Proviralt DNA som et mål for HIV-1-resistensanalyse (HIV)

Et prospektivt longitudinelt observationsstudie, målet er at observere og beskrive prævalensen af ​​INRT-, INNRT-, protease- og INIS-mutationer påvist af proviralt DNA hos patienter med virologisk svigt og lavt niveau af viræmi.

Inklusion/Eksklusion: Vores undersøgelse vil kun omfatte patienter med HIV, der var blevet bekræftet af "Instituto de Salud Pública de Chile" (ISP-Chile). Børn under 18 år er udelukket.

Antal patienter: I alt 1.200 patienter vil blive inkluderet i en periode på tre år (inklusive statistisk begrundelse, hvis det er relevant).

1. - Kun patienter, der har underskrevet informeret samtykke, vil blive optaget i vores undersøgelse.
2. - De indlagte patienter vil få taget en blodprøve til en HIV genotypisk resistenstest.
3. - fra den kliniske journal for hver indlagt patient, vil nogle relevante kliniske data blive taget til fortolkning af resultaterne, såsom CD4 T-lymfocyttal, viral belastning, dato for HIV-diagnose, dato for påbegyndelse af behandlingen ud over antallet og typen af ​​behandlinger antiretrovirale midler
4. - Som genotypekontrol vil der blive taget endnu en blodprøve hvert år.

Detaljeret beskrivelse

Påvisning af resistensmutationer i proviralt DNA ved HIV-1-infektion

Baggrund Den genetiske test HIV proviral DNA (HPD) for resistens over for antiretrovirale lægemidler er meget nyttig til at påvise mutationer hos patienter under antiretroviral terapi, som ikke har opnået uopdagelige virale belastningsniveauer eller med lavt niveau af viræmi (LLV).

HPD tillader påvisning af cirkulerende resistente varianter og arkiverede, som ikke kunne detekteres i plasmaet.

HPD er uafhængig af patienternes virale belastning. Dette gør det meget nyttigt til undersøgelser af primær resistens, da det kan påvise resistensmutationer hos nyligt diagnosticerede patienter med lav baseline viral belastning (<1.000 kopier/ml).

HPD anbefales af European AIDS Clinical Society EACS til tilfælde, hvor der ikke er HIV RNA til analyse (Barcelona, ​​oktober 2015).

HPD er i stand til at analysere resistens over for alle antiretrovirale lægemidler, der i øjeblikket er tilgængelige på markedet. Derfor kan vi med HPD-innovationen udføre følgende genetiske resistenstests: HIV Tropism (Maraviroc), resistens over for Integrase-hæmmere (Dolutegravir) og resistens over for Transcriptase reversa/Proteasa (Abacavir).

Størrelsesprøve og metode

I løbet af en periode på to år vil vi undersøge en population på 1.200 patienter. Disse omfatter alle patienter, vi har analyseret i vores HIV-center indtil december 2012. Metoden omfatter nukleinsyreekstraktion, amplifikation af HIV-1-gener, der er mål af terapeutisk interesse, og sekventering ved traditionelle og nye generationers sekventeringsmetoder.

Patientrekruttering: i alt 1.200 (400 pr. år)

Indhentning af blodprøver: to prøver: prøve til start og en prøve til slutning efter et år

DNA og viral RNA ekstraktion:

RT-PCR amplifikation:

Elektroforesevisualisering i agarosegeler

Sender prøver til Macrogen til sekventeringstjenester

Automatisk sekventering ved Sanger-metoden i Macrogen USA

Sekventering ved dyb sekventering (NGS) i Chile eller Macrogen USA

Sekvensanalyse

Kvalitetsanalyse og sammensætning af råsekvenser i software ReCall

Register over mutationer af klinisk interesse

Rapport om resistens over for antiretrovirale lægemidler

Biostatistisk analyse

Resultatrapport og publikationer

Foreløbige resultater Foreløbig analyse af 100 patienter med viral belastning <1.000 kopier/ml, påviste 10 % af patienterne med mutationer af resistens over for lægemidler, der hæmmer revers transkriptase og viral protease. Denne værdifulde information muliggjorde tidligere terapeutisk intervention ved at ændre lægemiddelskemaet, før de nåede højere niveauer af viral belastning med deraf følgende forbedring i den kliniske behandling.

Projektioner Projekt På grund af succesen og den umiddelbare anvendelse af denne foreløbige undersøgelse, mener vi, at det bliver meget vigtigt at validere denne teknik som en daglig rutinemæssig genetisk testning for HIV-klinikpatienter i det offentlige sundhedssystem. Permanent finansiering af denne genetiske HIV-test for HIV proviralt DNA bør gives af Sundhedsministeriet, Chiles regering.

Som konklusion er HPD i øjeblikket et meget nyttigt værktøj til at studere virologisk svigt og LLV med henblik på en tidlig ændring af den antiretrovirale terapi.