DNA provirale come bersaglio per l'analisi della resistenza all'HIV-1 (HIV)

Uno studio prospettico osservazionale longitudinale, l'obiettivo è osservare e descrivere la prevalenza delle mutazioni INRT, INNRT, Proteasi e INIS rilevate dal DNA provirale in pazienti con fallimento virologico e basso livello di viremia.

Inclusione/Esclusione: Il nostro studio includerà solo pazienti con HIV che sono stati confermati dall'"Instituto de Salud Pública de Chile" (ISP-Cile). Sono esclusi i minori di 18 anni.

Numero di pazienti: un totale di 1.200 pazienti sarà incluso in un periodo di tre anni (compresa la giustificazione statistica, se del caso).

1. - Solo i pazienti che hanno firmato il consenso informato saranno ammessi al nostro studio.
2. - Ai pazienti ricoverati verrà prelevato un campione di sangue per un test di resistenza genotipica dell'HIV.
3. - dalla cartella clinica di ogni paziente ricoverato verranno presi alcuni dati clinici rilevanti per interpretare i risultati quali conta dei linfociti T CD4, carica virale, data di diagnosi di HIV, data di inizio della terapia oltre al numero e tipo di trattamenti antiretrovirali
4. - A titolo di controllo del genotipo, verrà prelevato un secondo campione di sangue ogni anno.

Descrizione dettagliata

Rilevazione di mutazioni di resistenza nel DNA provirale nell'infezione da HIV-1

Contesto Il test genetico DNA provirale dell'HIV (HPD) per la resistenza ai farmaci antiretrovirali è molto utile per rilevare mutazioni in pazienti in terapia antiretrovirale che non sono riusciti a raggiungere livelli di carica virale non rilevabili o con viremia di basso livello (LLV).

HPD consente il rilevamento di varianti resistenti circolanti e archiviate che non possono essere rilevate nel plasma.

L'HPD è indipendente dalla carica virale dei pazienti. Ciò lo rende molto utile per gli studi sulla resistenza primaria in quanto può rilevare mutazioni di resistenza in pazienti con diagnosi recente con basse cariche virali al basale (<1.000 copie/mL).

L'HPD è raccomandato dalla European AIDS Clinical Society EACS per i casi in cui non è presente HIV RNA per l'analisi (Barcellona, ​​ottobre 2015).

HPD è in grado di analizzare la resistenza a tutti i farmaci antiretrovirali attualmente disponibili sul mercato. Pertanto, con l'innovazione HPD possiamo effettuare i seguenti test di resistenza genetica: HIV Tropism (Maraviroc), resistenza agli Inibitori dell'Integrasi (Dolutegravir) e resistenza alla Transcriptase reversa/Proteasa (Abacavir).

Dimensione del campione e metodologia

Durante un periodo di due anni, studieremo una popolazione di 1.200 pazienti. Questi includono tutti i pazienti che abbiamo analizzato nel nostro centro HIV fino a dicembre 2012. La metodologia include l'estrazione dell'acido nucleico, l'amplificazione dei geni dell'HIV-1 che sono bersagli di interesse terapeutico e il sequenziamento con metodi di sequenziamento tradizionali e di nuova generazione.

Reclutamento pazienti: un totale di 1.200 (400 all'anno)

Prelievo di campioni di sangue: due campioni: campione all'inizio e un campione alla fine dopo un anno

Estrazione del DNA e dell'RNA virale:

Amplificazione RT-PCR:

Visualizzazione dell'elettroforesi in gel di agarosio

Invio di campioni a Macrogen per i servizi di sequenziamento

Sequenziamento automatico con metodo Sanger in Macrogen USA

Sequenziamento mediante sequenziamento profondo (NGS) in Cile o Macrogen USA

Analisi di sequenza

Analisi della qualità e assemblaggio di sequenze grezze nel software ReCall

Registro delle mutazioni di interesse clinico

Relazione sulla resistenza ai farmaci antiretrovirali

Analisi biostatistica

Rapporto sui risultati e pubblicazioni

Risultati preliminari L'analisi preliminare di 100 pazienti con carica virale <1.000 copie/mL, ha rilevato il 10% dei pazienti con mutazioni di resistenza ai farmaci che inibiscono la trascrittasi inversa e la proteasi virale. Queste preziose informazioni hanno consentito un intervento terapeutico precoce modificando lo schema dei farmaci prima che raggiungano livelli più elevati di carica virale con conseguente miglioramento della gestione clinica.

Projections Project A causa del successo e dell'immediata applicazione di questo studio preliminare, riteniamo che sia diventato molto importante convalidare questa tecnica come test genetico di routine quotidiano per i pazienti delle cliniche HIV nel sistema sanitario pubblico. Il finanziamento permanente per questo test genetico dell'HIV per il DNA provirale dell'HIV dovrebbe essere dato dal Ministero della Salute, Governo del Cile.

In conclusione, attualmente l'HPD è uno strumento molto utile per studiare il fallimento virologico e l'LLV al fine di un cambiamento precoce della terapia antiretrovirale.