Microbioom en multi'omics bij vroeggeboorte: de bacterie- en geboortestudie (BaBs)
Microbioom en multi'omics bij vroeggeboorte: de bacterie- en geboortestudie (BaBs)
Mensachtigen en mensachtigen dienen als opmerkelijke gastheren voor microben, en we zijn de afgelopen 4,5 miljoen jaar samen geëvolueerd als zeer overvloedige gemeenschappen. Met de mens geassocieerde micro-organismen (het "microbioom") zijn vanaf de neonatale periode in aantallen aanwezig die de hoeveelheden menselijke cellen met een factor 10 overschrijden. Het collectieve genoom (het "metagenoom") overtreft ons menselijk genoom in termen van geninhoud met meer dan 150 keer. Met betrekking tot de microbiota en vroeggeboorte wordt algemeen aangenomen dat de meeste intra-uteriene infecties hun oorsprong vinden in het onderste deel van de geslachtsorganen, waarbij de microbiota opstijgt naar de anderszins steriele intra-uteriene omgeving om de placenta (vroeggeboorte), foetale vliezen (chorioamnionitis), navelstreng koord (funisitis) en de foetus (sepsis). Wij en anderen hebben echter onlangs aangetoond dat de vaginale en darmmicrobioomgemeenschappen duidelijk gestructureerd zijn tijdens de zwangerschap, en dat de placenta in feite niet steriel is, maar eerder een microbioom met een lage overvloed herbergt dat waarschijnlijk wordt verkregen door hematogene overdracht van het orale microbioom.
Op basis van onze eerdere studies en voorlopige gegevens, is onze centrale hypothese dat een duidelijk en grotendeels commensaal ingezeten microbioom tijdens de zwangerschap het risico op vroeggeboorte met zich meebrengt. Door gebruik te maken van onze state-of-the-science technologie en analysetools in een longitudinaal casuscohort van vroeggeboorte-proefpersonen, zullen we in staat zijn om "op ontdekking gebaseerde" metagenomics en multi'omics-wetenschap om te zetten in gemakkelijk vertaalbare mechanistische studies op een voorheen ongeëvenaarde niveau.
Studie Overzicht
Toestand
Conditie
Gedetailleerde beschrijving
Specifiek doel 1. Longitudinale maternale (vaginale, orale, huid, darm), foetale (orale, huid, darm) en placenta (basale plaat en parenchym) 16S-gebaseerde metagenomische profilering met afgeleide metagenomics zal verschillende microbiële gemeenschappen onthullen in verband met vroeggeboorte . Methoden: We zullen 526 at-risk gravidae inschrijven om naar schatting 135 vroeggeboorten te krijgen met 401 at-risk term controles. Beginnend in het eerste/vroege tweede trimester, zullen we meerdere lichaamsplaatsen (vagina, oraal, ontlasting, placenta) op meerdere tijdstippen (prenataal tot en met bevalling) bemonsteren, microbieel DNA isoleren en 16S-gebaseerde bepaling van niche-specifieke microbiële gemeenschappen uitvoeren gevonden in verband met vroeggeboorte. Met ons case-cohort longitudinaal ontwerp kunnen we onze goed ontwikkelde begeleide leerbenaderingen toepassen om te onthullen welke taxa bijdragen aan het risico op vroeggeboorte, en op welke lichaamslocaties en zwangerschapsduur ze vroeggeboorte voorspellen.
Specifiek doel 2. Whole-genome shotgun (WGS) metagenomics van geselecteerde proefpersonen en lichaamslocaties zullen soortidentificatie, het genereren van microbiële gencatalogi en metabolische reconstructies mogelijk maken om de structuur, functie en diversiteit van het vroeggeboorte-microbioom te bepalen. Methoden: Om de metabole functionaliteit te onderzoeken en pathogeengerelateerde mechanismen te beschrijven, zullen we veranderingen in het totale gengehalte analyseren met behulp van shotgun-metagenomics op een subset van monsters. We zullen voortbouwen op onze functionele computationele pijplijnen om de metagenomische handtekeningen van de beoogde proefpersonen volledig te karakteriseren.
Specifiek doel 3. Geïntegreerde gastgenomics-, metatranscriptomics- en metabonomics-gegevens zullen moleculaire mechanismen en netwerken blootleggen die ten grondslag liggen aan vroeggeboorte in een beperkte subset van monsters. Methoden: We zullen onze gelijktijdig verworven klinische metadata, microbiële en gastgenexpressiegegevens (RNA-Seq metatranscriptomics) en metabonomics-profilering ondervragen en integreren met geavanceerde computationele en biostatistische benaderingen. We laten ons bij de keuze van onderwerpen leiden door onze gegevens uit doel 1 en 2.
