Proviraalinen DNA HIV-1-resistenssianalyysin kohteena (HIV)

Prospektiivinen pitkittäinen havaintotutkimus, jonka tavoitteena on tarkkailla ja kuvata proviraalisen DNA:n havaitsemien INRT-, INNRT-, proteaasi- ja INIS-mutaatioiden esiintyvyyttä potilailla, joilla on virologinen vajaatoiminta ja matala viremia.

Sisällyttäminen/poissulkeminen: Tutkimuksemme sisältää vain HIV-potilaita, jotka "Instituto de Salud Pública de Chile" (ISP-Chile) on vahvistanut. Alle 18-vuotiaat lapset eivät sisälly.

Potilasmäärä: Mukana on yhteensä 1 200 potilasta kolmen vuoden aikana (sisältäen tarvittaessa tilastolliset perustelut).

1. - Vain potilaat, jotka ovat allekirjoittaneet tietoisen suostumuksen, otetaan tutkimukseemme.
2. - Potilailta otetaan verinäyte HIV-genotyyppiresistenssitestiä varten.
3. - Jokaisen vastaanotetun potilaan kliinisistä tiedoista otetaan joitakin asiaankuuluvia kliinisiä tietoja tulosten tulkitsemiseksi, kuten CD4 T-lymfosyyttien määrä, viruskuorma, HIV-diagnoosin päivämäärä, hoidon aloituspäivämäärä sekä antiretroviraalihoitojen määrä ja tyyppi.
4. - Genotyyppikontrollina otetaan toinen verinäyte joka vuosi.

Yksityiskohtainen kuvaus

Proviraalisen DNA:n resistenssimutaatioiden havaitseminen HIV-1-infektiossa

Tausta HIV:n proviraalisen DNA:n (HPD) geneettinen testi resistenssin suhteen antiretroviraalisille lääkkeille on erittäin hyödyllinen mutaatioiden havaitsemiseksi potilailla, jotka saavat antiretroviraalista hoitoa ja jotka eivät ole onnistuneet saavuttamaan havaitsemattomia viruskuormitustasoja tai joilla on alhainen viremia (LLV).

HPD mahdollistaa sellaisten verenkierron vastustuskykyisten varianttien ja arkistoitujen varianttien havaitsemisen, joita ei voitu havaita plasmasta.

HPD on riippumaton potilaiden viruskuormasta. Tämä tekee siitä erittäin hyödyllisen primaarisen resistenssin tutkimuksissa, koska se voi havaita resistenssimutaatioita äskettäin diagnosoiduilla potilailla, joilla on alhainen viruskuorma (<1 000 kopiota/ml).

European AIDS Clinical Society EACS suosittelee HPD:tä tapauksiin, joissa ei ole HIV-RNA:ta analysoitavaksi (Barcelona, ​​lokakuu 2015).

HPD pystyy analysoimaan resistenssin kaikille markkinoilla oleville antiretroviraalisille lääkkeille. Siksi HPD-innovaatiolla voimme suorittaa seuraavat geneettiset resistenssitestit: HIV-tropismi (maraviroki), resistenssi integraasiestäjille (dolutegraviiri) ja resistenssi transkriptaasi reversalle/proteasalle (abakaviiri).

Koko näyte ja menetelmät

Kahden vuoden aikana tutkimme 1 200 potilasta. Näihin kuuluvat kaikki HIV-keskuksessamme analysoidut potilaat joulukuuhun 2012 saakka. Metodologiaan kuuluu nukleiinihappojen uuttaminen, terapeuttisesti kiinnostavien HIV-1-geenien monistaminen ja sekvensointi perinteisillä ja uuden sukupolven sekvensointimenetelmillä.

Potilaiden rekrytointi: yhteensä 1 200 (400 vuodessa)

Verinäytteiden otto: kaksi näytettä: näyte alkuun ja yksi näyte vuoden kuluttua loppuun

DNA:n ja viruksen RNA:n uuttaminen:

RT-PCR-monistus:

Elektroforeesin visualisointi agaroosigeeleissä

Näytteiden lähettäminen Macrogenille sekvensointipalveluita varten

Automaattinen sekvensointi Sanger-menetelmällä Macrogen USA:ssa

Sekvensointi syvällä sekvensoinnilla (NGS) Chilessä tai Macrogen USA:ssa

Sekvenssianalyysi

Laatuanalyysi ja raakasekvenssien kokoaminen ohjelmistossa ReCall

Kliinisesti kiinnostavien mutaatioiden rekisteri

Raportti resistenssistä antiretroviraalisille lääkkeille

Biostatistinen analyysi

Tulosraportti ja julkaisut

Alustavat tulokset Alustava analyysi 100 potilaasta, joiden viruskuormitus oli <1 000 kopiota/ml, havaitsi 10 %:lla potilaista, joilla oli resistenssimutaatioita käänteiskopioijaentsyymiä ja virusproteaasia estäville lääkkeille. Tämä arvokas tieto mahdollisti aikaisemman terapeuttisen intervention muuttamalla lääkejärjestelmää ennen kuin ne saavuttavat korkeamman viruskuormituksen, mikä parantaa kliinistä hoitoa.

Ennusteet-projekti Tämän alustavan tutkimuksen onnistumisen ja välittömän soveltamisen vuoksi uskomme, että on erittäin tärkeää validoida tämä tekniikka päivittäisenä rutiininomaisena geneettisenä testauksena HIV-klinikan potilaille julkisessa terveydenhuollossa. Chilen hallituksen terveysministeriön tulee antaa pysyvä rahoitus tälle HIV:n proviraalisen DNA:n geneettiselle HIV-testille.

Yhteenvetona voidaan todeta, että tällä hetkellä HPD on erittäin hyödyllinen väline virologisen vajaatoiminnan ja LLV:n tutkimiseen, jotta antiretroviraalista hoitoa voidaan muuttaa varhaisessa vaiheessa.