Provirální DNA jako cíl pro analýzu HIV-1 rezistence (HIV)

Cílem prospektivní longitudinální observační studie je sledovat a popsat prevalenci INRT, INNRT, proteázových a INIS mutací detekovaných provirovou DNA u pacientů s virologickým selháním a nízkou hladinou virémie.

Zařazení/Vyloučení: Naše studie bude zahrnovat pouze pacienty s HIV, kteří byli potvrzeni „Instituto de Salud Pública de Chile“ (ISP-Chile). Děti mladší 18 let jsou vyloučeny.

Počet pacientů: Celkem bude zahrnuto 1 200 pacientů v období tří let (včetně případného statistického zdůvodnění).

1. - Do naší studie budou přijati pouze pacienti, kteří podepsali informovaný souhlas.
2. - Přijatým pacientům bude odebrán vzorek krve pro test genotypové rezistence HIV.
3. - z klinického záznamu každého přijatého pacienta budou odebrána některá relevantní klinická data pro interpretaci výsledků, jako je počet CD4 T lymfocytů, virová nálož, datum diagnózy HIV, datum zahájení terapie a počet a typ léčby antiretrovirovými léky
4. - V rámci kontroly genotypu bude každý rok odebrán druhý vzorek krve.

Detailní popis

Detekce rezistentních mutací v provirové DNA u HIV-1 infekce

Pozadí Genetický test HIV provirální DNA (HPD) na rezistenci k antiretrovirovým lékům je velmi užitečný k detekci mutací u pacientů pod antiretrovirovou terapií, u kterých se nepodařilo dosáhnout nedetekovatelných hladin virové zátěže nebo s nízkou hladinou virémie (LLV).

HPD umožňuje detekci cirkulujících rezistentních variant a archivaci, které nebylo možné detekovat v plazmě.

HPD je nezávislá na virové zátěži pacientů. Díky tomu je velmi užitečný pro studie primární rezistence, protože dokáže detekovat mutace rezistence u nedávno diagnostikovaných pacientů s nízkou výchozí virovou zátěží (<1 000 kopií/ml).

HPD doporučuje Evropská klinická společnost AIDS EACS pro případy, kdy není k analýze HIV RNA (Barcelona, ​​říjen 2015).

HPD je schopen analyzovat rezistenci na všechna antiretrovirová léčiva, která jsou v současnosti na trhu dostupná. Proto s inovací HPD můžeme provádět následující testy genetické rezistence: HIV Tropismus (Maraviroc), rezistence na inhibitory integrázy (Dolutegravir) a rezistence na transkriptase reversa/Proteasa (Abacavir).

Velikost vzorku a metodika

Během dvou let budeme studovat populaci 1200 pacientů. Patří sem všichni pacienti, které jsme analyzovali v našem HIV centru do prosince 2012. Metodika zahrnuje extrakci nukleových kyselin, amplifikaci genů HIV-1, které jsou terčem terapeutického zájmu, a sekvenování tradičními a sekvenačními metodami nové generace.

Nábor pacientů: celkem 1 200 (400 za rok)

Odebírání vzorků krve: dva vzorky: vzorek na začátek a jeden vzorek na konec po jednom roce

Extrakce DNA a virové RNA:

RT-PCR zesílení:

Vizualizace elektroforézou v agarózových gelech

Odesílání vzorků do Macrogenu pro sekvenační služby

Automatické sekvenování Sangerovou metodou v Macrogen USA

Sekvenování pomocí hlubokého sekvenování (NGS) v Chile nebo Macrogen USA

Sekvenční analýza

Analýza kvality a sestavení nezpracovaných sekvencí v softwaru ReCall

Registr mutací klinického zájmu

Zpráva o rezistenci na antiretrovirová léčiva

Biostatistická analýza

Zpráva o výsledcích a publikace

Předběžné výsledky Předběžná analýza 100 pacientů s virovou náloží < 1 000 kopií/ml odhalila 10 % pacientů s mutacemi rezistence na léky, které inhibují reverzní transkriptázu a virovou proteázu. Tyto cenné informace umožnily dřívější terapeutickou intervenci změnou lékového schématu dříve, než dosáhnou vyšší úrovně virové zátěže s následným zlepšením klinického managementu.

Projections Project Vzhledem k úspěchu a okamžité aplikaci této předběžné studie se domníváme, že je velmi důležité ověřit tuto techniku ​​jako každodenní rutinní genetické testování pacientů na klinikách HIV v systému veřejného zdravotnictví. Trvalé financování tohoto genetického testu HIV na provirální DNA HIV by mělo poskytnout ministerstvo zdravotnictví, vláda Chile.

Závěrem lze konstatovat, že HPD je v současnosti velmi užitečným nástrojem pro studium virologického selhání a LLV s cílem včasné změny antiretrovirové terapie.