Провирусная ДНК как мишень для анализа устойчивости к ВИЧ-1 (HIV)

Проспективное лонгитюдное обсервационное исследование, целью которого является наблюдение и описание распространенности мутаций INRT, INNRT, протеазы и INIS, обнаруженных с помощью провирусной ДНК, у пациентов с вирусологической неудачей и низким уровнем виремии.

Включение/исключение: в наше исследование будут включены только пациенты с ВИЧ, подтвержденные «Instituto de Salud Pública de Chile» (ISP-Chile). Исключаются дети младше 18 лет.

Количество пациентов: Всего за трехлетний период будет включено 1200 пациентов (включая статистическое обоснование, если это необходимо).

1. - Только пациенты, подписавшие информированное согласие, будут допущены к нашему исследованию.
2. - У поступивших пациентов будет взят образец крови для определения генотипической резистентности к ВИЧ.
3. - из истории болезни каждого госпитализированного пациента будут взяты некоторые соответствующие клинические данные для интерпретации результатов, такие как количество Т-лимфоцитов CD4, вирусная нагрузка, дата постановки диагноза ВИЧ, дата начала терапии в дополнение к количеству и типу лечения антиретровирусными препаратами.
4. - В качестве контроля генотипа каждый год будет браться второй образец крови.

Подробное описание

Обнаружение мутаций резистентности в провирусной ДНК при ВИЧ-1-инфекции

Предыстория Генетический тест провирусной ДНК ВИЧ (HPD) на устойчивость к антиретровирусным препаратам очень полезен для выявления мутаций у пациентов, проходящих антиретровирусную терапию, у которых не удалось достичь неопределяемых уровней вирусной нагрузки или с низким уровнем виремии (LLV).

HPD позволяет обнаруживать циркулирующие резистентные варианты и архивировать те, которые не удалось обнаружить в плазме.

HPD не зависит от вирусной нагрузки пациентов. Это делает его очень полезным для изучения первичной резистентности, поскольку он может обнаруживать мутации резистентности у недавно диагностированных пациентов с низкой исходной вирусной нагрузкой (<1000 копий/мл).

HPD рекомендуется Европейским клиническим обществом по СПИДу EACS для случаев, когда для анализа отсутствует РНК ВИЧ (Барселона, октябрь 2015 г.).

HPD может анализировать устойчивость ко всем антиретровирусным препаратам, доступным в настоящее время на рынке. Таким образом, с помощью инновации HPD мы можем проводить следующие тесты на генетическую устойчивость: ВИЧ-тропизм (маравирок), устойчивость к ингибиторам интегразы (долутегравир) и устойчивость к транскриптазе реверса/протеаза (абакавир).

Образец размера и методология

В течение двух лет мы будем изучать популяцию из 1200 пациентов. Сюда входят все пациенты, которых мы проанализировали в нашем центре ВИЧ до декабря 2012 года. Методология включает выделение нуклеиновых кислот, амплификацию генов ВИЧ-1, представляющих терапевтический интерес, и секвенирование традиционными методами и методами секвенирования нового поколения.

Набор пациентов: всего 1200 (400 в год)

Получение образцов крови: два образца: образец в начале и один образец в конце через год

Экстракция ДНК и вирусной РНК:

Амплификация ОТ-ПЦР:

Визуализация электрофореза в агарозных гелях

Отправка образцов в Macrogen для услуг секвенирования

Автоматическое секвенирование по методу Сэнгера в Macrogen USA

Секвенирование методом глубокого секвенирования (NGS) в Чили или Macrogen USA

Анализ последовательности

Анализ качества и сборка необработанных последовательностей в программе ReCall

Реестр мутаций, представляющих клинический интерес

Отчет об устойчивости к антиретровирусным препаратам

Биостатистический анализ

Отчет о результатах и ​​публикации

Предварительные результаты Предварительный анализ 100 пациентов с вирусной нагрузкой <1000 копий/мл выявил 10% пациентов с мутациями устойчивости к препаратам, ингибирующим обратную транскриптазу и вирусную протеазу. Эта ценная информация позволила провести более раннее терапевтическое вмешательство, изменив схему приема лекарств до того, как они достигнут более высоких уровней вирусной нагрузки, с последующим улучшением клинического ведения.

Прогнозы Проект В связи с успехом и немедленным применением этого предварительного исследования, мы считаем, что очень важно утвердить этот метод в качестве ежедневного рутинного генетического тестирования для пациентов клиники ВИЧ в системе общественного здравоохранения. Постоянное финансирование этого генетического теста на ВИЧ для провирусной ДНК ВИЧ должно быть предоставлено Министерством здравоохранения, правительство Чили.

В заключение, в настоящее время HPD является очень полезным инструментом для изучения вирусологической неудачи и LLV с целью раннего изменения антиретровирусной терапии.