Proviralt DNA som et mål for HIV-1-resistensanalyse (HIV)

En prospektiv longitudinell observasjonsstudie, målet er å observere og beskrive prevalensen av INRT-, INNRT-, protease- og INIS-mutasjoner påvist av proviralt DNA hos pasienter med virologisk svikt og lavnivåviremi.

Inkludering/ekskludering: Vår studie vil kun inkludere pasienter med HIV som er bekreftet av "Instituto de Salud Pública de Chile" (ISP-Chile). Barn under 18 år er ekskludert.

Antall pasienter: Totalt 1200 pasienter vil bli inkludert i en periode på tre år (inkludert statistisk begrunnelse, hvis det er aktuelt).

1. – Kun pasienter som har signert informert samtykke vil bli tatt opp i vår studie.
2. – De innlagte pasientene vil få tatt blodprøve for en HIV genotypisk resistenstest.
3. - fra den kliniske journalen til hver pasient som er innlagt, vil noen relevante kliniske data bli tatt for å tolke resultatene som CD4 T-lymfocytttelling, viral belastning, dato for HIV-diagnose, dato for oppstart av behandlingen i tillegg til antall og type behandlinger antiretrovirale midler
4. – Som genotypekontroll vil det bli tatt en ny blodprøve hvert år.

Detaljert beskrivelse

Påvisning av resistensmutasjoner i proviralt DNA ved HIV-1-infeksjon

Bakgrunn Den genetiske testen HIV proviral DNA (HPD) for resistens mot antiretrovirale legemidler er svært nyttig for å oppdage mutasjoner hos pasienter under antiretroviral terapi som ikke har oppnådd uoppdagelige virale belastningsnivåer eller med lavt nivå viremi (LLV).

HPD tillater deteksjon av sirkulerende resistente varianter og arkiverte som ikke kunne oppdages i plasma.

HPD er uavhengig av virusmengden til pasienter. Dette gjør det svært nyttig for studier av primær resistens da det kan oppdage resistensmutasjoner hos nylig diagnostiserte pasienter med lav baseline virusbelastning (<1000 kopier/ml).

HPD anbefales av European AIDS Clinical Society EACS for tilfeller der det ikke er HIV RNA for analyse (Barcelona, ​​oktober 2015).

HPD er i stand til å analysere resistens mot alle antiretrovirale legemidler som for tiden er tilgjengelige på markedet. Derfor kan vi med HPD-innovasjonen utføre følgende genetiske resistenstester: HIV Tropism (Maraviroc), resistens mot Integrase-hemmere (Dolutegravir) og resistens mot Transcriptase reversa/Proteasa (Abacavir).

Størrelsesprøve og metodikk

I løpet av en periode på to år skal vi studere en populasjon på 1200 pasienter. Disse inkluderer alle pasienter vi har analysert i vårt HIV-senter frem til desember 2012. Metodikken inkluderer nukleinsyreekstraksjon, amplifisering av HIV-1-gener som er mål av terapeutisk interesse og sekvensering ved hjelp av tradisjonelle og nye generasjons sekvenseringsmetoder.

Pasientrekruttering: totalt 1200 (400 etter år)

Innhenting av blodprøver: to prøver: prøve til start og én prøve til slutt etter ett år

DNA og viral RNA-ekstraksjon:

RT-PCR amplifikasjon:

Elektroforesevisualisering i agarosegeler

Sender prøver til Macrogen for sekvenseringstjenester

Automatisk sekvensering etter Sanger-metoden i Macrogen USA

Sekvensering ved dyp sekvensering (NGS) i Chile eller Macrogen USA

Sekvensanalyse

Kvalitetsanalyse og sammenstilling av råsekvenser i programvaren ReCall

Register over mutasjoner av klinisk interesse

Rapport om resistens mot antiretrovirale legemidler

Biostatistisk analyse

Resultatrapport og publikasjoner

Foreløpige resultater Foreløpig analyse av 100 pasienter med virusmengde <1000 kopier/ml, påviste 10 % av pasientene med mutasjoner av resistens mot legemidler som hemmer revers transkriptase og viral protease. Denne verdifulle informasjonen muliggjorde tidligere terapeutisk intervensjon ved å endre legemiddelordningen før de nådde høyere nivåer av viral belastning med påfølgende forbedring i den kliniske behandlingen.

Prosjekter Prosjekt På grunn av suksessen og umiddelbar anvendelse av denne foreløpige studien, tror vi det blir svært viktig å validere denne teknikken som en daglig rutinemessig genetisk testing for HIV-klinikkpasienter i det offentlige helsesystemet. Permanent finansiering av denne genetiske HIV-testen for HIV proviralt DNA bør gis av helsedepartementet, Chiles regjering.

Som konklusjon, for tiden er HPD et veldig nyttig verktøy for å studere virologisk svikt og LLV for å en tidlig endring av antiretroviral terapi.