前病毒 DNA 作为 HIV-1 耐药性分析的靶标 (HIV)
总之，在这个项目中，研究人员建议研究前病毒 DNA 基因分型，以实施比目前使用的商业系统成本更低、范围更广的方法，以便分析作为抗逆转录病毒药物治疗靶点的所有 HIV 基因。 使用 HIV 前病毒 DNA，我们可以获得以下信息：HIV-1 病毒趋向性、与整合酶抑制剂相关的突变、与转录酶反向抑制剂相关的突变、与蛋白酶抑制剂相关的突变以及与 GP41 抑制剂相关的突变。
与此同时，研究人员建议验证原病毒 DNA 作为基因分型的起始材料，它独立于患者的病毒载量，并使更多的 HIV 感染者能够获得这一对监测 HIV 感染至关重要的重要测试。
3.2 研究问题 前病毒 DNA 是否是适合在病毒载量低或检测不到的患者中进行基因型耐药性测试的遗传区室？ 前病毒 DNA 是否具有与 RNA 相同的临床有效性？ 3.3.- 假设 由原病毒 DNA 进行的抗性基因分型测试检测到与病毒 RNA 抗性相关的相同突变。
3.4.- 目标： 一般/特定 一般目标 开发一种方法来评估前病毒 HIV-1 DNA 或 RNA 作为基因分型分析的遗传物质，这些基因是具有药理学意义的靶标，如 TR 逆转录酶和蛋白酶 (PRO)、整合酶或 GP41 抑制剂和艾滋病毒趋向性。 具体的目标
1. 通过前病毒 DNA 进行基因分型，并将其与使用病毒 RNA 进行的相同基因分型进行比较。 2. 一旦显示前病毒 DNA 和 RNA 之间的相关性，根据每个患者的需要，标准化一种方法，将该技术用于临床监测 HIV 患者。 病毒载量超过 1,000 拷贝/mL 的患者的 RNA。 病毒载量低或检测不到的患者的前病毒 DNA。
研究概览
详细说明
一项前瞻性纵向观察研究，目的是观察和描述在病毒学失败和低水平病毒血症患者中通过前病毒 DNA 检测到的 INRT、INNRT、蛋白酶和 INIS 突变的患病率。
纳入/排除：我们的研究将仅包括经“智利公共健康研究所”(ISP-Chile) 确认的 HIV 患者。 未满 18 岁的儿童不包括在内。
患者数量：三年内将总共包括 1,200 名患者（包括统计理由，如果适用）。
- - 只有签署知情同意书的患者才会被纳入我们的研究。
- - 入院患者将采集血样进行 HIV 基因型抗性检测。
- - 从每位入院患者的临床记录中，将获取一些相关临床数据来解释结果，例如 CD4 T 淋巴细胞计数、病毒载量、HIV 诊断日期、开始治疗的日期以及抗逆转录病毒治疗的数量和类型
- - 通过基因型控制，每年将采集第二份血样。
详细说明
检测 HIV-1 感染中前病毒 DNA 的耐药突变
背景 用于抗逆转录病毒药物耐药性的 HIV 前病毒 DNA (HPD) 基因检测对于检测接受抗逆转录病毒治疗但未能达到无法检测的病毒载量水平或低水平病毒血症 (LLV) 的患者的突变非常有用。
HPD 允许检测在血浆中无法检测到的循环耐药变体并存档。
HPD 与患者的病毒载量无关。 这使得它对于原发性耐药性的研究非常有用，因为它可以检测最近诊断为低基线病毒载量（<1,000 拷贝/mL）的患者的耐药性突变。
欧洲艾滋病临床学会 EACS 建议在没有 HIV RNA 进行分析的情况下使用 HPD（巴塞罗那，2015 年 10 月）。
HPD 能够分析对目前市场上所有抗逆转录病毒药物的耐药性。 因此，通过 HPD 创新，我们可以进行以下基因抗性测试：HIV Tropism (Maraviroc)、整合酶抑制剂抗性 (Dolutegravir) 和 Transcriptase reversa/Proteasa 抗性 (Abacavir)。
大小样本和方法
在两年的时间里，我们将研究 1,200 名患者。 这些包括 2012 年 12 月之前我们在 HIV 中心分析过的所有患者。 该方法包括核酸提取、作为治疗目标的 HIV-1 基因的扩增以及通过传统和新一代测序方法进行的测序。
患者招募：总计 1.200（每年 400 人）
获取血样：两份样本：一份样本到一年后的开始，一份样本到最后
DNA和病毒RNA提取：
RT-PCR扩增：
琼脂糖凝胶电泳可视化
将样品发送到 Macrogen 进行测序服务
美国Macrogen公司Sanger法自动测序
在智利或美国 Macrogen 进行深度测序 (NGS) 测序
序列分析
软件 ReCall 中原始序列的质量分析和组装
具有临床意义的突变登记
抗逆转录病毒药物耐药性报告
生物统计分析
结果报告和出版物
初步结果 对100例病毒载量<1,000拷贝/mL的患者进行初步分析，检测出10%的患者对抑制逆转录酶和病毒蛋白酶的药物产生耐药性突变。 这些有价值的信息可以通过在病毒载量达到更高水平之前改变药物方案来进行早期治疗干预，从而改善临床管理。
预测项目 由于这项初步研究的成功和立即应用，我们认为验证这项技术作为公共卫生系统中 HIV 门诊患者的日常常规基因检测变得非常重要。 智利政府卫生部应为这种 HIV 前病毒 DNA 基因检测提供永久资助。
总之，目前 HPD 是研究病毒学失败和 LLV 以便及早改变抗逆转录病毒疗法的非常有用的工具。
研究类型
注册 (预期的)
联系人和位置
学习地点
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Metropolitana
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Santiago、Metropolitana、智利
- 招聘中
- Immunology, HIV and Allergy Section
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接触：
- pablo ferrer, phd
- 电话号码：+56950269199
- 邮箱：pferrer@hcuch.cl
-
Santiago、Metropolitana、智利
- 招聘中
- Molecular Medicine Laboratory
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接触：
- pablo ferrer, phd
- 电话号码：+56950269199
- 邮箱：pferrer@hcuch.cl
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参与标准
资格标准
适合学习的年龄
接受健康志愿者
有资格学习的性别
取样方法
研究人群
纳入/排除：我们的研究将仅包括经“智利公共健康研究所”(ISP-Chile) 确认的 HIV 患者。 未满 18 岁的儿童不包括在内。
患者数量：三年内将总共包括 1,200 名患者（包括统计理由，如果适用）
描述
纳入标准：
HIV临床诊断
病毒载量 <1.000 拷贝/mL
在抗逆转录病毒治疗下
排除标准：
艾滋病毒阴性
病毒载量 >1.000 拷贝/mL
学习计划
研究是如何设计的？
设计细节
研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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前病毒 DNA 作为 HIV-1 耐药性分析的靶标
大体时间：3年
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开发一种方法来评估前病毒 HIV-1 DNA 或 RNA 作为基因分型分析的遗传物质，这些基因是具有药理学意义的目标，如 TR 逆转录酶和蛋白酶 (PRO)、整合酶或 GP41 抑制剂和 HIV 趋向性
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3年
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合作者和调查者
研究记录日期
研究主要日期
学习开始 (实际的)
初级完成 (实际的)
研究完成 (预期的)
研究注册日期
首次提交
首先提交符合 QC 标准的
首次发布 (实际的)
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
上次提交的符合 QC 标准的更新
最后验证
更多信息
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