade de consentir com todos os aspectos exigidos do protocolo - Haverá aspectos adicionais não obrigatórios para os quais recrutaremos 20% dos indivíduos para participar. Estes serão aspectos de aceitação voluntária
- 16 anos de idade ou mais
Critério de exclusão:
- Gestação multifetal em qualquer momento da gravidez
- Infecção conhecida por HIV ou Hepatite C
- Doença imunossupressora conhecida
- Uso de qualquer um dos seguintes medicamentos nos últimos 6 meses; Citocinas; Metotrexato ou agentes citotóxicos imunossupressores
- História de câncer, exceto carcinomas escamosos ou basocelulares da pele ou câncer de tireoide que foram controlados e totalmente tratados.
- Grande cirurgia do trato GI (incluindo bypass gástrico), com exceção de colecistectomia e apendicectomia nos últimos cinco anos. Qualquer grande ressecção intestinal a qualquer momento. Se surgirem condições que exijam tais cirurgias durante a participação no estudo, os indivíduos não serão excluídos após a inscrição. Se o paciente desenvolver necessidade de tal cirurgia após a inscrição, ele não será excluído.
- Distúrbios gastrointestinais crônicos documentados (por exemplo, doença de Crohn)
- Condições crônicas com sintomas gastrointestinais (por exemplo, fibrose cística)
- Transtorno do espectro do autismo ou atraso significativo no desenvolvimento, psicose, transtorno depressivo maior ou histórico de transtorno bipolar se houver preocupação com a capacidade de consentir
- Tratamento ou suspeita de já ter tido síndrome do choque tóxico.
- Anomalia fetal fatal. Excluirá após a inscrição se não for identificado anteriormente
Plano de estudo
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
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Caracterização do microbioma Materno-Fetal
Prazo: Concepção até 4-6 semanas após o parto
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Caracterize longitudinalmente o microbioma materno, placentário e infantil em uma coorte com risco de parto prematuro.
Nem todas as mulheres acabarão tendo parto prematuro; poderemos ver se há alterações no microbioma associadas ao nascimento prematuro.
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Concepção até 4-6 semanas após o parto
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Associação do microbioma materno (intestino, oral, vaginal, placenta) com parto prematuro
Prazo: Concepção até 4-6 semanas após o parto
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Caracterize longitudinalmente o microbioma materno, placentário e infantil em uma coorte com risco de parto prematuro.
Nem todas as mulheres acabarão tendo parto prematuro; poderemos ver se há alterações no microbioma associadas ao nascimento prematuro.
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Concepção até 4-6 semanas após o parto
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Medidas de resultados secundários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
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Taxa de parto prematuro
Prazo: Concepção até a data do parto, <37 semanas
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Medir a taxa de parto prematuro <37 e <34 semanas de gestação, conforme definido pela melhor estimativa obstétrica do último período menstrual consistente com ultrassonografia <24 semanas, OU <24 semanas ultrassonografia com último período menstrual desconhecido, OU exame qualificado e <24 semanas ultrassonografia
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Concepção até a data do parto, <37 semanas
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Taxa de Nascimento a Termo
Prazo: Concepção até a data do parto
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Medir a taxa de nascimento a termo, conforme definido pela melhor estimativa obstétrica do último período menstrual consistente com ultrassonografia <24 semanas, OU ultrassonografia <24 semanas com último período menstrual desconhecido, OU exame qualificado e ultrassonografia <24 semanas
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Concepção até a data do parto
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Colaboradores
Investigadores
- Investigador principal: Kjersti Aagaard, MD/PhD, Associate Professor / Vice Chair for Research
Datas de registro do estudo
Datas Principais do Estudo
Início do estudo (Real)
Conclusão Primária (Antecipado)
Conclusão do estudo (Antecipado)
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
Primeira postagem (Estimativa)
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Estimativa)
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
Última verificação
Mais Informações
Termos relacionados a este estudo
Termos MeSH relevantes adicionais
Outros números de identificação do estudo
- H-34056
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