Studietype
Inschrijving (Verwacht)
Contacten en locaties
Studie Locaties
-
-
Texas
-
Houston, Texas, Verenigde Staten, 77030
- Baylor College of Medicine
-
-
Deelname Criteria
Geschiktheidscriteria
Leeftijden die in aanmerking komen voor studie
Accepteert gezonde vrijwilligers
Bemonsteringsmethode
Studie Bevolking
Beschrijving
Inclusiecriteria:
- Gravidae met risico op vroeggeboorte, gedefinieerd als: geschiedenis van eerdere spontane vroeggeboorte bij 16w0d-36w6d zwangerschapsduur bevestigd door beoordeling van medische dossiers. Als pogingen om medische dossiers op te halen niet succesvol zijn, hangt de geschiktheid af van de gebeurtenissen rond de vorige geboorte en het geboortegewicht van minder dan 2 kg; Gedocumenteerde verkorte cervix <2,5 cm door transvaginale echografie uitgevoerd door ervaren echoscopist bij <24 weken zwangerschapsduur; Gedocumenteerde en door kweek bewezen gecompliceerde lagere of bovenste urineweginfectie gedefinieerd als een urineweginfectie waarvoor ziekenhuisopname vereist is (bijv. pyelonefritis); Gedocumenteerde parodontitis, behandeld of onbehandeld; Gedocumenteerde terugkerende lagere genitale infectie; Roken of een andere chemische afhankelijkheid die een verhoogd risico op vroeggeboorte met zich meebrengt; Andere klinische zorg voor een hoog risico op vroeggeboorte (en goedgekeurd door PI Dr. Aagaard bij BCM of Dr. Saade bij UTMB)
- Inschrijving bij een zwangerschapsduur van minder dan of gelijk aan 20 weken volgens de beste verloskundige schatting
- In staat om Engels te spreken of met een tolk te werken
- Cognitief genoeg bewust om mee te kunnen doen aan het onderzoek
- Gravidae met een levensvatbare zwangerschap >10 weken zwangerschapsduur
- Bereidheid om in te stemmen met alle vereiste aspecten van het protocol - Er zullen aanvullende niet-vereiste aspecten zijn waarvoor we 20% van de proefpersonen zullen werven om aan deel te nemen. Dit zullen vrijwillige opt-in-aspecten zijn
- 16 jaar of ouder
Uitsluitingscriteria:
- Multifoetale zwangerschap op elk moment tijdens de zwangerschap
- Bekende hiv- of hepatitis C-infectie
- Bekende immunosuppressieve ziekte
- Gebruik van een van de volgende geneesmiddelen in de afgelopen 6 maanden; Cytokinen; Methotrexaat of immunosuppressieve cytotoxische middelen
- Geschiedenis van kanker behalve plaveisel- of basaalcelcarcinomen van de huid of schildklierkanker die onder controle zijn gehouden en volledig zijn behandeld.
- Grote operatie van het maagdarmkanaal (inclusief gastric bypass), met uitzondering van cholecystectomie en appendectomie in de afgelopen vijf jaar. Elke grote darmresectie op elk moment. Als zich tijdens deelname aan het onderzoek omstandigheden voordoen die dergelijke operaties vereisen, worden proefpersonen na inschrijving niet uitgesloten. Als de patiënt na inschrijving behoefte krijgt aan een dergelijke operatie, wordt hij niet uitgesloten.
- Gedocumenteerde chronische gastro-intestinale aandoeningen (bijv. ziekte van Crohn)
- Chronische aandoeningen met gastro-intestinale symptomen (bijv. taaislijmziekte)
- Autismespectrumstoornis of significante ontwikkelingsachterstand, psychose, depressieve stoornis of een voorgeschiedenis van bipolaire stoornis als er bezorgdheid bestaat over het vermogen om toestemming te geven
- Behandeling voor of vermoeden van ooit het toxischeshocksyndroom te hebben gehad.
- Fatale foetale anomalie. Wordt na inschrijving uitgesloten indien niet eerder geïdentificeerd
Studie plan
Hoe is de studie opgezet?
Ontwerpdetails
Wat meet het onderzoek?
Primaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Karakterisering van het maternale-foetale microbioom
Tijdsspanne: Conceptie tot 4-6 weken postpartum
|
Karakteriseer in de lengterichting het microbioom van de moeder, de placenta en het kind in een cohort met risico op vroeggeboorte.
Niet alle vrouwen zullen uiteindelijk te vroeg bevallen; we zullen kunnen zien of er veranderingen in het microbioom zijn die verband houden met vroeggeboorte.
|
Conceptie tot 4-6 weken postpartum
|
|
Associatie van maternale microbioom (darm, oraal, vaginaal, placenta) met vroeggeboorte
Tijdsspanne: Conceptie tot 4-6 weken postpartum
|
Karakteriseer in de lengterichting het microbioom van de moeder, de placenta en het kind in een cohort met risico op vroeggeboorte.
Niet alle vrouwen zullen uiteindelijk te vroeg bevallen; we zullen kunnen zien of er veranderingen in het microbioom zijn die verband houden met vroeggeboorte.
|
Conceptie tot 4-6 weken postpartum
|
Secundaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Tarief van vroeggeboorte
Tijdsspanne: Conceptie tot datum van bevalling, <37 weken
|
Meet het percentage vroeggeboorte <37 en <34 weken zwangerschap, zoals gedefinieerd door de beste verloskundige schatting van de laatste menstruatie in overeenstemming met <24 weken echo, OF <24 weken echo met onbekende laatste menstruatie, OF deskundig onderzoek en <24 weken echo
|
Conceptie tot datum van bevalling, <37 weken
|
|
Tarief van termijngeboorte
Tijdsspanne: Conceptie tot datum van levering
|
Meet het aantal voldragen geboorten, zoals gedefinieerd door de beste verloskundige schatting van de laatste menstruatie in overeenstemming met <24 weken echo, OF <24 weken echo met onbekende laatste menstruatie, OF deskundig onderzoek en <24 weken echo
|
Conceptie tot datum van levering
|
Medewerkers en onderzoekers
Sponsor
Onderzoekers
- Hoofdonderzoeker: Kjersti Aagaard, MD/PhD, Associate Professor / Vice Chair for Research
Studie record data
Bestudeer belangrijke data
Studie start (Werkelijk)
Primaire voltooiing (Verwacht)
Studie voltooiing (Verwacht)
Studieregistratiedata
Eerst ingediend
Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria
Eerst geplaatst (Schatting)
Updates van studierecords
Laatste update geplaatst (Schatting)
Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria
Laatst geverifieerd
Meer informatie
Termen gerelateerd aan deze studie
Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden
Andere studie-ID-nummers
- H-34056
Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .