Proviralt DNA som mål för HIV-1-resistensanalys (HIV)

En prospektiv longitudinell observationsstudie, målet är att observera och beskriva prevalensen av INRT-, INNRT-, proteas- och INIS-mutationer detekterade av proviralt DNA hos patienter med virologisk misslyckande och lågnivåviremi.

Inkludering/uteslutning: Vår studie kommer endast att inkludera patienter med HIV som hade bekräftats av "Instituto de Salud Pública de Chile" (ISP-Chile). Barn under 18 år är undantagna.

Antal patienter: Totalt 1 200 patienter kommer att inkluderas under en period av tre år (inklusive statistisk motivering, om så är lämpligt).

1. – Endast patienter som har skrivit under informerat samtycke kommer att tas in i vår studie.
2. – De inlagda patienterna kommer att få ett blodprov taget för ett hiv-genotypresistenstest.
3. - från den kliniska journalen för varje inlagd patient kommer vissa relevanta kliniska data att tas för att tolka resultaten såsom CD4 T-lymfocytantal, virusmängd, datum för hiv-diagnos, datum för inledande av behandlingen, förutom antal och typ av behandlingar antiretrovirala läkemedel
4. – Som genotypkontroll kommer ett andra blodprov att tas varje år.

detaljerad beskrivning

Detektion av resistensmutationer i proviralt DNA vid HIV-1-infektion

Bakgrund Det genetiska testet HIV proviralt DNA (HPD) för resistens mot antiretrovirala läkemedel är mycket användbart för att upptäcka mutationer hos patienter under antiretroviral terapi som har misslyckats med att uppnå odetekterbara virala belastningsnivåer eller med lågnivåviremi (LLV).

HPD tillåter detektering av cirkulerande resistenta varianter och arkiverade som inte kunde detekteras i plasma.

HPD är oberoende av virusmängden hos patienter. Detta gör den mycket användbar för studier av primär resistens eftersom den kan upptäcka resistensmutationer hos nyligen diagnostiserade patienter med låg baslinjeviral belastning (<1 000 kopior/ml).

HPD rekommenderas av European AIDS Clinical Society EACS för fall där det inte finns HIV RNA för analys (Barcelona, ​​oktober 2015).

HPD kan analysera resistens mot alla antiretrovirala läkemedel som för närvarande finns på marknaden. Därför kan vi med HPD-innovationen utföra följande genetiska resistenstester: HIV Tropism (Maraviroc), resistens mot Integrashämmare (Dolutegravir) och resistens mot Transcriptase reversa/Proteasa (Abacavir).

Storleksprov och metodik

Under en period på två år ska vi studera en population på 1 200 patienter. Dessa inkluderar alla patienter som vi har analyserat i vårt HIV-center fram till december 2012. Metodiken inkluderar nukleinsyraextraktion, amplifiering av HIV-1-gener som är mål av terapeutiskt intresse och sekvensering med traditionella och nya generationens sekvenseringsmetoder.

Patientrekrytering: totalt 1 200 (400 per år)

Inhämtning av blodprov: två prover: prov till start och ett prov till slutet efter ett år

DNA och viral RNA-extraktion:

RT-PCR amplifiering:

Elektroforesvisualisering i agarosgeler

Skickar prover till Macrogen för sekvenseringstjänster

Automatisk sekvensering med Sanger-metoden i Macrogen USA

Sekvensering genom djupsekvensering (NGS) i Chile eller Macrogen USA

Sekvensanalys

Kvalitetsanalys och sammansättning av råsekvenser i mjukvaran ReCall

Register över mutationer av kliniskt intresse

Rapport om resistens mot antiretrovirala läkemedel

Biostatistisk analys

Resultatrapport och publikationer

Preliminära resultat Preliminär analys av 100 patienter med virusmängd <1 000 kopior/ml, upptäckte 10 % av patienterna med mutationer av resistens mot läkemedel som hämmar omvänt transkriptas och viralt proteas. Denna värdefulla information möjliggjorde tidigare terapeutisk intervention genom att ändra läkemedelsschemat innan de når högre nivåer av virusmängd med åtföljande förbättring av den kliniska behandlingen.

Projektioner Projekt På grund av framgången och den omedelbara tillämpningen av denna preliminära studie tror vi att det blir mycket viktigt att validera denna teknik som en daglig rutin för genetisk testning för HIV-klinikpatienter i det offentliga hälsosystemet. Permanent finansiering för detta genetiska HIV-test för HIV proviralt DNA bör ges av hälsoministeriet, Chiles regering.

Sammanfattningsvis är HPD för närvarande ett mycket användbart verktyg för att studera virologisk misslyckande och LLV för att en tidig förändring av den antiretrovirala behandlingen.