Prowirusowe DNA jako cel analizy oporności na HIV-1 (HIV)

Prospektywne podłużne badanie obserwacyjne, którego celem jest obserwacja i opisanie częstości występowania mutacji INRT, INNRT, proteazy i INIS wykrywanych za pomocą prowirusowego DNA u pacjentów z niepowodzeniem wirusologicznym i niską wiremią.

Włączenie/wyłączenie: Nasze badanie obejmie tylko pacjentów z HIV, których obecność została potwierdzona przez „Instituto de Salud Pública de Chile” (ISP-Chile). Dzieci w wieku poniżej 18 lat są wykluczone.

Liczba pacjentów: Łącznie 1200 pacjentów zostanie włączonych w okresie trzech lat (wraz z uzasadnieniem statystycznym, jeśli dotyczy).

1. - Do naszego badania zostaną przyjęci tylko pacjenci, którzy podpisali świadomą zgodę.
2. - Przyjęci pacjenci będą mieli pobieraną krew do badania oporności genotypowej wirusa HIV.
3. - z dokumentacji klinicznej każdego przyjętego pacjenta zostaną pobrane pewne istotne dane kliniczne w celu interpretacji wyników, takie jak liczba limfocytów T CD4, miano wirusa, data rozpoznania wirusa HIV, data rozpoczęcia terapii oprócz liczby i rodzaju leczenia leki przeciwretrowirusowe
4. - W ramach kontroli genotypu co roku pobierana będzie druga próbka krwi.

szczegółowy opis

Wykrywanie mutacji oporności w prowirusowym DNA w zakażeniu HIV-1

Wprowadzenie Test genetyczny prowirusowego DNA wirusa HIV (HPD) do wykrywania oporności na leki przeciwretrowirusowe jest bardzo przydatny do wykrywania mutacji u pacjentów poddawanych terapii przeciwretrowirusowej, u których nie udało się osiągnąć niewykrywalnego miana wirusa lub z wiremią niskiego poziomu (LLV).

HPD umożliwia wykrywanie krążących wariantów oporności i archiwizację, których nie można było wykryć w osoczu.

HPD jest niezależna od miana wirusa u pacjentów. To sprawia, że ​​jest bardzo przydatny w badaniach nad pierwotną opornością, ponieważ może wykrywać mutacje oporności u niedawno zdiagnozowanych pacjentów z niskim wyjściowym mianem wirusa (<1000 kopii/ml).

HPD jest zalecane przez Europejskie Towarzystwo Kliniczne ds. AIDS EACS w przypadkach, w których nie ma HIV RNA do analizy (Barcelona, ​​październik 2015).

HPD jest w stanie przeprowadzić analizę oporności na wszystkie dostępne obecnie na rynku leki antyretrowirusowe. Dlatego dzięki innowacjom HPD możemy przeprowadzić następujące testy odporności genetycznej: tropizm HIV (marawirok), oporność na inhibitory integrazy (dolutegrawir) oraz oporność na transkryptazę reversa/proteasa (abakawir).

Wielkość próby i metodologia

W ciągu dwóch lat przebadamy populację 1200 pacjentów. Obejmują one wszystkich pacjentów, których przeanalizowaliśmy w naszym centrum HIV do grudnia 2012 r. Metodologia obejmuje ekstrakcję kwasu nukleinowego, amplifikację genów HIV-1 będących obiektami zainteresowania terapeutycznego oraz sekwencjonowanie metodami sekwencjonowania tradycyjnymi i nowej generacji.

Rekrutacja pacjentów: łącznie 1200 (400 rocznie)

Pobieranie próbek krwi: dwie próbki: próbka na początek i jedna próbka do końca po roku

Ekstrakcja DNA i wirusowego RNA:

Amplifikacja RT-PCR:

Wizualizacja elektroforetyczna w żelach agarozowych

Wysyłanie próbek do firmy Macrogen w celu wykonania usługi sekwencjonowania

Automatyczne sekwencjonowanie metodą Sangera w firmie Macrogen USA

Sekwencjonowanie przez głębokie sekwencjonowanie (NGS) w Chile lub Macrogen USA

Analiza sekwencji

Analiza jakości i montaż surowych sekwencji w oprogramowaniu ReCall

Rejestr mutacji o znaczeniu klinicznym

Raport o oporności na leki antyretrowirusowe

Analiza biostatystyczna

Raport wyników i publikacje

Wstępne wyniki Wstępna analiza 100 pacjentów z wiremią <1000 kopii/ml wykryła u 10% pacjentów mutacje oporności na leki hamujące odwrotną transkryptazę i proteazę wirusową. Te cenne informacje umożliwiły wcześniejszą interwencję terapeutyczną poprzez zmianę schematu leczenia, zanim osiągną wyższy poziom miana wirusa, co w konsekwencji poprawi postępowanie kliniczne.

Projekt Projekcje Ze względu na sukces i natychmiastowe zastosowanie tego wstępnego badania, uważamy, że bardzo ważne stało się zatwierdzenie tej techniki jako codziennych rutynowych testów genetycznych dla pacjentów klinik HIV w publicznym systemie opieki zdrowotnej. Stałe finansowanie tego genetycznego testu na obecność prowirusowego DNA HIV powinno być zapewnione przez Ministerstwo Zdrowia rządu Chile.

Podsumowując, HPD jest obecnie bardzo przydatnym narzędziem do badania niepowodzenia wirusologicznego i LLV w celu wczesnej zmiany terapii antyretrowirusowej.